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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_035362
当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 21098550-21101118 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2058 bp · LXL04_035362|LXL04_035362|OH1004|cDNA

ATGATGGATAGATCGAGATCTAAGAGGTACTATTACGATCAGGAATATGACCATATGGATACTGTACCCAGAACAAAGCAGCGCTACAATAACAACTACGGTGGCGGCCACCATTACGGTCCTAACAACCATCACCAGCGACGGAACataggtggtggtggtggtggtggtggtagtGGTGGCGGAGGCCGGAAACCCCAAGATCCCCCCTCATCCATCATGGTTACCACCAGTTATCGGATCTTGTGTCATGATGCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2058 bp · LXL04_035362|LXL04_035362|OH1004|CDS

ATGATGGATAGATCGAGATCTAAGAGGTACTATTACGATCAGGAATATGACCATATGGATACTGTACCCAGAACAAAGCAGCGCTACAATAACAACTACGGTGGCGGCCACCATTACGGTCCTAACAACCATCACCAGCGACGGAACATAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGCGGAGGCCGGAAACCCCAAGATCCCCCCTCATCCATCATGGTTACCACCAGTTATCGGATCTTGTGTCATGATGCTAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

685 aa · LXL04_035362|LXL04_035362|OH1004|PROTEIN

MMDRSRSKRYYYDQEYDHMDTVPRTKQRYNNNYGGGHHYGPNNHHQRRNIGGGGGGGGSGGGGRKPQDPPSSIMVTTSYRILCHDAKAGSVIGKSGSIIKAIRQHTGAWINVHELMPGDEERIIEISDTRRRDPDGRMPSFSPAQEALLLIHERILESDGGGYSLGYGGDDDEDMYSSRLGVNRLVTRLVVSRMHVGCLLGKGGKIIEQMRMETKTHIRVLPRDHTIPRCVEMSEEIVQVVGEMGSVKNAVEIISSRLRE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_035362
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_035362
位置Chr08:21098550-21101118 (-)
描述Similar to RCF3: RNA-binding KH domain-containing protein RCF3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g53060 作为渗透压诱导基因表达的负调节剂。
HOS5-a negative regulator of osmotic stress-induced gene expression in Arabidopsis thaliana.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00558.x
A KH domain-containing putative RNA-binding protein is critical for heat stress-responsive gene regulation and thermotolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss119
The arabidopsis RNA binding protein with K homology motifs, SHINY1, interacts with the C-terminal domain phosphatase-like 1 (CPL1) to repress stress-inducible gene expression.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003625
A KH-domain RNA-binding protein interacts with FIERY2/CTD phosphatase-like 1 and splicing factors and is important for pre-mRNA splicing in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003875
The Arabidopsis KH-Domain RNA-Binding Protein ESR1 Functions in Components of Jasmonate Signalling, Unlinking Growth Restraint and Resistance to Stress.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0126978
The RNA-binding protein HOS5 and serine/arginine-rich proteins RS40 and RS41 participate in miRNA biogenesis in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/nar/gkv751
KH domain protein RCF3 is a tissue-biased regulator of the plant miRNA biogenesis cofactor HYL1.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1512865112
At4g18375 含 KH 结构域的蛋白质 At4g18375。 暂无已核实直接文献
At5g64390 在第三轮花器官的身份和花的决定性中发挥作用，通过特异性促进AGAMOUS (AG) 前mRNA的剪接处理。 暂无已核实直接文献
At3g04610 通过抑制FLC表达及其转录后修饰，正向调控开花。 暂无已核实直接文献
At5g04430 番茄花叶病毒增殖的负调节剂，但对黄瓜花叶病毒的增殖没有影响。
Identification of an Arabidopsis thaliana protein that binds to tomato mosaic virus genomic RNA and inhibits its multiplication.2008 · DOI: 10.1016/j.virol.2008.07.033

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035362 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006396 RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程
GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程
GO:0010286 heat acclimation 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0031053 primary miRNA processing 生物过程
GO:0048497 maintenance of floral organ identity 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G18375
ath:AT5G53060
ath:AT5G64390
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.800
排名 1 · LXL04_035362 · OH-1004
细胞质0.268
排名 2 · LXL04_035362 · OH-1004
细胞膜0.052
排名 3 · LXL04_035362 · OH-1004
内质网0.024
排名 4 · LXL04_035362 · OH-1004
溶酶体／液泡0.020
排名 5 · LXL04_035362 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13083.14KH_KhpA-B76-106 aa
PF00013.36KH_179-127 aa
PF00013.36KH_1187-255 aa
PF00013.36KH_1613-675 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_035362PF13083.14KH_KhpA-B761061e-0526.0
LXL04_035362PF00013.36KH_1791271.2e-40137.8
LXL04_035362PF00013.36KH_11872551.2e-40137.8
LXL04_035362PF00013.36KH_16136751.2e-40137.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8W4B1拟南芥RNA-binding KH domain-containing protein RCF355.728%Swiss-Prot强数据库同源证据
P58223拟南芥KH domain-containing protein At4g1837527.735%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
F4KDN0拟南芥KH domain-containing protein HEN435.204%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SR13拟南芥Flowering locus K homology domain23.925%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LZ82拟南芥Protein BTR130.000%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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