LXL04_035206 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035206

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 17541501-17543760 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1068 bp · LXL04_035206|LXL04_035206|OH1004|cDNA

ATGTTACGGTGGGGCAGCGGAGCATGTAACCAGAGCCCTACATCGGTTCCCAAAGCAAGCCACATCATTTCTTCCCCGTTTCTCTCTCCTTCCTCGTCGTTCACAGCCAAGCCACCCAAAATACACGCACTGGTTACACCACAAcagacacacacacacacacgcaTCACATGTATCACTGAGAATTGCCTAGAATTCTTCTTCAATCCAATGGGAATGGCTCTACCTAACATTGGTTCCTTCTCCACCCCAGCCGCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · LXL04_035206|LXL04_035206|OH1004|CDS

ATGTTACGGTGGGGCAGCGGAGCATGTAACCAGAGCCCTACATCGGTTCCCAAAGCAAGCCACATCATTTCTTCCCCGTTTCTCTCTCCTTCCTCGTCGTTCACAGCCAAGCCACCCAAAATACACGCACTGGTTACACCACAACAGACACACACACACACACGCATCACATGTATCACTGAGAATTGCCTAGAATTCTTCTTCAATCCAATGGGAATGGCTCTACCTAACATTGGTTCCTTCTCCACCCCAGCCGCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · LXL04_035206|LXL04_035206|OH1004|PROTEIN

MLRWGSGACNQSPTSVPKASHIISSPFLSPSSSFTAKPPKIHALVTPQQTHTHTRITCITENCLEFFFNPMGMALPNIGSFSTPAAAVAPPSTNSSSSSADDASKKIRKPYTITKSRESWTEPEHDKFLEALQLFDRDWKKIEAFIGSKTVIQIRSHAQKYFLKVQKSGTNEHLPPPRPKRKAAHPYPQKAAKNPPVLSNVTSSFQTPEFIQTNPSTAVKNSVETDNLSHIANDDIISGGQQMAVNYSSSNESAPKTRTT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035206`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035206

位置 Chr08:17541501-17543760 (+)

描述 Similar to RVE6: Protein REVEILLE 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g52660`	可能的转录因子（通过同源推测）。	暂无已核实直接文献
`At1g01520`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g09600`	含有晚间元素的时钟控制基因的转录激活剂。	Functional implication of the MYB transcription factor RVE8/LCL5 in the circadian control of histone acetylation.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04484.x Histone acetylation and the circadian clock: a role for the MYB transcription factor RVE8/LCL5.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.4.14837 REVEILLE8 and PSEUDO-REPONSE REGULATOR5 form a negative feedback loop within the Arabidopsis circadian clock.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1001350 Accurate timekeeping is controlled by a cycling activator in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.7554/elife.00473 SWELLMAP 2, a phyB-Interacting Splicing Factor, Negatively Regulates Seedling Photomorphogenesis in Arabidopsis .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.836519
`At4g01280`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g02840`	可能的转录因子。	Multifocal two-photon laser scanning microscopy combined with photo-activatable GFP for in vivo monitoring of intracellular protein dynamics in real time.2007 · DOI: 10.1016/j.jsb.2006.12.012

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035206 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0010099 regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0042753 positive regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0043153 entrainment of circadian clock by photoperiod 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01520

ath:AT3G09600

ath:AT4G01280

ath:AT5G02840

ath:AT5G52660

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.885

排名 1 · LXL04_035206 · OH-1004

细胞质0.177

排名 2 · LXL04_035206 · OH-1004

细胞膜0.043

排名 3 · LXL04_035206 · OH-1004

内质网0.034

排名 4 · LXL04_035206 · OH-1004

质体0.016

排名 5 · LXL04_035206 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding117-162 aa

PF24904.2RVE6272-334 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035206	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	117	162	1e-10	42.3
LXL04_035206	`PF24904.2`	RVE6	272	334	7.1e-38	129.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H0W3`	拟南芥	Protein REVEILLE 6	57.798%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6R0H0`	拟南芥	Protein REVEILLE 3	56.272%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RWU3`	拟南芥	Protein REVEILLE 8	55.094%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0SVG5`	拟南芥	Protein REVEILLE 5	50.987%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6R0G4`	拟南芥	Protein REVEILLE 4	56.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情