TkA04G062330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G062330

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 16629416-16633944 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2569 bp · TkA04G062330|TK1151|cDNA

ATTTCTTTACTGTCAATTTGATCATTCTTAGTACAAGTAGCCAAAGTTATGCATTTATCATGTATACACGTAATTATCATTCATCCTAAATCAGTTGATAGATAACAATACCAAAACACATGACAAAAAGGTTGAAATCGAGCTTTTTCAACTACCAACCTCTTACATATTAATGGCCGTTGCTGAAGCTGGCAGCACAAACCCATGCTTCCATAACATTAATTGCACAATAATGCGGAAGGTTTAGCACCCATTCCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1392 bp · TkA04G062330|TK1151|CDS

ATGGTGGGTAACATTGAGGTAATGACATCTAGTCTATACCAAAACGGAGCAATTTCAAATCATAACGGTTTAGAGGAAAAACTAGACGAATTCCGACGAGTGCTCGGTAAATCCGATGGTGATTTGCTGAAAATAGTCGGAGTTGGGGCAGGTGCATGGGGCAGTGTTTTCGCAGCTTTACTTCAAGACACCTACGGAAAGTTTCGCGACAAAGTTCAAATCCGGATATGGCGACGGGCAGGTCGGGCAGTCGATCGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

463 aa · TkA04G062330|TK1151|PROTEIN

MVGNIEVMTSSLYQNGAISNHNGLEEKLDEFRRVLGKSDGDLLKIVGVGAGAWGSVFAALLQDTYGKFRDKVQIRIWRRAGRAVDRETAKLLFEVINSREDVLRRLIRRCAYLKYVEARLGDRVLYADEILKDGFCLNMIDTPLSPMKVVTNLQEAVWDADIVVNGVPSTETREVFEEIGNYWKERISPPIIVSLSKGIEAALDPVPHIITPTQMINRATRVPLENILYLGGPNIASEIYNKEYANARICGTEKWRVPLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G062330`
TK1151 ID	TkA04G062330
OH-1004 ID	LXL04_036230
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G062330

位置 Chr04:16629416-16633944 (-)

描述 Similar to Os01g0939600: Probable glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] 1, cytosolic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41540`	参与细胞氧化还原稳态。	Involvement of a glycerol-3-phosphate dehydrogenase in modulating the NADH/NAD+ ratio provides evidence of a mitochondrial glycerol-3-phosphate shuttle in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039750
`At3g07690`	在建立系统获得抗性（SAR）期间对甘油-3-磷酸（G3P）积累必需。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0939600`	可能参与细胞氧化还原稳态。	暂无已核实直接文献
`Os01g0801600`	可能参与细胞氧化还原稳态。	暂无已核实直接文献
`Os05g0495700`	可能参与细胞氧化还原稳态。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036230 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006072 glycerol-3-phosphate metabolic process 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0046168 glycerol-3-phosphate catabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0047952 glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity 分子功能

GO:0051287 NAD binding 分子功能

GO:0141152 glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41540

ath:AT3G07690

dosa:Os01g0801600

dosa:Os01g0939600

dosa:Os05g0495700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.587

排名 1 · TkA04G062330 · TK1151

细胞核0.320

排名 2 · TkA04G062330 · TK1151

细胞膜0.096

排名 3 · TkA04G062330 · TK1151

线粒体0.096

排名 4 · TkA04G062330 · TK1151

溶酶体／液泡0.074

排名 5 · TkA04G062330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25417DUF788927-45 aa

PF01210NAD_Gly3P_dh_N44-81 aa

PF02558ApbA48-88 aa

PF03435Sacchrp_dh_NADP48-91 aa

PF25417DUF788975-81 aa

PF02558ApbA127-202 aa

PF01210NAD_Gly3P_dh_N147-248 aa

PF07479NAD_Gly3P_dh_C275-429 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G062330	`PF25417`	DUF7889	27	45	0.63	10.0
TkA04G062330	`PF01210`	NAD_Gly3P_dh_N	44	81	3.8e-15	56.9
TkA04G062330	`PF02558`	ApbA	48	88	0.026	14.9
TkA04G062330	`PF03435`	Sacchrp_dh_NADP	48	91	0.28	12.2
TkA04G062330	`PF25417`	DUF7889	75	81	0.63	10.0
TkA04G062330	`PF02558`	ApbA	127	202	0.026	14.9
TkA04G062330	`PF01210`	NAD_Gly3P_dh_N	147	248	3.8e-15	56.9
TkA04G062330	`PF07479`	NAD_Gly3P_dh_C	275	429	4.2e-18	66.7
TkA04G062330	`PF03435`	Sacchrp_dh_NADP	290	303	0.28	12.2
TkA04G062330	`PF25417`	DUF7889	426	441	0.63	10.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22216`	拟南芥	sp\|O22216\|GPDHC_ARATH Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] GPDHC1, cytosolic	84.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9S785`	拟南芥	sp\|Q9S785\|GPDH2_ARATH Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] At3g07690, cytosolic	80.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q8S0G4`	水稻	sp\|Q8S0G4\|GPDH1_ORYSJ Probable glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] 1, cytosolic	85.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8S2G5`	水稻	sp\|Q8S2G5\|GPDH2_ORYSJ Probable glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] 2, cytosolic	83.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q65X70`	水稻	sp\|Q65X70\|GPDH3_ORYSJ Probable glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] 3, cytosolic	81.800%	Swiss-Prot	高置信

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