TkA04G140680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G140680

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 36392504-36398119 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1528 bp · TkA04G140680|TK1151|cDNA

TTTCCCCTTTTATCCTCTAGAGTCAAAACAGACGCGAGGGATACGAAAGGACGGTAGGATCAGCACACGTGGCCGTTAAATCGCCCCCAAATAAAAACGGGTTTCACGAGAACGCTCTAAACCCAATTGGTGAAGCAAAGCACTGCAACTTAGAGATGAAGGGATCGACGGAGACGAAGTTCTTACAGGAACTGGTGTTGTACGCCGCCAGCGCCGCCCTCAGTTGTCTGGTGCTGTTCGCCGGACTCAAACATCTTGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1173 bp · TkA04G140680|TK1151|CDS

ATGAAGGGATCGACGGAGACGAAGTTCTTACAGGAACTGGTGTTGTACGCCGCCAGCGCCGCCCTCAGTTGTCTGGTGCTGTTCGCCGGACTCAAACATCTTGATCCTAATCGAGAAGCTTCGAAGAAAGCCCTTGAACAGAAGAAAGAAATCTCCAAGCGCTTAGGTCGCCCCCTTATCCATACAAATCCATACGAGGATGTGATTGCATGCAACGTGATAAATCCAGATCACATTGATGTTGAATTTGACTCCATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

390 aa · TkA04G140680|TK1151|PROTEIN

MKGSTETKFLQELVLYAASAALSCLVLFAGLKHLDPNREASKKALEQKKEISKRLGRPLIHTNPYEDVIACNVINPDHIDVEFDSIGGLETIKQALYELVILPLRRPELFSYGKLLGPQKGVLLYGPPGTGKTMLAKAIAKESGAVFINVRISDLMSKWFGDAQKLVAAVFSLAYKLQPAIIFIDEVDSFLGQRRSSDHEALTNMKTEFMALWDGFTTDQNARVMVLAATNRPSELDEAILRRLPQAFEIGLPDRKERAQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G140680`
TK1151 ID	TkA04G140680
OH-1004 ID	LXL04_035379
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 85.021 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G140680`
位置	Chr04:36392504-36398119 (-)
描述	Similar to atad1a: ATPase family AAA domain-containing protein 1-A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035379` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002092 positive regulation of receptor internalization 生物过程 GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程 GO:0140570 extraction of mislocalized protein from mitochondrial outer membrane 生物过程 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分 GO:0005778 peroxisomal membrane 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能 GO:0140567 membrane protein dislocase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:506045 hsa:84896 mmu:67979 rno:309532 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.349

排名 1 · TkA04G140680 · TK1151

线粒体0.347

排名 2 · TkA04G140680 · TK1151

细胞质0.172

排名 3 · TkA04G140680 · TK1151

内质网0.106

排名 4 · TkA04G140680 · TK1151

细胞核0.100

排名 5 · TkA04G140680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00493MCM84-231 aa

PF02367TsaE114-144 aa

PF13481AAA_25115-137 aa

PF12775AAA_7115-143 aa

PF01057Parvo_NS1116-143 aa

PF20720nSTAND3118-262 aa

PF01637ATPase_2118-143 aa

PF05673DUF815119-233 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G140680	`PF00493`	MCM	84	231	0.0016	18.3
TkA04G140680	`PF02367`	TsaE	114	144	0.017	15.8
TkA04G140680	`PF13481`	AAA_25	115	137	0.00027	21.3
TkA04G140680	`PF12775`	AAA_7	115	143	0.011	16.0
TkA04G140680	`PF01057`	Parvo_NS1	116	143	0.00023	21.0
TkA04G140680	`PF20720`	nSTAND3	118	262	0.0001	22.7
TkA04G140680	`PF01637`	ATPase_2	118	143	0.06	13.9
TkA04G140680	`PF05673`	DUF815	119	233	0.00061	19.7
TkA04G140680	`PF00270`	DEAD	119	136	0.052	14.0
TkA04G140680	`PF13245`	AAA_19	119	142	0.13	13.1
TkA04G140680	`PF13191`	AAA_16	120	155	5.4e-05	24.5
TkA04G140680	`PF13173`	AAA_14	120	189	0.00017	22.3
TkA04G140680	`PF06068`	TIP49	120	158	0.00052	20.0
TkA04G140680	`PF01695`	IstB_IS21	120	187	0.0013	19.1
TkA04G140680	`PF00158`	Sigma54_activat	120	151	0.0076	16.7
TkA04G140680	`PF05621`	TniB	120	142	0.0092	16.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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