TkA04G410190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G410190

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 103304738-103307347 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

858 bp · TkA04G410190|TK1151|cDNA

ATGTCGTACCCTAATCATGAATTTGTAGCTTCTTCAAACAACCGTTTGATTTCTGAAGAACTATCTTATGACACCATAACTCTACAACAGGAAGCAGAGACCCTTATTGCTTCATTAACAACTAAGCAAAATTATGGTGGAACCGGTAAAACCTTCCTTTGGAAGACTTTGTCTGCAACTATAAGAACTAAAGGCCAAATTGTTTTAAATGTTGCTTCAAGTGGTATTGCTTCTCTGTTATTGACCGGAGGTAGGACAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

858 bp · TkA04G410190|TK1151|CDS

ATGTCGTACCCTAATCATGAATTTGTAGCTTCTTCAAACAACCGTTTGATTTCTGAAGAACTATCTTATGACACCATAACTCTACAACAGGAAGCAGAGACCCTTATTGCTTCATTAACAACTAAGCAAAATTATGGTGGAACCGGTAAAACCTTCCTTTGGAAGACTTTGTCTGCAACTATAAGAACTAAAGGCCAAATTGTTTTAAATGTTGCTTCAAGTGGTATTGCTTCTCTGTTATTGACCGGAGGTAGGACAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

285 aa · TkA04G410190|TK1151|PROTEIN

MSYPNHEFVASSNNRLISEELSYDTITLQQEAETLIASLTTKQNYGGTGKTFLWKTLSATIRTKGQIVLNVASSGIASLLLTGGRTAHSRFHIPLNLNEESLCFIKPNSDVSRLLKQTSLIIWDEAPMVHKHAFEALERTIKDVLTCDGVLNSHLPFGGKVIVFGGDFRQILPVVTNEFNRDLYSPDVQNGLNLSGLPKHKLILKVGIPVMLVRNIDQKNGLCNGTRLQVISMGNHVIEAMVITGSNIGHQTFISRYIIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G410190`
TK1151 ID	TkA04G410190
OH-1004 ID	LXL04_008699
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	54.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.123 / OH-1004 25.709 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G410190`
位置	Chr04:103304738-103307347 (+)
描述	Similar to HDA5: Histone deacetylase 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_008699` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0001932 regulation of protein phosphorylation 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006476 protein deacetylation 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程 GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程 GO:0007015 actin filament organization 生物过程 GO:0007026 negative regulation of microtubule depolymerization 生物过程 GO:0007173 epidermal growth factor receptor signaling pathway 生物过程 GO:0009908 flower development 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G61060 ath:AT5G61070 mmu:15185 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.528

排名 1 · TkA04G410190 · TK1151

细胞质0.489

排名 2 · TkA04G410190 · TK1151

线粒体0.049

排名 3 · TkA04G410190 · TK1151

过氧化物酶体0.041

排名 4 · TkA04G410190 · TK1151

细胞膜0.026

排名 5 · TkA04G410190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05127NAT10_TcmA_helicase35-60 aa

PF13604AAA_3042-142 aa

PF05970PIF144-178 aa

PF13245AAA_1947-173 aa

PF05127NAT10_TcmA_helicase64-145 aa

PF13604AAA_30159-184 aa

PF21530Pif1_2B_dom189-232 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G410190	`PF05127`	NAT10_TcmA_helicase	35	60	0.00093	19.8
TkA04G410190	`PF13604`	AAA_30	42	142	4.5e-05	24.0
TkA04G410190	`PF05970`	PIF1	44	178	4.4e-60	203.8
TkA04G410190	`PF13245`	AAA_19	47	173	0.063	14.2
TkA04G410190	`PF05127`	NAT10_TcmA_helicase	64	145	0.00093	19.8
TkA04G410190	`PF13604`	AAA_30	159	184	4.5e-05	24.0
TkA04G410190	`PF21530`	Pif1_2B_dom	189	232	2.4e-20	72.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情