TkA04G267310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G267310

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 67555587-67561155 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1932 bp · TkA04G267310|TK1151|cDNA

CAAATACTCCCTTCCAACCCGATCTCAACCCACCATCACCTCCTGCATCTTCTCTCTCTAAACTAACCGGATAAACACCATTCCAATTATTCTTCCACAATGAGGAGCAATCTGAAGTCCAAATTCCTGGAAGTTTACGAGACTCTGAAATCAGAGCTAATTCATGATCCTGCATTTGAGTTCGACGACGATTCTCGTCAGTGGGTTGAACGGATGCTTGACTACAATGTACCTGGAGGAAAGTTAAACAGAGGCCTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1833 bp · TkA04G267310|TK1151|CDS

ATGAGGAGCAATCTGAAGTCCAAATTCCTGGAAGTTTACGAGACTCTGAAATCAGAGCTAATTCATGATCCTGCATTTGAGTTCGACGACGATTCTCGTCAGTGGGTTGAACGGATGCTTGACTACAATGTACCTGGAGGAAAGTTAAACAGAGGCCTTTCTGTTGTGGACAGTTACAAGCTTCTTAAAGGAGAAGAAGAACTAACAGAAGATGAAGTTTTTCTCGCATGTGCTCTTGGTTGGTGCATTGAATGGTACTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

610 aa · TkA04G267310|TK1151|PROTEIN

MRSNLKSKFLEVYETLKSELIHDPAFEFDDDSRQWVERMLDYNVPGGKLNRGLSVVDSYKLLKGEEELTEDEVFLACALGWCIEWYLMTSRMNPIHAEVNHVGSDYAKLVACALLMFGENLDDHVQVKDVLVEMGIYYQVQIRSDIEDFKCSWLVVKALELANEEQKKLLNGVFEDYENKTHEKLVKSIETHPSNAIQAVLTFYEPVDKYIVLSFFLIANVPFIHLMATTAHQYQLTCSCAPKLKENSPKKTKLQAQCRH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G267310`
TK1151 ID	TkA04G267310
OH-1004 ID	LXL04_037275
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	85.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G267310

位置 Chr04:67555587-67561155 (-)

描述 Similar to FDS-2: Farnesyl diphosphate synthase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26570`	充当钙传感器。	A protein kinase, calcineurin B-like protein-interacting protein Kinase9, interacts with calcium sensor calcineurin B-like Protein3 and regulates potassium homeostasis under low-potassium stress in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.112.206896
`At5g55990`	充当钙传感器。	Arabidopsis protein kinase PKS5 inhibits the plasma membrane H+ -ATPase by preventing interaction with 14-3-3 protein.2007 · DOI: 10.1105/tpc.105.035626 S-acylation-dependent association of the calcium sensor CBL2 with the vacuolar membrane is essential for proper abscisic acid responses.2012 · DOI: 10.1038/cr.2012.71

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0626800`	充当钙传感器。	暂无已核实直接文献
`Os12g0597000`	充当钙传感器。	A gibberellin-regulated calcineurin B in rice localizes to the tonoplast and is implicated in vacuole function.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.062703
`Os12g0162400`	充当钙传感器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037275 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006695 cholesterol biosynthetic process 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0033384 geranyl diphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0045337 farnesyl diphosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0004161 dimethylallyltranstransferase activity 分子功能

GO:0004337 (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.893

排名 1 · TkA04G267310 · TK1151

细胞质0.062

排名 2 · TkA04G267310 · TK1151

线粒体0.061

排名 3 · TkA04G267310 · TK1151

内质网0.037

排名 4 · TkA04G267310 · TK1151

过氧化物酶体0.034

排名 5 · TkA04G267310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499EF-hand_77-34 aa

PF00348polyprenyl_synt34-86 aa

PF00348polyprenyl_synt109-141 aa

PF00348polyprenyl_synt143-184 aa

PF10591SPARC_Ca_bdg153-189 aa

PF21329CYP38_PsbQ-like155-191 aa

PF23564EF-hand_FSTL1160-184 aa

PF05757PsbQ227-410 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G267310	`PF13499`	EF-hand_7	7	34	5.5e-15	56.2
TkA04G267310	`PF00348`	polyprenyl_synt	34	86	6.8e-17	62.2
TkA04G267310	`PF00348`	polyprenyl_synt	109	141	6.8e-17	62.2
TkA04G267310	`PF00348`	polyprenyl_synt	143	184	6.8e-17	62.2
TkA04G267310	`PF10591`	SPARC_Ca_bdg	153	189	0.007	17.4
TkA04G267310	`PF21329`	CYP38_PsbQ-like	155	191	0.0059	17.8
TkA04G267310	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	160	184	0.0032	18.6
TkA04G267310	`PF05757`	PsbQ	227	410	2.8e-23	83.8
TkA04G267310	`PF21329`	CYP38_PsbQ-like	322	401	0.0059	17.8
TkA04G267310	`PF12763`	EH	447	513	0.0011	19.6
TkA04G267310	`PF13499`	EF-hand_7	465	513	5.5e-15	56.2
TkA04G267310	`PF13405`	EF-hand_6	465	478	1.5e-13	49.9
TkA04G267310	`PF00036`	EF-hand_1	466	479	3e-17	61.5
TkA04G267310	`PF13202`	EF-hand_5	466	475	2.7e-14	52.6
TkA04G267310	`PF13833`	EF-hand_8	466	512	5.2e-07	30.0
TkA04G267310	`PF30347`	RSA-1_C	475	550	0.0057	17.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LEM7`	拟南芥	sp\|Q8LEM7\|CNBL3_ARATH Calcineurin B-like protein 3	96.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q8LAS7`	拟南芥	sp\|Q8LAS7\|CNBL2_ARATH Calcineurin B-like protein 2	97.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q75LU8`	水稻	sp\|Q75LU8\|CNBL3_ORYSJ Calcineurin B-like protein 3	96.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q3HRP5`	水稻	sp\|Q3HRP5\|CNBL2_ORYSJ Calcineurin B-like protein 2	92.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q3HRP1`	水稻	sp\|Q3HRP1\|CNBL6_ORYSJ Calcineurin B-like protein 6	78.300%	Swiss-Prot	低置信

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