TkA04G314550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G314550

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 79267275-79269879 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1592 bp · TkA04G314550|TK1151|cDNA

TTTAAACTAGAAGGTACATTCACGAAACCAAATATAGGTTTTAGCCTCTTTCACCAAACAACGTTTTAACCAACACGGTTGATTTTCGCCCTCTTCGCCGGTTGATCCGCTGTGCTCAGCTGAACTGAAGTTTATATATCACGGTAGTTTCCGGCAGCCGCTTACGAAATCAGCAGTACAGTTTCAATGGCGAAGATAACATTAGGCTGCGAACCAGTCATCGGATCACTAACCCCGTCGAAGAAGAGAGATTACAGAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1113 bp · TkA04G314550|TK1151|CDS

ATGGCGAAGATAACATTAGGCTGCGAACCAGTCATCGGATCACTAACCCCGTCGAAGAAGAGAGATTACAGAGTCACCAACAGGCTACAGGAAGGCAAACGCCCAATTTACGCCGTCGTTTTCAACTTCATCGACTCTCGTTATTACAACGTCTTCGCCACTGTCGGTGGTAATCGCGTTACGGTATACCAATGCCTTGAAGGCGGCGTAATTGCTGTACTACAGTCCTACATTGACGAAGATAAAGACGAGTCGTTCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

370 aa · TkA04G314550|TK1151|PROTEIN

MAKITLGCEPVIGSLTPSKKRDYRVTNRLQEGKRPIYAVVFNFIDSRYYNVFATVGGNRVTVYQCLEGGVIAVLQSYIDEDKDESFYTVSWACDANGTPLLVAGGINGIIRVIDAGNEKIHKSFVGHGDSVNEIRTQPLRPSLVLSASKDESVRLWNVQTGICILIFAGAGGHRNEVLSVDFHPSDIYRIASCGMDNTVKIWSMKEFWTYVERSFTWEGPPSQFPTKYVQFPVLIASIHTNYVDCNRWLGDFILSKSVDN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G314550`
TK1151 ID	TkA04G314550
OH-1004 ID	LXL04_037505
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G314550

位置 Chr04:79267275-79269879 (+)

描述 Similar to FIE2: Polycomb group protein FIE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20740`	多梳族蛋白。	Polycomb group genes control pattern formation in plant seed.2001 · DOI: 10.1016/s0960-9822(01)00072-0

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0137100`	多梳族蛋白。	Polycomb group gene OsFIE2 regulates rice (Oryza sativa) seed development and grain filling via a mechanism distinct from Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003322 OsFIE2 plays an essential role in the regulation of rice vegetative and reproductive development.2014 · DOI: 10.1111/nph.12472
`Os08g0137250`	多梳族 (PcG) 蛋白。	Identification and characterization of an epi-allele of FIE1 reveals a regulatory linkage between two epigenetic marks in rice.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.102269 Imprinted gene OsFIE1 modulates rice seed development by influencing nutrient metabolism and modifying genome H3K27me3.2016 · DOI: 10.1111/tpj.13202

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037505 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010048 vernalization response 生物过程

GO:0010231 maintenance of seed dormancy 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20740

dosa:Os08g0137100

dosa:Os08g0137250

osa:9271694

zma:542075

zma:542076

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.534

排名 1 · TkA04G314550 · TK1151

细胞核0.426

排名 2 · TkA04G314550 · TK1151

溶酶体／液泡0.099

排名 3 · TkA04G314550 · TK1151

细胞膜0.090

排名 4 · TkA04G314550 · TK1151

高尔基体0.066

排名 5 · TkA04G314550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23775Beta-prop_RIG_2nd11-206 aa

PF23409Beta-prop_EML30-158 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz41-207 aa

PF24805EIF3I47-73 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st51-75 aa

PF23215WD_LRWD151-159 aa

PF23414Beta-prop_EML_252-205 aa

PF23756Beta-prop_HPS559-121 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G314550	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	11	206	2e-06	28.2
TkA04G314550	`PF23409`	Beta-prop_EML	30	158	4.2e-10	40.3
TkA04G314550	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	41	207	2.8e-18	66.9
TkA04G314550	`PF24805`	EIF3I	47	73	1.2e-07	31.9
TkA04G314550	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	51	75	4.5e-20	72.8
TkA04G314550	`PF23215`	WD_LRWD1	51	159	0.064	12.9
TkA04G314550	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	52	205	4.6e-08	33.5
TkA04G314550	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	59	121	0.18	11.7
TkA04G314550	`PF12894`	ANAPC4_WD40	80	130	0.024	15.6
TkA04G314550	`PF29037`	DSE1_N	81	132	1.1e-05	25.4
TkA04G314550	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	83	157	5.2e-06	26.8
TkA04G314550	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	85	164	5.7e-23	82.0
TkA04G314550	`PF23342`	WDR90_beta-prop_4th	85	159	6.1e-05	23.0
TkA04G314550	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	87	161	6.4e-08	32.7
TkA04G314550	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	89	135	1.4e-05	25.0
TkA04G314550	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	90	138	2.5e-05	24.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LT47`	拟南芥	sp\|Q9LT47\|FIE_ARATH Polycomb group protein FERTILIZATION-INDEPENDENT ENDOSPERM	74.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q6ZJX0`	水稻	sp\|Q6ZJX0\|FIE2_ORYSJ Polycomb group protein FIE1	78.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q6ZJW8`	水稻	sp\|Q6ZJW8\|FIE1_ORYSJ Polycomb group protein FIE1	67.700%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情