TkA04G130610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G130610

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 34039958-34042439 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1374 bp · TkA04G130610|TK1151|cDNA

GGGTGTGGGATTCCCGTTTCATTGACCCGACCCGAACTCTCCCCCTGTTCTTGTTCTGTTCCTGTTCCTCACATTTCAGATTCCTTTTTCTACTTTTCCAATTCTCCGATCCCTCTTCCTCTTTTCAACTTATAAAAGGCGATACTATCTTTCTTTCGACCTAATCTCGGCGCTCAACGATGTGTTTTGGTGACTTCTGCATGTCCCTTGTGGTTGAGTTACAGAAATGGAAGGGAAAGCCATTGCCATACATCAAACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

600 bp · TkA04G130610|TK1151|CDS

ATGGCGATCTTTTTCCCATCAGATATGAAATTGAATTCTTCCACAATGTTGTTCATGACGCGAATAGTTTCTTGGGGAGCAGTTGACCGCAATCGTCCTAATGGTCAAAGTGATGAACTTATTGGATTTGTGACTGCAAGAATTGTAATGGCAAAAGAAAGTGAGATAGAAGATATGCTGAGATATGACAAATCAAGATCAGATCAAACTCTAGTTTATATTCTGACTCTAGGTGTGGTAGAGTCTTATAGAAATTTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

199 aa · TkA04G130610|TK1151|PROTEIN

MAIFFPSDMKLNSSTMLFMTRIVSWGAVDRNRPNGQSDELIGFVTARIVMAKESEIEDMLRYDKSRSDQTLVYILTLGVVESYRNFGIATSLIREVIKYASTMQNCRAVYLHVISYNNSAIHLYQKMSFLCVRRLHAFYSSMANIMMHTCSYTMSMVAGLHVHLRACYTSSNIHEERIEDGIFKSMEKGRKEWPKESQI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G130610`
TK1151 ID	TkA04G130610
OH-1004 ID	LXL04_035445
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 59.296 / OH-1004 46.275 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G130610

位置 Chr04:34039958-34042439 (-)

描述 Similar to MCC1: Histone acetyltransferase MCC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02980`	组蛋白乙酰转移酶，可能在减数分裂过程中调节组蛋白 H3 的乙酰化状态。	Histone hyperacetylation affects meiotic recombination and chromosome segregation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04191.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035445 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006474 N-terminal protein amino acid acetylation 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0017196 N-terminal peptidyl-methionine acetylation 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004402 histone acetyltransferase activity 分子功能

GO:0004596 protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity 分子功能

GO:0010485 histone H4 acetyltransferase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G02980

bta:514154

dre:570640

mmu:74763

rno:363545

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.445

排名 1 · TkA04G130610 · TK1151

细胞核0.356

排名 2 · TkA04G130610 · TK1151

内质网0.110

排名 3 · TkA04G130610 · TK1151

线粒体0.104

排名 4 · TkA04G130610 · TK1151

细胞膜0.103

排名 5 · TkA04G130610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00583Acetyltransf_137-129 aa

PF13508Acetyltransf_748-129 aa

PF14542Acetyltransf_CG59-102 aa

PF17013Acetyltransf_1564-130 aa

PF13673Acetyltransf_1067-131 aa

PF08445FR4773-129 aa

PF13420Acetyltransf_474-139 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G130610	`PF00583`	Acetyltransf_1	37	129	1.7e-14	54.8
TkA04G130610	`PF13508`	Acetyltransf_7	48	129	4.4e-07	30.9
TkA04G130610	`PF14542`	Acetyltransf_CG	59	102	0.065	14.1
TkA04G130610	`PF17013`	Acetyltransf_15	64	130	0.029	14.5
TkA04G130610	`PF13673`	Acetyltransf_10	67	131	0.016	15.9
TkA04G130610	`PF08445`	FR47	73	129	0.00065	20.4
TkA04G130610	`PF13420`	Acetyltransf_4	74	139	0.00013	22.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M8T9`	拟南芥	sp\|Q9M8T9\|MCC1_ARATH Histone acetyltransferase MCC1	67.800%	Swiss-Prot	中等置信

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