TkA04G309700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G309700

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 78130571-78132200 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1329 bp · TkA04G309700|TK1151|cDNA

ATGGCCGATCATATGAGCAATTTACCTGATTGTATTATTCATCACATTCTGTCATTTATGCCCACAAAAGAAGCGGTAAAGACGTCCATATTATCTACAAGATGGAAGAACCTCTGGGCTTCTGTCCCCACCATTGATTTTGATGATGATTTGTTGCACGCTAAAGGTAGGCGTACGGCTGATATGACTTCCTTTATGAATTTTGTAGAAAGAGTCTTACAGTTACGTGATTCATTGAGTATGGAGAAGTTTCGTCTATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1329 bp · TkA04G309700|TK1151|CDS

ATGGCCGATCATATGAGCAATTTACCTGATTGTATTATTCATCACATTCTGTCATTTATGCCCACAAAAGAAGCGGTAAAGACGTCCATATTATCTACAAGATGGAAGAACCTCTGGGCTTCTGTCCCCACCATTGATTTTGATGATGATTTGTTGCACGCTAAAGGTAGGCGTACGGCTGATATGACTTCCTTTATGAATTTTGTAGAAAGAGTCTTACAGTTACGTGATTCATTGAGTATGGAGAAGTTTCGTCTATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

442 aa · TkA04G309700|TK1151|PROTEIN

MADHMSNLPDCIIHHILSFMPTKEAVKTSILSTRWKNLWASVPTIDFDDDLLHAKGRRTADMTSFMNFVERVLQLRDSLSMEKFRLSCRVYCDAYQIRSWISDAIMHDVRELDLSLFQVYSYAIPESMFHSTSLVSLKIILHYNMKFPSYVSFPRLKTLQLTYGQYVDNEYTEILLSGCPVLEELALFTNTFRSNIAISSPSLKSFTICDEPILIYGKFYYGSSYKINIDATNLTNFEYTGSLSNQILLDNVSNLVKACI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G309700`
TK1151 ID	TkA04G309700
OH-1004 ID	LXL04_037459
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.701 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G309700

位置 Chr04:78130571-78132200 (+)

描述 Similar to At3g03040: F-box protein At3g03040

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14096`	F-box/LRR重复蛋白 At4g14096。	暂无已核实直接文献
`At3g58860`	假定的F-box蛋白 At3g58860。	暂无已核实直接文献
`At3g59230`	推定的F-box/LRR重复蛋白 At3g59230。	暂无已核实直接文献
`At3g03040`	F-盒蛋白 At3g03040。	暂无已核实直接文献
`At3g58900`	F-box/LRR重复蛋白 At3g58900。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037459 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03040

ath:AT3G58860

ath:AT3G58900

ath:AT3G59210

ath:AT4G14096

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.725

排名 1 · TkA04G309700 · TK1151

细胞质0.346

排名 2 · TkA04G309700 · TK1151

内质网0.046

排名 3 · TkA04G309700 · TK1151

细胞膜0.042

排名 4 · TkA04G309700 · TK1151

质体0.018

排名 5 · TkA04G309700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box5-43 aa

PF12937F-box-like5-38 aa

PF08387FBD6-16 aa

PF25363DUF7881_C29-79 aa

PF24758LRR_At5g5637098-210 aa

PF25363DUF7881_C148-191 aa

PF07723LRR_2155-180 aa

PF17856TIP49_C273-296 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G309700	`PF00646`	F-box	5	43	3.8e-10	39.9
TkA04G309700	`PF12937`	F-box-like	5	38	0.0079	16.6
TkA04G309700	`PF08387`	FBD	6	16	3.1e-08	34.1
TkA04G309700	`PF25363`	DUF7881_C	29	79	0.047	14.3
TkA04G309700	`PF24758`	LRR_At5g56370	98	210	6.4e-18	66.0
TkA04G309700	`PF25363`	DUF7881_C	148	191	0.047	14.3
TkA04G309700	`PF07723`	LRR_2	155	180	0.0053	18.1
TkA04G309700	`PF17856`	TIP49_C	273	296	0.097	13.6
TkA04G309700	`PF24758`	LRR_At5g56370	283	348	6.4e-18	66.0
TkA04G309700	`PF17856`	TIP49_C	315	338	0.097	13.6
TkA04G309700	`PF25363`	DUF7881_C	323	358	0.047	14.3
TkA04G309700	`PF12937`	F-box-like	326	343	0.0079	16.6
TkA04G309700	`PF07723`	LRR_2	328	335	0.0053	18.1
TkA04G309700	`PF07723`	LRR_2	336	345	0.0053	18.1
TkA04G309700	`PF08387`	FBD	364	403	3.1e-08	34.1
TkA04G309700	`PF07723`	LRR_2	370	377	0.0053	18.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94B46`	拟南芥	sp\|Q94B46\|FBL74_ARATH F-box/LRR-repeat protein At4g14096	32.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LXR6`	拟南芥	sp\|Q9LXR6\|FB207_ARATH Putative F-box protein At3g58860	29.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LX48`	拟南芥	sp\|Q9LX48\|FBL66_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein At3g59230	32.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LDJ9`	拟南芥	sp\|Q9LDJ9\|FB133_ARATH F-box protein At3g03040	31.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q93ZX6`	拟南芥	sp\|Q93ZX6\|FBL57_ARATH F-box/LRR-repeat protein At3g58900	35.800%	Swiss-Prot	中等置信

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