TkA04G154390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G154390

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 39938695-39941660 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1779 bp · TkA04G154390|TK1151|cDNA

GGTTATCGACATGTTACGGTGGGGCAGCGGAGCATGTAACCAGAGCCCTACATCGGTTCCCAAAGCAAGCCACATCATTTCTTCCCCGTTTCTCTCTCCTTCCTCGTCGTTCACAGCCAAGCCACCCAAAATACACGCACTGGTTACACCACAACAGACACACACACACACACGCATCACATGTATCACTGAGAATTGCCTAGAATTCTTCTTCAATCCAATGGGAATGGCTCTACCTAACATTGGTTCCTTCTCCACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · TkA04G154390|TK1151|CDS

ATGTTACGGTGGGGCAGCGGAGCATGTAACCAGAGCCCTACATCGGTTCCCAAAGCAAGCCACATCATTTCTTCCCCGTTTCTCTCTCCTTCCTCGTCGTTCACAGCCAAGCCACCCAAAATACACGCACTGGTTACACCACAACAGACACACACACACACACGCATCACATGTATCACTGAGAATTGCCTAGAATTCTTCTTCAATCCAATGGGAATGGCTCTACCTAACATTGGTTCCTTCTCCACCCCAGCCGCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · TkA04G154390|TK1151|PROTEIN

MLRWGSGACNQSPTSVPKASHIISSPFLSPSSSFTAKPPKIHALVTPQQTHTHTRITCITENCLEFFFNPMGMALPNIGSFSTPAAAVAPPSTNSSSSSADDASKKIRKPYTITKSRESWTEPEHDKFLEALQLFDRDWKKIEAFIGSKTVIQIRSHAQKYFLKVQKSGTNEHLPPPRPKRKAAHPYPQKAAKNPPVLSNVTSSFQTPEFIQTNPSTAVKNSVETDNLSHIANDDIISGGQQMAVNYSSSNESAPKTRTT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G154390`
TK1151 ID	TkA04G154390
OH-1004 ID	LXL04_035206
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G154390

位置 Chr04:39938695-39941660 (-)

描述 Similar to RVE6: Protein REVEILLE 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g52660`	可能的转录因子（通过同源推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g01520`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g01280`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g09600`	含有晚间元素的时钟控制基因的转录激活剂。	Functional implication of the MYB transcription factor RVE8/LCL5 in the circadian control of histone acetylation.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04484.x Histone acetylation and the circadian clock: a role for the MYB transcription factor RVE8/LCL5.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.4.14837 REVEILLE8 and PSEUDO-REPONSE REGULATOR5 form a negative feedback loop within the Arabidopsis circadian clock.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1001350 Accurate timekeeping is controlled by a cycling activator in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.7554/elife.00473 SWELLMAP 2, a phyB-Interacting Splicing Factor, Negatively Regulates Seedling Photomorphogenesis in Arabidopsis .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.836519
`At5g02840`	可能的转录因子。	Multifocal two-photon laser scanning microscopy combined with photo-activatable GFP for in vivo monitoring of intracellular protein dynamics in real time.2007 · DOI: 10.1016/j.jsb.2006.12.012

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035206 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0043153 entrainment of circadian clock by photoperiod 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01520

ath:AT3G09600

ath:AT4G01280

ath:AT5G02840

ath:AT5G52660

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.885

排名 1 · TkA04G154390 · TK1151

细胞质0.177

排名 2 · TkA04G154390 · TK1151

细胞膜0.043

排名 3 · TkA04G154390 · TK1151

内质网0.034

排名 4 · TkA04G154390 · TK1151

质体0.016

排名 5 · TkA04G154390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15963Myb_DNA-bind_7112-156 aa

PF00249Myb_DNA-binding117-162 aa

PF25826DUF7952120-165 aa

PF13921Myb_DNA-bind_6120-154 aa

PF24904RVE6138-149 aa

PF24904RVE6272-334 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G154390	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	112	156	0.0072	16.8
TkA04G154390	`PF00249`	Myb_DNA-binding	117	162	1e-10	42.3
TkA04G154390	`PF25826`	DUF7952	120	165	0.0017	19.2
TkA04G154390	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	120	154	0.062	14.2
TkA04G154390	`PF24904`	RVE6	138	149	7.1e-38	129.3
TkA04G154390	`PF24904`	RVE6	272	334	7.1e-38	129.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H0W3`	拟南芥	sp\|Q8H0W3\|RVE6_ARATH Protein REVEILLE 6	54.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q6R0H0`	拟南芥	sp\|Q6R0H0\|RVE3_ARATH Protein REVEILLE 3	53.500%	Swiss-Prot	高置信
`C0SVG5`	拟南芥	sp\|C0SVG5\|RVE5_ARATH Protein REVEILLE 5	50.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8RWU3`	拟南芥	sp\|Q8RWU3\|RVE8_ARATH Protein REVEILLE 8	58.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6R0G4`	拟南芥	sp\|Q6R0G4\|RVE4_ARATH Protein REVEILLE 4	54.800%	Swiss-Prot	中等置信

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