TkA04G339820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G339820

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 85832320-85844728 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1742 bp · TkA04G339820|TK1151|cDNA

TGTTTGCCATCTGTTTTTTACGATCTCATCTGCCCTTCAATTTCCATTTTCTTTTTGCCTTCTTAATCTTCTTCTTCAGCTTTTCTCTACATACTCTTCCTCTTTACCAAACTTTACTCTCCTTTATGCTTGGATTCGTCGTCGACTGGGGTTACAGTTTCCGAAATCTGTGACTTGAAGGTTTCATTCATCAAGATCTGTGAATTGAAGGGCGATTTCAAGCTTATTGAAGTGAAGATTGTCGGTTTCTTCACCAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1152 bp · TkA04G339820|TK1151|CDS

ATGTCAGATTATCTATGCGAAGAGTTGATTGATGAAATATTTACAAGACTACCTTCCAAATCCCTCCTGCGATTTAGATCACTCTCAAAATCCTTATGGAGTTCTATTTCTAGCCCCGGTTTCATACGCATGCACACTTTTCGATCCCCACAAAAAATCTGTTTCAGGCATGTCATGAATGACGAAGAAAGATCCTCATCTTTTTATACATTACATGGAGAAGACGAATTGCCATATTGTTTGTGTCCGCAACGCGGATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

384 aa · TkA04G339820|TK1151|PROTEIN

MSDYLCEELIDEIFTRLPSKSLLRFRSLSKSLWSSISSPGFIRMHTFRSPQKICFRHVMNDEERSSSFYTLHGEDELPYCLCPQRGYIGFSLWNPSIRRKLNVPQCPQRSDPLLEGIGFGFDPLNDDYKIVWFSCAEGKENSYVYAMKTGAWCEIASPKPQFTRFSWVDSFSFNGVLHWKVGQSLSKPQDGSFFYIMTFDLSTHVFGMIPLPRPNYDWMTTNITTFKDSLALVSHGMKLNDTWIWIWRDDSWSVGFKLGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G339820`
TK1151 ID	TkA04G339820
OH-1004 ID	LXL04_037729
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	86.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 79.688 / OH-1004 81.522 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G339820

位置 Chr04:85832320-85844728 (+)

描述 Similar to At3g16210: Putative F-box protein At3g16210

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16210`	推定F盒蛋白At3g16210。	暂无已核实直接文献
`At2g43440`	F-box 蛋白 At2g43440。	暂无已核实直接文献
`At3g52320`	推定的F-box蛋白 At3g52320。	暂无已核实直接文献
`At5g18160`	F-box蛋白At5g18160。	暂无已核实直接文献
`At4g21240`	推测的F-box蛋白At4g21240。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037729 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06240

ath:AT3G16210

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.529

排名 1 · TkA04G339820 · TK1151

细胞核0.375

排名 2 · TkA04G339820 · TK1151

细胞膜0.184

排名 3 · TkA04G339820 · TK1151

内质网0.095

排名 4 · TkA04G339820 · TK1151

溶酶体／液泡0.046

排名 5 · TkA04G339820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box5-39 aa

PF07734FBA_181-247 aa

PF08268FBA_390-250 aa

PF11178DUF2963189-203 aa

PF07734FBA_1279-303 aa

PF11178DUF2963286-313 aa

PF00646F-box359-375 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G339820	`PF00646`	F-box	5	39	0.00013	22.4
TkA04G339820	`PF07734`	FBA_1	81	247	6e-13	49.2
TkA04G339820	`PF08268`	FBA_3	90	250	8.5e-15	55.3
TkA04G339820	`PF11178`	DUF2963	189	203	0.066	13.3
TkA04G339820	`PF07734`	FBA_1	279	303	6e-13	49.2
TkA04G339820	`PF11178`	DUF2963	286	313	0.066	13.3
TkA04G339820	`PF00646`	F-box	359	375	0.00013	22.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LU24`	拟南芥	sp\|Q9LU24\|FB145_ARATH Putative F-box protein At3g16210	29.000%	Swiss-Prot	低置信
`A8MS20`	拟南芥	sp\|A8MS20\|FB350_ARATH F-box protein At2g43440	27.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FT50`	拟南芥	sp\|Q9FT50\|FB202_ARATH Putative F-box protein At3g52320	24.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FK54`	拟南芥	sp\|Q9FK54\|FB260_ARATH F-box protein At5g18160	24.700%	Swiss-Prot	低置信
`O49565`	拟南芥	sp\|O49565\|FB239_ARATH Putative F-box protein At4g21240	29.400%	Swiss-Prot	低置信

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