TkA04G352900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G352900

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 89034116-89035062 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

477 bp · TkA04G352900|TK1151|cDNA

ATGGCATTTACACATTTACAGTGCGATTGGGTAACTGTGCACAATGATGTTTCGTGGCTAGAAGAAGGACTAGAACTGATTAGTGGTTTGCGTAGTCTTCGGGTTCTTAATCTTTCTCACAATGGGTTCGTCGGGAAATTACCGGAGAGTTTGAGTTTTTTGAAGAATTTAAATGAGGTTTCGTTGAGCAATAAGCTTTCGGGTCCTGTGTATCAGAGTTTTGTAGAGAATATTCCGGCGAACGCCGTCGTTGATCTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

477 bp · TkA04G352900|TK1151|CDS

ATGGCATTTACACATTTACAGTGCGATTGGGTAACTGTGCACAATGATGTTTCGTGGCTAGAAGAAGGACTAGAACTGATTAGTGGTTTGCGTAGTCTTCGGGTTCTTAATCTTTCTCACAATGGGTTCGTCGGGAAATTACCGGAGAGTTTGAGTTTTTTGAAGAATTTAAATGAGGTTTCGTTGAGCAATAAGCTTTCGGGTCCTGTGTATCAGAGTTTTGTAGAGAATATTCCGGCGAACGCCGTCGTTGATCTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

158 aa · TkA04G352900|TK1151|PROTEIN

MAFTHLQCDWVTVHNDVSWLEEGLELISGLRSLRVLNLSHNGFVGKLPESLSFLKNLNEVSLSNKLSGPVYQSFVENIPANAVVDLSFNALTGQIPQMMSLSNQKEEYFARNLDLCGKPLKKMCRIPSSHSIPTNVSSDGSATVAEFGEVTWVLLGRR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G352900`
TK1151 ID	TkA04G352900
OH-1004 ID	LXL04_037811
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.975 / OH-1004 48.432 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G352900

位置 Chr04:89034116-89035062 (-)

描述 Similar to At4g34220: Receptor protein kinase-like protein At4g34220

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34220`	受体蛋白激酶样蛋白At4g34220。	暂无已核实直接文献
`At4g37250`	可能的 LRR 类似受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g37250。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037811 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010030 positive regulation of seed germination 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05660

ath:AT4G34220

ath:AT4G37250

ath:AT5G40170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.618

排名 1 · TkA04G352900 · TK1151

内质网0.166

排名 2 · TkA04G352900 · TK1151

细胞质0.107

排名 3 · TkA04G352900 · TK1151

细胞外0.106

排名 4 · TkA04G352900 · TK1151

细胞核0.080

排名 5 · TkA04G352900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855LRR_827-64 aa

PF13516LRR_631-42 aa

PF00560LRR_132-54 aa

PF12799LRR_432-66 aa

PF00560LRR_156-67 aa

PF00560LRR_184-98 aa

PF12799LRR_484-95 aa

PF13855LRR_884-93 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G352900	`PF13855`	LRR_8	27	64	0.0025	18.3
TkA04G352900	`PF13516`	LRR_6	31	42	0.0064	17.2
TkA04G352900	`PF00560`	LRR_1	32	54	3.6e-06	26.7
TkA04G352900	`PF12799`	LRR_4	32	66	5.1e-05	24.1
TkA04G352900	`PF00560`	LRR_1	56	67	3.6e-06	26.7
TkA04G352900	`PF00560`	LRR_1	84	98	3.6e-06	26.7
TkA04G352900	`PF12799`	LRR_4	84	95	5.1e-05	24.1
TkA04G352900	`PF13855`	LRR_8	84	93	0.0025	18.3
TkA04G352900	`PF13516`	LRR_6	84	93	0.0064	17.2
TkA04G352900	`PF00560`	LRR_1	113	120	3.6e-06	26.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94C77`	拟南芥	sp\|Q94C77\|RPKL_ARATH Receptor protein kinase-like protein At4g34220	49.600%	Swiss-Prot	中等置信
`C0LGS3`	拟南芥	sp\|C0LGS3\|Y4372_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g37250	36.500%	Swiss-Prot	中等置信

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