TkA04G129650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G129650

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 33733657-33738558 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4514 bp · TkA04G129650|TK1151|cDNA

AATCCGGAACGGATAAATACAAAAGATACAAGCGATGTCGCTTAGCCAGTCGTTGTCGCTGAGCTAAGGACAGACACTTAAGCTAATCTATACAAAAGAACTAATATACATACTTAACGTATAAGCGGATAAACCATAAGCGGATACTTTTGAACTTTAGCAGATTATAAGGTTCGACCTTACAGTTTCATCTTATTTTGTACACATAATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2991 bp · TkA04G129650|TK1151|CDS

ATGTTGATGCAGGTAACCGGTTCCGGAGTGGGAGGTGTGAGTGTAACAGCAAATAGAGTGGTGGGTGTCGAAAGATGGCGGATGGAAGGATCGCCGTCGCCAACCCTCCTCCGATTCCGTCACTTTGAGTTGAATATTTCCCCATTATCTTATTCTGCGTTTGCTGGATGCTCGCCGTCACACTTGTCTTGGACCTTGCCGTTACGATTCAACATCCGGAACTGTTCCGATAAGAAAACCACCATCAGTATCAGCCCCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

996 aa · TkA04G129650|TK1151|PROTEIN

MLMQVTGSGVGGVSVTANRVVGVERWRMEGSPSPTLLRFRHFELNISPLSYSAFAGCSPSHLSWTLPLRFNIRNCSDKKTTISISPTKRGRRTSKNKKTTPGGTRVARTEITSEPVADDNSSEIRGKQEDRNKDGAVNLRSLSQNGDPLGRRDLGKSVVKWLSQGMKAMATDFGAAELQGEFAEVRQRMGPGLTFVIQAQPYLGAIPMPSGLESVCLKACTHYPTVFDHFQRELRDALQQLQRKSLVEDWQKTESWKLLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G129650`
TK1151 ID	TkA04G129650
OH-1004 ID	LXL04_035456
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.699 / OH-1004 88.032 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G129650`
位置	Chr04:33733657-33738558 (+)
描述	Similar to IGHMBP2: DNA-binding protein SMUBP-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035456` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006412 translation 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:1903459 mitotic DNA replication lagging strand elongation 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0016604 nuclear body 细胞组分 GO:0033203 DNA helicase A complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:3508 maua:101836074 rno:29532 spo:2539412 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.850

排名 1 · TkA04G129650 · TK1151

线粒体0.155

排名 2 · TkA04G129650 · TK1151

细胞质0.065

排名 3 · TkA04G129650 · TK1151

细胞核0.057

排名 4 · TkA04G129650 · TK1151

过氧化物酶体0.027

排名 5 · TkA04G129650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13479AAA_24154-189 aa

PF13361UvrD_C218-276 aa

PF13191AAA_16227-267 aa

PF00580UvrD-helicase232-308 aa

PF24883NPHP3_N233-263 aa

PF05373Pro_3_hydrox_C233-276 aa

PF13086AAA_11236-275 aa

PF01637ATPase_2243-267 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G129650	`PF13479`	AAA_24	154	189	0.29	11.5
TkA04G129650	`PF13361`	UvrD_C	218	276	0.11	12.7
TkA04G129650	`PF13191`	AAA_16	227	267	0.004	18.4
TkA04G129650	`PF00580`	UvrD-helicase	232	308	1.5e-05	25.5
TkA04G129650	`PF24883`	NPHP3_N	233	263	0.019	15.9
TkA04G129650	`PF05373`	Pro_3_hydrox_C	233	276	0.13	13.1
TkA04G129650	`PF13086`	AAA_11	236	275	2.4e-57	195.4
TkA04G129650	`PF01637`	ATPase_2	243	267	0.0062	17.1
TkA04G129650	`PF10412`	TrwB_AAD_bind	252	274	0.025	14.2
TkA04G129650	`PF01443`	Viral_helicase1	267	293	1.1e-06	29.3
TkA04G129650	`PF01695`	IstB_IS21	269	326	0.058	13.6
TkA04G129650	`PF19995`	iSTAND	318	351	0.077	14.1
TkA04G129650	`PF21138`	SMUBP-2_HCS1_1B	357	435	2.9e-05	24.6
TkA04G129650	`PF05373`	Pro_3_hydrox_C	449	480	0.13	13.1
TkA04G129650	`PF13086`	AAA_11	522	739	2.4e-57	195.4
TkA04G129650	`PF13604`	AAA_30	522	593	3.4e-13	50.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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