TkA04G144520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G144520

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 37444378-37448469 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2436 bp · TkA04G144520|TK1151|cDNA

GAAAAGATGGCATGATTATTGTCGTATCATAATGGTTTCATGCCTATAGAAATCAATATGGTGTGATTCAAAAGAAACGTCAATAGAGTTCTTACTTTCTACGCACCACACAACAATGGCAACTCTACCACTCTTCCTCCCTTTTCAGCCCGCACTTAACCACCACCGCCGGCAACTTCTTATCTTAAATGGACAACGCCGACCTACTTCTTCATCGCCGCTACTCCGTCAGCAACCACTTCGGCTAGCTCTAACCCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2157 bp · TkA04G144520|TK1151|CDS

ATGGCAACTCTACCACTCTTCCTCCCTTTTCAGCCCGCACTTAACCACCACCGCCGGCAACTTCTTATCTTAAATGGACAACGCCGACCTACTTCTTCATCGCCGCTACTCCGTCAGCAACCACTTCGGCTAGCTCTAACCCGCCAGAAACCCAGCTTCATCCCTGCGGCTTACATAACAGGTCCCGCCTCGGATGCAATCGTCGCCGCCGATGATCCGAAGATAGATGAATCAGATTCCACTCCCGAACCGGTGCAGCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

718 aa · TkA04G144520|TK1151|PROTEIN

MATLPLFLPFQPALNHHRRQLLILNGQRRPTSSSPLLRQQPLRLALTRQKPSFIPAAYITGPASDAIVAADDPKIDESDSTPEPVQRFNAISWGLLLKLLSRHKLRVAASIVSLVCCTTCTLSMPILSGKFFEVLIGARSEPLWQLLSKVGVLYTLEPIFTVIFVINMNTIWEKVMSSLRAQIFGSVLIHKVEFFDRYKVGELTALLTSDLGSFKNIVSENISRDRGFRALTEVVGTMCLLFILAPQLAPILGVLMLAVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G144520`
TK1151 ID	TkA04G144520
OH-1004 ID	LXL04_021286
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	34.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.769 / OH-1004 91.052 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G144520

位置 Chr04:37444378-37448469 (-)

描述 Similar to ABCB25: ABC transporter B family member 25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25450`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 28。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021286 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006783 heme biosynthetic process 生物过程

GO:0006839 mitochondrial transport 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0006972 hyperosmotic response 生物过程

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0034514 mitochondrial unfolded protein response 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0070455 positive regulation of heme biosynthetic process 生物过程

GO:0090374 oligopeptide export from mitochondrion 生物过程

GO:0140982 detoxification of aluminum ion 生物过程

GO:0170037 export from the mitochondrion 生物过程

GO:1902602 aluminum ion transmembrane transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G39040

ddi:DDB_G0293416

dosa:Os03g0755100

hsa:23456

mmu:56199

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.958

排名 1 · TkA04G144520 · TK1151

线粒体0.053

排名 2 · TkA04G144520 · TK1151

细胞质0.019

排名 3 · TkA04G144520 · TK1151

过氧化物酶体0.018

排名 4 · TkA04G144520 · TK1151

细胞膜0.016

排名 5 · TkA04G144520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664ABC_membrane108-378 aa

PF00004AAA384-446 aa

PF13175AAA_15406-443 aa

PF02463SMC_N423-682 aa

PF00005ABC_tran426-447 aa

PF00005ABC_tran492-643 aa

PF09818ABC_ATPase497-536 aa

PF03193RsgA_GTPase499-523 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G144520	`PF00664`	ABC_membrane	108	378	7.4e-34	118.4
TkA04G144520	`PF00004`	AAA	384	446	0.033	15.3
TkA04G144520	`PF13175`	AAA_15	406	443	0.011	16.1
TkA04G144520	`PF02463`	SMC_N	423	682	1.3e-08	35.3
TkA04G144520	`PF00005`	ABC_tran	426	447	2e-33	116.6
TkA04G144520	`PF00005`	ABC_tran	492	643	2e-33	116.6
TkA04G144520	`PF09818`	ABC_ATPase	497	536	0.00036	20.4
TkA04G144520	`PF03193`	RsgA_GTPase	499	523	0.0082	16.7
TkA04G144520	`PF13481`	AAA_25	499	525	0.074	13.4
TkA04G144520	`PF13555`	AAA_29	502	519	0.0078	16.7
TkA04G144520	`PF13401`	AAA_22	503	649	0.0025	18.8
TkA04G144520	`PF13604`	AAA_30	503	536	0.008	16.7
TkA04G144520	`PF13304`	AAA_21	504	525	0.0028	18.4
TkA04G144520	`PF13175`	AAA_15	504	544	0.011	16.1
TkA04G144520	`PF13191`	AAA_16	504	539	0.037	15.2
TkA04G144520	`PF13521`	AAA_28	506	550	0.13	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPQ6`	拟南芥	sp\|Q8LPQ6\|AB28B_ARATH ABC transporter B family member 28	70.200%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情