TkA04G175210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G175210

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 45380012-45382397 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1604 bp · TkA04G175210|TK1151|cDNA

TATCCAATAGCCGAGGTTTTGAGTTTTGGTTGGCGAAGGTTTATCAATCATCAATGGCGTTGCTACAGTTTATGTGCTCCGTAACGCCACTTGCACGTGCCGCAAGGTCACGTTCCCTCATCGTCTCCTCCTCCCGAACCGTCGTCACTGTCCCCACTACCACTACCACTACCATCACAAGTAGCAAGATAAAGGTGTCGCCACCAGACTCGAACGTGCTTCTCGGCATGTCTGAGGAACAGCTTCAACAGCTCGCTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1269 bp · TkA04G175210|TK1151|CDS

ATGGCGTTGCTACAGTTTATGTGCTCCGTAACGCCACTTGCACGTGCCGCAAGGTCACGTTCCCTCATCGTCTCCTCCTCCCGAACCGTCGTCACTGTCCCCACTACCACTACCACTACCATCACAAGTAGCAAGATAAAGGTGTCGCCACCAGACTCGAACGTGCTTCTCGGCATGTCTGAGGAACAGCTTCAACAGCTCGCTATTGACTTCGGTCAGCAAAGTTATAGAGGCAAACAGTTGCATCATCTTCTGTACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

422 aa · TkA04G175210|TK1151|PROTEIN

MALLQFMCSVTPLARAARSRSLIVSSSRTVVTVPTTTTTTITSSKIKVSPPDSNVLLGMSEEQLQQLAIDFGQQSYRGKQLHHLLYKRRVKDIQEFSQVPLAFRTELQEAGWVVGRSSVHSSVKAADGTIKLLIKLEDNRLVETVGIPVADDKGSVRLTCCVSSQVGCPLRCSFCATGKGGFSRNLKGHEIVEQVLAIEEVFNNRVTNVVFMGMGEPMLNLKEVLAAHRCLNKDVQIGQRMMTISTVGVPNTIKKLASHK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G175210`
TK1151 ID	TkA04G175210
OH-1004 ID	LXL04_035047
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 89.212 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G175210`
位置	Chr04:45380012-45382397 (+)
描述	Similar to rlmN: Probable dual-specificity RNA methyltransferase RlmN (Acaryochloris marina (strain MBIC 11017)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035047` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0030488 tRNA methylation 生物过程 GO:0070475 rRNA base methylation 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0000049 tRNA binding 分子功能 GO:0002935 tRNA (adenine(37)-C2)-methyltransferase activity 分子功能 GO:0019843 rRNA binding 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能 GO:0051539 4 iron, 4 sulfur cluster binding 分子功能 GO:0070040 rRNA (adenine(2503)-C2-)-methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	amr:AM1_3982 cya:CYA_2570 gvi:gll2079 npu:Npun_F3954 tel:tll2425 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.555

排名 1 · TkA04G175210 · TK1151

线粒体0.541

排名 2 · TkA04G175210 · TK1151

细胞质0.055

排名 3 · TkA04G175210 · TK1151

细胞核0.050

排名 4 · TkA04G175210 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA04G175210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27693Herpes_UL531-82 aa

PF21016RlmN_N56-109 aa

PF04055Radical_SAM163-324 aa

PF19238Radical_SAM_2164-175 aa

PF13353Fer4_12165-236 aa

PF19238Radical_SAM_2252-331 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G175210	`PF27693`	Herpes_UL5	31	82	0.16	12.5
TkA04G175210	`PF21016`	RlmN_N	56	109	1.6e-06	28.5
TkA04G175210	`PF04055`	Radical_SAM	163	324	1.8e-17	64.7
TkA04G175210	`PF19238`	Radical_SAM_2	164	175	0.16	12.4
TkA04G175210	`PF13353`	Fer4_12	165	236	0.0038	18.3
TkA04G175210	`PF19238`	Radical_SAM_2	252	331	0.16	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情