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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G108980
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 28328615-28331248 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

906 bp · TkA04G108980|TK1151|cDNA

ATGGAAAAGTCTCCTGTTCCTACAAGTAGCATTGAAATTAACCTCAAGAAAGGTTCATGGACCACTGAAGAAGACCAACAGCTTATCCGTTATATCCAAAATCATGGCCATGGAAGCTGGAGATCTCTCCCTAAACTGGCCGGTCTTAAAAGATGTGGAAAGAGCTGCAGATTAAGATGGACGAATTATCTTCGACCAGATATAAAGAGAGGAAAATTCTCCCAAGAAGAAGAAAACATCATTCTTCACCTTCATTCCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

906 bp · TkA04G108980|TK1151|CDS

ATGGAAAAGTCTCCTGTTCCTACAAGTAGCATTGAAATTAACCTCAAGAAAGGTTCATGGACCACTGAAGAAGACCAACAGCTTATCCGTTATATCCAAAATCATGGCCATGGAAGCTGGAGATCTCTCCCTAAACTGGCCGGTCTTAAAAGATGTGGAAAGAGCTGCAGATTAAGATGGACGAATTATCTTCGACCAGATATAAAGAGAGGAAAATTCTCCCAAGAAGAAGAAAACATCATTCTTCACCTTCATTCCGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

301 aa · TkA04G108980|TK1151|PROTEIN

MEKSPVPTSSIEINLKKGSWTTEEDQQLIRYIQNHGHGSWRSLPKLAGLKRCGKSCRLRWTNYLRPDIKRGKFSQEEENIILHLHSVLGNKWSTIATRLPGRTDNEIKNYWNTHMRKKLLQSGIDPMTHQPRTDLFSCLPQLLALANIKELLEQNQLAQNLQYFNQITSSVPQLQEENVSYVSEVPLEDQESEEIRQFFVGNSIFTQPLHQQVSITNLELTSNDYELVGHGHGQSRFTSVDSSSSISGITWDPIPPLIDT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G108980
TK1151 IDTkA04G108980
OH-1004 IDLXL04_031167
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)56.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.668 / OH-1004 99.678
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G108980
位置Chr04:28328615-28331248 (+)
描述Similar to MYB93: Transcription factor MYB93
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g34670 作为侧根 发育的负调节因子的转录因子。
AtMYB93 is a novel negative regulator of lateral root development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/nph.12879
At5g10280 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
At5g65230 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
At4g21440 可能的转录因子，可能在渗透胁迫和伤口信号通路中发挥作用（可能性）。
Integration of wounding and osmotic stress signals determines the expression of the AtMYB102 transcription factor gene.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.019273
The Arabidopsis thaliana Transcription Factor AtMYB102 Functions in Defense Against the Insect Herbivore Pieris rapae.2006 · DOI: 10.4161/psb.1.6.3512
At4g28110 参与盐胁迫反应的转录因子。
AtMyb41 regulates transcriptional and metabolic responses to osmotic stress in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.134874
Phosphorylation by AtMPK6 is required for the biological function of AtMYB41 in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.04.137
AtMYB41 activates ectopic suberin synthesis and assembly in multiple plant species and cell types.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12624

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031167 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程
GO:0045723 positive regulation of fatty acid biosynthetic process 生物过程
GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程
GO:1901332 negative regulation of lateral root development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G34670
ath:AT4G05100
ath:AT4G21440
ath:AT5G10280
ath:AT5G65230
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.872
排名 1 · TkA04G108980 · TK1151
细胞质0.278
排名 2 · TkA04G108980 · TK1151
线粒体0.023
排名 3 · TkA04G108980 · TK1151
细胞膜0.018
排名 4 · TkA04G108980 · TK1151
溶酶体／液泡0.011
排名 5 · TkA04G108980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09111SLIDE11-43 aa
PF15963Myb_DNA-bind_716-36 aa
PF00249Myb_DNA-binding17-64 aa
PF23588HTH_CHD1_Hrp319-43 aa
PF13921Myb_DNA-bind_620-78 aa
PF08914Myb_Rap121-37 aa
PF30028YIL055C_C50-61 aa
PF08914Myb_Rap155-67 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G108980PF09111SLIDE11430.0514.4
TkA04G108980PF15963Myb_DNA-bind_716360.02515.1
TkA04G108980PF00249Myb_DNA-binding17646.6e-36122.9
TkA04G108980PF23588HTH_CHD1_Hrp319430.007217.0
TkA04G108980PF13921Myb_DNA-bind_620785.6e-2072.0
TkA04G108980PF08914Myb_Rap121370.2612.5
TkA04G108980PF30028YIL055C_C50610.08913.3
TkA04G108980PF08914Myb_Rap155670.2612.5
TkA04G108980PF09111SLIDE66910.0514.4
TkA04G108980PF00249Myb_DNA-binding701146.6e-36122.9
TkA04G108980PF15963Myb_DNA-bind_7721180.02515.1
TkA04G108980PF13921Myb_DNA-bind_6731185.6e-2072.0
TkA04G108980PF08914Myb_Rap173850.2612.5
TkA04G108980PF30028YIL055C_C1402520.08913.3
TkA04G108980PF13921Myb_DNA-bind_61581725.6e-2072.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9S9Z2拟南芥sp|Q9S9Z2|MYB93_ARATH Transcription factor MYB9369.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SBF3拟南芥sp|Q9SBF3|MYB92_ARATH Transcription factor MYB9270.100%Swiss-Prot低置信
Q9FJP2拟南芥sp|Q9FJP2|MYB53_ARATH Transcription factor MYB5369.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LDR8拟南芥sp|Q9LDR8|MY102_ARATH Transcription factor MYB10277.000%Swiss-Prot低置信
Q9M0J5拟南芥sp|Q9M0J5|MYB41_ARATH Transcription factor MYB4172.200%Swiss-Prot低置信

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