TkA04G116880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G116880

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 30395591-30398847 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1670 bp · TkA04G116880|TK1151|cDNA

AAAAAGCAACATCGGCCTATCACCTCTGTTTGCTTCTTTCTGTCCGTTTTCAAAACAGGGCTGTTTGAGCTTTGGAACATCCAAACAATCATTGGATTCCTAAGGTAAACATCCAATTTCACGTAAACGATCCCAACTCCTTATATAAATACTTCCAGATATACTTTCAAATCCTAGATTTACAAATTGCTTTTCTTTGGAGGTGAAAATTATCCATTAATCAGCTGAGACTTCTGGATTAATCAGGCCTTAAGAAGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1293 bp · TkA04G116880|TK1151|CDS

ATGAGCTCCATAAGTGAAAATGTAGATAGGCTTACTTGCTTGCCTGATGAGATTATTTCACATATACTCTTTCTAATGCCAATAAGATTGGCGGTACAAACTAGCATTTTATCAAAAAGATGGAGGTACACTTGGATGTTGCTCAAAAAGCTTAATTTCGATGAATATCCCCGCCATGTCTTTGATAGAGATTCCATATCAAAATTTGTGGATATGGTATTAGAGCTATCTAAAACAACCCACATTGAACTATTCCGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

430 aa · TkA04G116880|TK1151|PROTEIN

MSSISENVDRLTCLPDEIISHILFLMPIRLAVQTSILSKRWRYTWMLLKKLNFDEYPRHVFDRDSISKFVDMVLELSKTTHIELFRLKFTYIWARKSSVSKWINEAIRLNVRELNIQVLLLELPLSLFTCKTLTKLKLVESCYETGVLEVPSPVILPCLKTLDIRVRSKPSLNAFKLISGCSVLERLLLEVTWRNDEEEYSFSIPTLKRLEVRTLKCTSVINKVVLNVPNLEHFIVGGILCSLFVMEDLSNLVAATFSFN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G116880`
TK1151 ID	TkA04G116880
OH-1004 ID	LXL04_035646
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 90.678 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G116880

位置 Chr04:30395591-30398847 (+)

描述 Similar to At4g10400: FBD-associated F-box protein At4g10400

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10400`	与FBD相关的F-box蛋白At4g10400。	暂无已核实直接文献
`At1g78750`	F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At1g78750。	暂无已核实直接文献
`At4g15060`	推测的 F-盒/LRR 重复蛋白 At4g15060。	暂无已核实直接文献
`At3g50710`	预测的 FBD 相关 F-box 蛋白 At3g50710。	暂无已核实直接文献
`At5g56370`	与 FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g56370。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035646 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13780

ath:AT1G78750

ath:AT1G78760

ath:AT4G10400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.793

排名 1 · TkA04G116880 · TK1151

细胞质0.307

排名 2 · TkA04G116880 · TK1151

内质网0.034

排名 3 · TkA04G116880 · TK1151

细胞膜0.034

排名 4 · TkA04G116880 · TK1151

质体0.015

排名 5 · TkA04G116880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box11-49 aa

PF24758LRR_At5g56370100-236 aa

PF24758LRR_At5g56370281-335 aa

PF08387FBD347-388 aa

PF24758LRR_At5g56370371-397 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G116880	`PF00646`	F-box	11	49	2.3e-05	24.9
TkA04G116880	`PF24758`	LRR_At5g56370	100	236	1.6e-09	38.5
TkA04G116880	`PF24758`	LRR_At5g56370	281	335	1.6e-09	38.5
TkA04G116880	`PF08387`	FBD	347	388	5.4e-09	36.5
TkA04G116880	`PF24758`	LRR_At5g56370	371	397	1.6e-09	38.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SV82`	拟南芥	sp\|Q9SV82\|FBD40_ARATH FBD-associated F-box protein At4g10400	29.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZV93`	拟南芥	sp\|Q9ZV93\|FDL10_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78750	27.000%	Swiss-Prot	低置信
`O23360`	拟南芥	sp\|O23360\|FBL93_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein At4g15060	33.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SCQ5`	拟南芥	sp\|Q9SCQ5\|FBD10_ARATH Putative FBD-associated F-box protein At3g50710	28.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FM94`	拟南芥	sp\|Q9FM94\|FBD21_ARATH FBD-associated F-box protein At5g56370	26.800%	Swiss-Prot	低置信

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