TkA04G067470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G067470

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 17894125-17896990 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1407 bp · TkA04G067470|TK1151|cDNA

TTTACTTTTAGTAGTCTCTTCCGCCCTCAGTCTCTCTCGAAGAGCAATCGGCCACTGCTTGTGTCAACTCTCAGTCTCGAACCCCTTGAATCTCAATTGGAAAATGTGATTGAATCATCTATTGAGGATGAACGGAAGCTGTTTACAGTTTGAAGAAAATCCAATTGAAGATGCTATTTCCAGAATTCGTTTTGCCCCGGCTTCCAACAATCTCCTCATCTCTTCCTGGGATACTAATCTTAGATTGTACGATGTGGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

981 bp · TkA04G067470|TK1151|CDS

ATGAACGGAAGCTGTTTACAGTTTGAAGAAAATCCAATTGAAGATGCTATTTCCAGAATTCGTTTTGCCCCGGCTTCCAACAATCTCCTCATCTCTTCCTGGGATACTAATCTTAGATTGTACGATGTGGATAGATCTAGGTTAATTTTTGAAGCTTCCGGGGAAGCTGCACTTCTAGACTGCTGTTTCCAAGGGGAATCAGCTGCCTTCAGTGCCGCTTCTGATTGTTCCATAACTAGATATGATTTACATTTAGGGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

326 aa · TkA04G067470|TK1151|PROTEIN

MNGSCLQFEENPIEDAISRIRFAPASNNLLISSWDTNLRLYDVDRSRLIFEASGEAALLDCCFQGESAAFSAASDCSITRYDLHLGTKDFFGNHDDLATCVEYSDETGQIVSGGWDKKIKCWDSRSTKGLTCVNSVSVGVKSISLSGFTAMVAVGVSVKMYDLRKFNKSVDSKCVEIQIECIRPYLNQGFAAGSTDGRVALKYFNPSSQNTDGYAFRCQPKSKEKRDYFAAVNDIVFSPSNFGDFVTGDNKGFVTIWNAQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G067470`
TK1151 ID	TkA04G067470
OH-1004 ID	LXL04_036176
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G067470

位置 Chr04:17894125-17896990 (-)

描述 Similar to BUB3.3: Mitotic checkpoint protein BUB3.3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69400`	在纺锤体组装检查点信号转导及促进正确的动粒-微管（K-MT）连接建立中发挥双重作用。	暂无已核实直接文献
`At3g19590`	在纺锤体组装检查点信号转导及促进正确的动粒-微管（K-MT）连接建立中发挥双重作用。	The Arabidopsis checkpoint protein Bub3.1 is essential for gametophyte development.2008 · DOI: 10.2741/3076 Spindle assembly checkpoint protein dynamics reveal conserved and unsuspected roles in plant cell division.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0006757
`At1g49910`	在纺锤体组装检查点信号转导及促进正确的动粒-微管（K-MT）连接建立中发挥双重作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036176 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007094 mitotic spindle assembly checkpoint signaling 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0051983 regulation of chromosome segregation 生物过程

GO:0000776 kinetochore 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005828 kinetochore microtubule 细胞组分

GO:0005876 spindle microtubule 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49910

ath:AT1G69400

ath:AT3G19590

ddi:DDB_G0292134

pon:100172494

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.633

排名 1 · TkA04G067470 · TK1151

细胞质0.394

排名 2 · TkA04G067470 · TK1151

溶酶体／液泡0.047

排名 3 · TkA04G067470 · TK1151

细胞膜0.043

排名 4 · TkA04G067470 · TK1151

线粒体0.028

排名 5 · TkA04G067470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23775Beta-prop_RIG_2nd8-46 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st9-51 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st9-122 aa

PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd11-87 aa

PF24796WDR5513-202 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz13-148 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd13-159 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N13-68 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G067470	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	8	46	3.3e-05	24.2
TkA04G067470	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	9	51	1.2e-08	35.3
TkA04G067470	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	9	122	5e-08	33.4
TkA04G067470	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	11	87	1.3e-08	35.2
TkA04G067470	`PF24796`	WDR55	13	202	9.4e-14	51.9
TkA04G067470	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	13	148	4.6e-13	49.9
TkA04G067470	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	13	159	1.8e-09	37.9
TkA04G067470	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	13	68	0.0032	17.4
TkA04G067470	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	13	49	0.014	15.1
TkA04G067470	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	14	153	2e-19	70.7
TkA04G067470	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	14	68	1e-16	61.5
TkA04G067470	`PF00400`	WD40	14	42	5.7e-14	52.6
TkA04G067470	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	14	46	6.6e-13	49.4
TkA04G067470	`PF23409`	Beta-prop_EML	14	128	2.1e-10	41.3
TkA04G067470	`PF12894`	ANAPC4_WD40	14	54	0.00028	21.8
TkA04G067470	`PF23342`	WDR90_beta-prop_4th	14	35	0.019	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I241`	拟南芥	sp\|F4I241\|BUB33_ARATH Mitotic checkpoint protein BUB3.3	48.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LJN8`	拟南芥	sp\|Q9LJN8\|BUB31_ARATH Mitotic checkpoint protein BUB3.1	39.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C701`	拟南芥	sp\|Q9C701\|BUB32_ARATH Mitotic checkpoint protein BUB3.2	38.600%	Swiss-Prot	中等置信

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