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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G130920
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 34128725-34133118 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4141 bp · TkA04G130920|TK1151|cDNA

CTGAAAGTTGTGGTGGGCCCTGTTAGGAATTTTGTTCGATCTACTCAAATACGTGGTCATGTTCATGTCAATAATAAGTTAATAAGTTTGACTGAAGTAAATTAGTGTTGTAATGGGCCCATTAAGACTCATGAACTTATTTAAAAAAATATGGCGGTGATCGTGGGAAGATAGATAATGGTCACCGGTTTCGAAGGAAAGAAAGAAGAAATGGTAATTTTGCAATGACGCGTACATACATGGCTTCACGTTCACATGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

3438 bp · TkA04G130920|TK1151|CDS

ATGGCGTCCAAGTCATTCAAAGCGACTCGCTCAAATCTATCGATAAGCTCCGATGCTACGGATTCACAGCCTAATAAACCTCCATTGCCGCCGACTGTCACATTCGCCCGCCGGACTTCATCGGGGAGATATGTAAATTATTCAAGGGACGATCTCGACAGTGAACTCGGAAGTCAGGATTTCATGAACTACACAGTCCACCTACCGCCAACTCCCGACAACCAGCCAATGGATGCGATTTCCCAGAAGGTTGAAGAACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1145 aa · TkA04G130920|TK1151|PROTEIN

MASKSFKATRSNLSISSDATDSQPNKPPLPPTVTFARRTSSGRYVNYSRDDLDSELGSQDFMNYTVHLPPTPDNQPMDAISQKVEEQYVSSSLFTGGFNAVTRAHLMDKVIDSEINHPQMAGAKGSSCSVPGCDAKVMSDERGADILPCECDFKICRDCYLDAIKTGDGICPGCKEQYKTTDLDELVVDNGTRPLPLPPPAGMSKNERRLSLMKSTKSVLMRSQTGDFDHNRWLFETSGTYGYGNAIWPKEGVMENGKDN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G130920
TK1151 IDTkA04G130920
OH-1004 IDLXL04_035439
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G130920
位置Chr04:34128725-34133118 (+)
描述Similar to CSLD3: Cellulose synthase-like protein D3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g03050 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。
AtCSLD3, a cellulose synthase-like gene important for root hair growth in arabidopsis.2001 · DOI: 10.1104/pp.126.2.575
At5g16910 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2YU42 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。 暂无已核实直接文献
Os06g0111800 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2ZAK8 被认为是定位于高尔基体的β-聚糖合酶，催化植物细胞壁非纤维素多糖（半纤维素）主链的聚合。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035439 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009833 plant-type primary cell wall biogenesis 生物过程
GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程
GO:0048767 root hair elongation 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0071669 plant-type cell wall organization or biogenesis 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G03050
ath:AT5G16910
dosa:Os06g0111800
dosa:Os10g0578200
osa:4339895
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.567
排名 1 · TkA04G130920 · TK1151
内质网0.193
排名 2 · TkA04G130920 · TK1151
高尔基体0.136
排名 3 · TkA04G130920 · TK1151
细胞质0.135
排名 4 · TkA04G130920 · TK1151
溶酶体／液泡0.086
排名 5 · TkA04G130920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14569zf-UDP127-180 aa
PF14570zf-RING_4130-179 aa
PF13641Glyco_tranf_2_3375-415 aa
PF03552Cellulose_synt377-1136 aa
PF13632Glyco_trans_2_3632-714 aa
PF13632Glyco_trans_2_3835-963 aa
PF13641Glyco_tranf_2_3843-892 aa
PF29279YLL006W-A915-942 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G130920PF14569zf-UDP1271800.0002521.8
TkA04G130920PF14570zf-RING_41301798.2e-1864.7
TkA04G130920PF13641Glyco_tranf_2_33754150.01216.1
TkA04G130920PF03552Cellulose_synt37711361256.8
TkA04G130920PF13632Glyco_trans_2_36327145.7e-0627.0
TkA04G130920PF13632Glyco_trans_2_38359635.7e-0627.0
TkA04G130920PF13641Glyco_tranf_2_38438920.01216.1
TkA04G130920PF29279YLL006W-A9159420.3111.9
TkA04G130920PF13632Glyco_trans_2_3105911285.7e-0627.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9M9M4拟南芥sp|Q9M9M4|CSLD3_ARATH Cellulose synthase-like protein D383.700%Swiss-Prot高置信
Q9LFL0拟南芥sp|Q9LFL0|CSLD2_ARATH Cellulose synthase-like protein D282.400%Swiss-Prot高置信
A2YU42水稻sp|A2YU42|CSLD2_ORYSI Cellulose synthase-like protein D281.000%Swiss-Prot高置信
Q9LHZ7水稻sp|Q9LHZ7|CSLD2_ORYSJ Cellulose synthase-like protein D281.000%Swiss-Prot高置信
A2ZAK8水稻sp|A2ZAK8|CSLD1_ORYSI Cellulose synthase-like protein D176.200%Swiss-Prot高置信

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