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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G389270
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 97918401-97920801 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1430 bp · TkA04G389270|TK1151|cDNA

CTTAATGACAGTAGAATTTCATGATCAAGATCGAGAGAGATACAAATTTTGAAAATTCCGTATAAATTTTCTAGAGAGAGAACGCAGATTTCTTTTGGAAAAGAATATTTTGGCAGATTTTCCATTCATTACATTGATAGACCATTCATAAATCTAAGCGTGGTGTTGAGATTTCCATGCCTTCTTCATTGAATTCATATTTTCTCTGTACTTGATCATCACCAACAGCGGATAAATTTTTTATTTTTCTCGGATTAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

822 bp · TkA04G389270|TK1151|CDS

ATGCCAGAAAATCGGCGTGTTCAGAGGAATAGTGTCATCTCCAATTCTTCGTTGAATCCTTCTGGTCATAACATCGAAGACGCTATAAGGCGATTGAGAATTCACTCAGATGGGAAAGAAGACGAGATCGATTCACCGGTCTATCCAGATCGACCTGGAGAACCCGATTGCATATACTATTTAAGAACCGGAGTGTGTGGCTATGGTGATAATTGCAGGTTTAATCATCCAACTTACACCGGCCAGATTAATCACCATGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

273 aa · TkA04G389270|TK1151|PROTEIN

MPENRRVQRNSVISNSSLNPSGHNIEDAIRRLRIHSDGKEDEIDSPVYPDRPGEPDCIYYLRTGVCGYGDNCRFNHPTYTGQINHHGGDLPERVGEPDCVYFLKTGTCKYGSTCKYNHPHDRRGLGPVILNSVGLPMRQDQKSCSHYLRTGSCKFGVTCKFHHPQPPMEPPHHGGGPPPLWPYPAPQTYFPIMLPPSAVTQAWSPLGLPLRPGQPVCSYYSHYGICKYGPSCKYDHPLMVYSYNYTMGMMTSSVLPYVTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G389270
TK1151 IDTkA04G389270
OH-1004 IDLXL04_017584
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)56.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 86.813 / OH-1004 72.658
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G389270
位置Chr04:97918401-97920801 (+)
描述Similar to At1g04990: Zinc finger CCCH domain-containing protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g04990 体外具有 RNA 结合和核糖核酸酶活性。 暂无已核实直接文献
At2g32930 含锌指 CCCH 结构域蛋白 26。 暂无已核实直接文献
At3g06410 含锌指CCCH结构域蛋白34。 暂无已核实直接文献
At3g02830 含锌指CCCH结构域蛋白33。 暂无已核实直接文献
At5g18550 含锌指 CCCH 域蛋白 58。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017584 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004518 nuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0010313 phytochrome binding 分子功能
GO:0016787 hydrolase activity 分子功能
GO:0048027 mRNA 5'-UTR binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04990
ath:AT2G32930
ath:AT3G02830
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.781
排名 1 · TkA04G389270 · TK1151
细胞质0.334
排名 2 · TkA04G389270 · TK1151
细胞膜0.030
排名 3 · TkA04G389270 · TK1151
内质网0.019
排名 4 · TkA04G389270 · TK1151
线粒体0.017
排名 5 · TkA04G389270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00642zf-CCCH52-77 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L54-76 aa
PF14608zf-CCCH_256-77 aa
PF16131Torus56-77 aa
PF15663zf-CCCH_356-77 aa
PF18345zf_CCCH_457-76 aa
PF18044zf-CCCH_459-77 aa
PF30206DEF26562-75 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G389270PF00642zf-CCCH52771.6e-37127.4
TkA04G389270PF25585zf-CCCH_DUS3L54763.4e-1556.4
TkA04G389270PF14608zf-CCCH_256771.5e-1248.2
TkA04G389270PF16131Torus56775.4e-0730.9
TkA04G389270PF15663zf-CCCH_356770.3111.9
TkA04G389270PF18345zf_CCCH_457763.9e-1968.8
TkA04G389270PF18044zf-CCCH_459774.8e-1246.1
TkA04G389270PF30206DEF26562752.68.5
TkA04G389270PF30063Metallothionein63731.410.0
TkA04G389270PF25586zf-CCCH_PAN364780.0314.7
TkA04G389270PF00642zf-CCCH961191.6e-37127.4
TkA04G389270PF25585zf-CCCH_DUS3L961183.4e-1556.4
TkA04G389270PF14608zf-CCCH_2981191.5e-1248.2
TkA04G389270PF16131Torus981185.4e-0730.9
TkA04G389270PF15663zf-CCCH_3981200.3111.9
TkA04G389270PF18345zf_CCCH_4991183.9e-1968.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q94AD9拟南芥sp|Q94AD9|C3H3_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 356.300%Swiss-Prot低置信
O48772拟南芥sp|O48772|C3H26_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 2656.600%Swiss-Prot低置信
Q9SQU4拟南芥sp|Q9SQU4|C3H34_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3450.000%Swiss-Prot低置信
Q8GXX7拟南芥sp|Q8GXX7|C3H33_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3345.600%Swiss-Prot低置信
Q6NPN3拟南芥sp|Q6NPN3|C3H58_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 5858.500%Swiss-Prot低置信

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