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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G138420
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 35905869-35908878 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2424 bp · TkA04G138420|TK1151|cDNA

AAAGCATTACAAAACGGATTAGAAAACGGATTAGAAAGGACAGGTCAAATAGAATTATCAACCATCTAAGCCCCAATTGGATTCGCATGCGGCATATCACACCGAGCTCCAGTGAACTCTCTACCTCTCTCTTAGGGTTTCAATTTCAATCGAGTCGTCTCAGTTTGGACTTGCTACATTTGACGCCACAACTTTTAGCTCAAATTTCAAGGAGCTTACGGACCTTTTCTTATAACAATGCCCTAAAATTTTGATTTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1977 bp · TkA04G138420|TK1151|CDS

ATGATGGATAGATCGAGATCTAAGAGGTACTATTACGATCAGGAATATGACCATATGGATACTGTACCCAGAACAAAGCAGCGCTACAATAACAACTACGGTGGCGGCCACCATTACGGTCCTAACAACCATCACCAGCGACGGAACATAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGCGGAGGCCGGAAACCCCAAGATCCCCCCTCATCCATCATGGTTACCACCAGTTATCGGATCTTGTGTCATGATGCTAAAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

658 aa · TkA04G138420|TK1151|PROTEIN

MMDRSRSKRYYYDQEYDHMDTVPRTKQRYNNNYGGGHHYGPNNHHQRRNIGGGGGGGSGGGGRKPQDPPSSIMVTTSYRILCHDAKAGSVIGKSGSIIKAIRQHTGAWINVHELMPGDEERIIEISDTRRRDPDGRMPSFSPAQEALLLIHERILESDGGGYSLGYGGDDDEDMYSSRLGVNRLVTRLVVSRMHVGCLLGKGGKIIEQMRMETKTHIRVLPRDHTIPRCVEMSEEIVQVVGEMGSVKNAVEIISSRLRES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G138420
TK1151 IDTkA04G138420
OH-1004 IDLXL04_035362
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G138420
位置Chr04:35905869-35908878 (+)
描述Similar to RCF3: RNA-binding KH domain-containing protein RCF3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g53060 作为渗透压诱导基因表达的负调节剂。
HOS5-a negative regulator of osmotic stress-induced gene expression in Arabidopsis thaliana.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00558.x
A KH domain-containing putative RNA-binding protein is critical for heat stress-responsive gene regulation and thermotolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss119
The arabidopsis RNA binding protein with K homology motifs, SHINY1, interacts with the C-terminal domain phosphatase-like 1 (CPL1) to repress stress-inducible gene expression.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003625
A KH-domain RNA-binding protein interacts with FIERY2/CTD phosphatase-like 1 and splicing factors and is important for pre-mRNA splicing in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003875
The Arabidopsis KH-Domain RNA-Binding Protein ESR1 Functions in Components of Jasmonate Signalling, Unlinking Growth Restraint and Resistance to Stress.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0126978
The RNA-binding protein HOS5 and serine/arginine-rich proteins RS40 and RS41 participate in miRNA biogenesis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv751
KH domain protein RCF3 is a tissue-biased regulator of the plant miRNA biogenesis cofactor HYL1.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1512865112
At5g64390 在第三轮花器官的身份和花的决定性中发挥作用，通过特异性促进AGAMOUS (AG) 前mRNA的剪接处理。 暂无已核实直接文献
At4g18375 含 KH 结构域的蛋白质 At4g18375。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035362 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程
GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程
GO:0010286 heat acclimation 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0031053 primary miRNA processing 生物过程
GO:0048497 maintenance of floral organ identity 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G18375
ath:AT5G53060
ath:AT5G64390
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.842
排名 1 · TkA04G138420 · TK1151
细胞质0.236
排名 2 · TkA04G138420 · TK1151
细胞膜0.047
排名 3 · TkA04G138420 · TK1151
内质网0.021
排名 4 · TkA04G138420 · TK1151
溶酶体／液泡0.016
排名 5 · TkA04G138420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13083KH_KhpA-B75-105 aa
PF00013KH_178-126 aa
PF07650KH_278-105 aa
PF13184KH_NusA_1st86-105 aa
PF22675KH-I_KHDC4-BBP88-111 aa
PF22891KH_PNO1_2nd88-112 aa
PF24668KH_Vigilin93-111 aa
PF07650KH_2178-220 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G138420PF13083KH_KhpA-B751059.1e-0626.2
TkA04G138420PF00013KH_1781261.1e-41141.2
TkA04G138420PF07650KH_2781051.5e-0628.7
TkA04G138420PF13184KH_NusA_1st861050.00916.9
TkA04G138420PF22675KH-I_KHDC4-BBP881110.0006820.2
TkA04G138420PF22891KH_PNO1_2nd881120.6610.6
TkA04G138420PF24668KH_Vigilin931110.03114.8
TkA04G138420PF07650KH_21782201.5e-0628.7
TkA04G138420PF00013KH_11862541.1e-41141.2
TkA04G138420PF13083KH_KhpA-B1872109.1e-0626.2
TkA04G138420PF13184KH_NusA_1st1942200.00916.9
TkA04G138420PF22675KH-I_KHDC4-BBP1952190.0006820.2
TkA04G138420PF22891KH_PNO1_2nd1952200.6610.6
TkA04G138420PF24668KH_Vigilin2032180.03114.8
TkA04G138420PF01813ATP-synt_D2222630.4111.2
TkA04G138420PF00013KH_13463961.1e-41141.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8W4B1拟南芥sp|Q8W4B1|RCF3_ARATH RNA-binding KH domain-containing protein RCF359.000%Swiss-Prot高置信
F4KDN0拟南芥sp|F4KDN0|HEN4_ARATH KH domain-containing protein HEN435.500%Swiss-Prot低置信
P58223拟南芥sp|P58223|Y4837_ARATH KH domain-containing protein At4g1837530.600%Swiss-Prot低置信

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