TkA04G486610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G486610

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 122960261-122963419 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1675 bp · TkA04G486610|TK1151|cDNA

CCAACTATTTCATTTCGAAAGCAAAAACGAAGAACACGAGAATAAATGAAGCTTGCTTCTTGATTAACAAAGGTTAACTTCAATCCGAAAACCCTAACTTTTCACATATTCTTCTCTGCTGCAAGAAACCCTAAACTCACCAACTAGGCTTGACTGAGCGAGTCCTACTCGTTCTACTCAATCGAGTTTAAGAGCTGGAGTCCCGACATTATCCTCGATGGAGATAATCCAGAAGACCTCCGTTTGAGATTTGTCGTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1134 bp · TkA04G486610|TK1151|CDS

ATGGCGCCAACAAGAAAGTCTAGAAGTGTAAATAAACGGTATACCGACTATGTAGATGTCTCTCCCAGTAAAAATGTTGTCAACAAATCCGGAAGACAGAAGAGAAAGCTTTCTGACATGTTGGGATCTCCATGGACCGATGAAGAGGTTGAACGCTTTTATAAAGCTTATAGGAAATATGGAAAAGACTGGAAGAAGGTGGCTGTGATGGTGCGTAGCAGGAACTCTGAAATGGTTGAAGCTCTCTACACAATGAATAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

377 aa · TkA04G486610|TK1151|PROTEIN

MAPTRKSRSVNKRYTDYVDVSPSKNVVNKSGRQKRKLSDMLGSPWTDEEVERFYKAYRKYGKDWKKVAVMVRSRNSEMVEALYTMNRAYLSLPEGTAPVVGFIAMVSDHYNALEGSDNDHEGNDIPKPVQKPKKRSHGGEEQLPPRLVGSSDKNLPQLKRRASDDETSALDGLQMLADLSFMIQSSKVDSDNMFKVVDERPVPVPEPEPEPEPEPEPEPEPEPEPEPAPAPAPEPEPEPEPEPAHEPEPEPEPEPEPEPE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G486610`
TK1151 ID	TkA04G486610
OH-1004 ID	LXL04_038943
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 43.501 / OH-1004 15.861 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G486610

位置 Chr04:122960261-122963419 (-)

描述 Similar to ALY3: Protein ALWAYS EARLY 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g05380`	蛋白总是早期2（ALWAYS EARLY 2）。	暂无已核实直接文献
`At5g27610`	蛋白总是早期1（ALWAYS EARLY 1）。	暂无已核实直接文献
`At3g21430`	蛋白总是早期3（ALWAYS EARLY 3）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038943 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0071897 DNA biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0017053 transcription repressor complex 细胞组分

GO:0070176 DRM complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05380

ath:AT3G21430

ath:AT5G27610

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.941

排名 1 · TkA04G486610 · TK1151

细胞质0.127

排名 2 · TkA04G486610 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA04G486610 · TK1151

内质网0.016

排名 4 · TkA04G486610 · TK1151

线粒体0.012

排名 5 · TkA04G486610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13921Myb_DNA-bind_65-24 aa

PF00249Myb_DNA-binding44-79 aa

PF15963Myb_DNA-bind_744-83 aa

PF13921Myb_DNA-bind_645-78 aa

PF05887Trypan_PARP114-135 aa

PF05887Trypan_PARP204-257 aa

PF05887Trypan_PARP231-285 aa

PF15963Myb_DNA-bind_7351-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G486610	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	5	24	0.0008	20.3
TkA04G486610	`PF00249`	Myb_DNA-binding	44	79	6.1e-09	36.6
TkA04G486610	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	44	83	0.0002	21.8
TkA04G486610	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	45	78	0.0008	20.3
TkA04G486610	`PF05887`	Trypan_PARP	114	135	2.8e-08	34.5
TkA04G486610	`PF05887`	Trypan_PARP	204	257	2.8e-08	34.5
TkA04G486610	`PF05887`	Trypan_PARP	231	285	2.8e-08	34.5
TkA04G486610	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	351	368	0.0002	21.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6A333`	拟南芥	sp\|Q6A333\|ALY2_ARATH Protein ALWAYS EARLY 2	51.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q6A331`	拟南芥	sp\|Q6A331\|ALY1_ARATH Protein ALWAYS EARLY 1	50.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q6A332`	拟南芥	sp\|Q6A332\|ALY3_ARATH Protein ALWAYS EARLY 3	48.900%	Swiss-Prot	中等置信

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