TkA04G328970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G328970

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 83077698-83079561 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1465 bp · TkA04G328970|TK1151|cDNA

CTAACCCCCACCAGGCCACCAGTATAAAGAGAGAGGAACAGCATTAGCCCACTCCTTATCGATTTAAACCACCACAACCACCACCGCAACCACCACCACCCTCCGTCGACATTCAATCACTCTCTTCCTTTTTCTTCCCCTCACTCCGCTTTCTAAAGGCTGTCCCCGATTCTAAGAACAGAAAGGACGAAAACTAAAGCGAAATCCACCGCCGTTGGTTCCAGATCTGCATCACCGGTGTCCATGACTGCTAATTTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

888 bp · TkA04G328970|TK1151|CDS

ATGGGGAAAGCAGGAAGAGATTGGACACAGATCTATGCAATATACGGCATGGACGATTGGCACACACCGATTTTTCTCCTGATCCACGCAATCGTCTTCTCGGCTTCATCACTCGTATTCCTTCTATACTTCAACTGGATTTGCTACTCTTTCGAATCAATCTTCCCGTCAGTATTTTCCGGCAGTTTCGCCAGATTTGCCGCAGGATTCACCGGCTCCGTTACCGCTCTCTCCGCCGTCTGCCTCTTCTACGCCGCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

295 aa · TkA04G328970|TK1151|PROTEIN

MGKAGRDWTQIYAIYGMDDWHTPIFLLIHAIVFSASSLVFLLYFNWICYSFESIFPSVFSGSFARFAAGFTGSVTALSAVCLFYAAGNMFYSSIALRWDMAQRMVNAVHDWSTVKTVLDVGCGRGILLNAVAMQLKKEGSSGRVVGLDRKNTTLSTLRTAGMEGVEEYVTCREGDARRLPFPENYFDVVVSAGFVHKVGKEFGPKTAAASAERMRVVGEVVRVLKEGGVGVVWDLVHVPEYVLRLQELKMEEIRVSERVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G328970`
TK1151 ID	TkA04G328970
OH-1004 ID	LXL04_037609
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G328970`
位置	Chr04:83077698-83079561 (+)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_037609` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006400 tRNA modification 生物过程 GO:0009234 menaquinone biosynthetic process 生物过程 GO:0032259 methylation 生物过程 GO:0046685 response to arsenic-containing substance 生物过程 GO:0008175 tRNA methyltransferase activity 分子功能 GO:0008757 S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity 分子功能 GO:0030791 arsenite methyltransferase activity 分子功能 GO:0043770 demethylmenaquinone methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ecu:ECU09_1500 ljo:LJ_0053 sth:STH2515 tth:TT_C1503 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.344

排名 1 · TkA04G328970 · TK1151

线粒体0.269

排名 2 · TkA04G328970 · TK1151

细胞核0.127

排名 3 · TkA04G328970 · TK1151

细胞质0.122

排名 4 · TkA04G328970 · TK1151

过氧化物酶体0.086

排名 5 · TkA04G328970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03141Methyltransf_2982-189 aa

PF01135PCMT101-177 aa

PF13679Methyltransf_32102-156 aa

PF12847Methyltransf_18103-194 aa

PF01209Ubie_methyltran104-238 aa

PF05185PRMT5112-191 aa

PF01728FtsJ112-194 aa

PF13489Methyltransf_23113-194 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G328970	`PF03141`	Methyltransf_29	82	189	0.016	14.6
TkA04G328970	`PF01135`	PCMT	101	177	0.0045	17.5
TkA04G328970	`PF13679`	Methyltransf_32	102	156	0.00025	21.8
TkA04G328970	`PF12847`	Methyltransf_18	103	194	0.31	11.8
TkA04G328970	`PF01209`	Ubie_methyltran	104	238	3.4e-06	27.3
TkA04G328970	`PF05185`	PRMT5	112	191	0.0013	19.3
TkA04G328970	`PF01728`	FtsJ	112	194	0.0067	17.1
TkA04G328970	`PF13489`	Methyltransf_23	113	194	0.0021	18.5
TkA04G328970	`PF05175`	MTS	113	199	0.0026	18.0
TkA04G328970	`PF06325`	PrmA	114	167	0.13	12.5
TkA04G328970	`PF13847`	Methyltransf_31	115	248	9.8e-13	48.8
TkA04G328970	`PF02353`	CMAS	115	215	0.062	13.3
TkA04G328970	`PF07021`	MetW	116	191	0.026	14.9
TkA04G328970	`PF13649`	Methyltransf_25	117	228	3.8e-14	53.9
TkA04G328970	`PF08241`	Methyltransf_11	118	230	9.6e-16	58.9
TkA04G328970	`PF08242`	Methyltransf_12	118	229	1.9e-06	29.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情