TkA04G188820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G188820

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 48669035-48679279 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4378 bp · TkA04G188820|TK1151|cDNA

GTAAAGTTAGTTTAAAAAATAAATAAACTAATAATCATCTTTATATACCAAAAAAACACCCCATTAAAGTGTGGGAGGTAGAAAATTTGTGCTTGGCATTTGGCCATAATTGATAATTCCCTTCCTATGTGGGAAGAGATGGTTCTGAATTTGTCTGTTTAGTCTTCTGAAGAAGAACCAGAGGGACCAATAAGTTTTGGAATTTGTTTCACGAGAACACATGCTACCTCTTCTCCATAATACTCCCTTCCTCTTCTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

4251 bp · TkA04G188820|TK1151|CDS

ATGGCGTCCACCTCTTCTTCTTCTTCATCTTCTTCTTCGTCTTCTCATCGCCATGAATCCATAGACCCTAAGCTTTTAAGATTACTCGTTTCTTTGATCAATGACCACATTTACTCGTTCTTATCCAACCACAAGTCCAGAAAGATACTACACGCTATATGCTCCTCAAATCTCAAGTTTCACGAGCAGGATTTCTTCGACTTCTCGGAACAATCAGTACTCTCGAATTTTTACTGGGGTATTCAGAATGTAGAAGCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1416 aa · TkA04G188820|TK1151|PROTEIN

MASTSSSSSSSSSSSHRHESIDPKLLRLLVSLINDHIYSFLSNHKSRKILHAICSSNLKFHEQDFFDFSEQSVLSNFYWGIQNVEAAVQSKCPEDIKPKLQRAEKMLQAPALLNEDGTTAGVSNSYLVCYAYFYLSVVRKLQRDELQVSVHFLQALVVSPAVVRVELAPELYRAIVESCIVPLRPEFRNEVEESEGVKWGARSYKAWLMYHQVISYGQSPLLMKEPDENLLEIRNMNACSTSSSNSYEHMHHLHQLRMHQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G188820`
TK1151 ID	TkA04G188820
OH-1004 ID	LXL04_029887
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.370 / OH-1004 99.593 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G188820

位置 Chr04:48669035-48679279 (+)

描述 Similar to CERBERUS: Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50850`	丙酮酸脱氢酶复合体催化丙酮酸总体转化为乙酰辅酶A和CO₂。	暂无已核实直接文献
`At4g24290`	负向调控植物免疫中水杨酸（SA）介导的程序性细胞死亡途径。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0536000`	丙酮酸脱氢酶复合体催化丙酮酸总体转化为乙酰辅酶A和CO₂。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029887 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

mtr:11418360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.413

排名 1 · TkA04G188820 · TK1151

细胞核0.355

排名 2 · TkA04G188820 · TK1151

细胞膜0.249

排名 3 · TkA04G188820 · TK1151

内质网0.080

排名 4 · TkA04G188820 · TK1151

高尔基体0.073

排名 5 · TkA04G188820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23568ARM_LIN28-192 aa

PF23654ARM_LIN_2nd403-565 aa

PF23628ARM_LIN_C568-922 aa

PF25174Beta-prop_THOC3569-604 aa

PF23654ARM_LIN_2nd717-750 aa

PF23414Beta-prop_EML_2776-789 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz907-1036 aa

PF00400WD40940-973 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G188820	`PF23568`	ARM_LIN	28	192	5.4e-27	95.3
TkA04G188820	`PF23654`	ARM_LIN_2nd	403	565	6.5e-50	169.6
TkA04G188820	`PF23628`	ARM_LIN_C	568	922	3.8e-60	204.5
TkA04G188820	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	569	604	2.9e-09	37.1
TkA04G188820	`PF23654`	ARM_LIN_2nd	717	750	6.5e-50	169.6
TkA04G188820	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	776	789	0.0015	18.7
TkA04G188820	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	907	1036	2.6e-09	37.5
TkA04G188820	`PF00400`	WD40	940	973	3.1e-10	40.8
TkA04G188820	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	951	976	2.2e-05	25.1
TkA04G188820	`PF21031`	WDR54	951	1021	0.0017	18.3
TkA04G188820	`PF23409`	Beta-prop_EML	957	1053	1.4e-07	32.0
TkA04G188820	`PF25391`	WD40_Gbeta	959	1060	0.054	13.2
TkA04G188820	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	960	1100	2.4e-13	50.9
TkA04G188820	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	960	1222	1.8e-12	47.9
TkA04G188820	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	960	1201	2.9e-09	37.1
TkA04G188820	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	960	1020	3.6e-08	33.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38799`	拟南芥	sp\|Q38799\|ODPB1_ARATH Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta-1, mitochondrial	80.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9STW5`	拟南芥	sp\|Q9STW5\|MACP2_ARATH MACPF domain-containing protein At4g24290	71.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q6Z1G7`	水稻	sp\|Q6Z1G7\|ODPB1_ORYSJ Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta-1, mitochondrial	80.600%	Swiss-Prot	低置信

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