TkA04G060700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G060700

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 16211851-16221868 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6316 bp · TkA04G060700|TK1151|cDNA

ATTTTATTTAGAAACGACAACATTACAAAAAGAAATATCCAAACCCTTTTCCTTTTTCCTTTTGGAAGAAAATAATTTTATTTCTCTGTTGACGGAACACCGTAACGATTGAGGGGAGGCGGAGTATGGAGACACTCGTCCGTCAACACCAACCTCCAAATGTGACAATTCCAACTTCTTCTTCTTCTTCCACAATACGCAGTCCTTTATTCCCTTCCTCTCTCACACAGTTTCACCCAAAAACACACTCTGGCGTTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

5619 bp · TkA04G060700|TK1151|CDS

ATGGAGGAACGAACAAAGGAGAAGAAGATGAGTAGTAGTTCAGGGAGACAACTGAAGGCCATGCTTCGGAAGAACTGGCTTCTCAAAATTCGTCATCCTTATATTACACTTGCCGAGATTCTGCTTCCATTGGTGGTGATGGTGATGCTAATGGCTGTAAGGACACAAGTTGATACAACAATCCATCCTGCTCAATCGTACATTCAGAAAGATACATTTGTGGAAGTGGGGAAGAGCAGTATATCTCCAACTTTTAATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1872 aa · TkA04G060700|TK1151|PROTEIN

MEERTKEKKMSSSSGRQLKAMLRKNWLLKIRHPYITLAEILLPLVVMVMLMAVRTQVDTTIHPAQSYIQKDTFVEVGKSSISPTFNQVLQSLLANGEYLAFAPNTSDTRTMINILSYKFPLMQMVTKVYKDELELETYLKSNVYASCSEVKNCSNPKIRGAVVFHGQGPYLYDYSIRLNHTWAFSGFPDIKSIMDINGPYVNDLELGLNQIPILQYGYSGFLTLQQVMDSFIVFYAQRKVADVAGGKDTKYLVPNSLKIP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G060700`
TK1151 ID	TkA04G060700
OH-1004 ID	LXL04_036248
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 95.025 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G060700

位置 Chr04:16211851-16221868 (+)

描述 Similar to ABCA1: ABC transporter A family member 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41700`	ABC转运蛋白A家族成员1。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036248 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006855 xenobiotic transmembrane transport 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0010875 positive regulation of cholesterol efflux 生物过程

GO:0015914 phospholipid transport 生物过程

GO:0031340 positive regulation of vesicle fusion 生物过程

GO:0032464 positive regulation of protein homooligomerization 生物过程

GO:0042908 xenobiotic transport 生物过程

GO:0043129 surfactant homeostasis 生物过程

GO:0046470 phosphatidylcholine metabolic process 生物过程

GO:0046471 phosphatidylglycerol metabolic process 生物过程

GO:0046618 xenobiotic export from cell 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41700

hsa:21

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.372

排名 1 · TkA04G060700 · TK1151

溶酶体／液泡0.298

排名 2 · TkA04G060700 · TK1151

细胞质0.212

排名 3 · TkA04G060700 · TK1151

内质网0.172

排名 4 · TkA04G060700 · TK1151

高尔基体0.166

排名 5 · TkA04G060700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01061ABC2_membrane16-60 aa

PF12698ABC2_membrane_337-486 aa

PF01061ABC2_membrane285-407 aa

PF01061ABC2_membrane451-484 aa

PF03193RsgA_GTPase556-602 aa

PF01078Mg_chelatase565-610 aa

PF00005ABC_tran571-714 aa

PF13514AAA_27573-604 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G060700	`PF01061`	ABC2_membrane	16	60	0.0095	16.2
TkA04G060700	`PF12698`	ABC2_membrane_3	37	486	1.4e-61	209.3
TkA04G060700	`PF01061`	ABC2_membrane	285	407	0.0095	16.2
TkA04G060700	`PF01061`	ABC2_membrane	451	484	0.0095	16.2
TkA04G060700	`PF03193`	RsgA_GTPase	556	602	0.0051	17.4
TkA04G060700	`PF01078`	Mg_chelatase	565	610	0.23	11.6
TkA04G060700	`PF00005`	ABC_tran	571	714	1.5e-58	198.0
TkA04G060700	`PF13514`	AAA_27	573	604	0.26	11.6
TkA04G060700	`PF13476`	AAA_23	576	600	0.013	16.9
TkA04G060700	`PF20720`	nSTAND3	576	602	0.02	15.3
TkA04G060700	`PF13555`	AAA_29	578	608	0.0015	19.0
TkA04G060700	`PF02463`	SMC_N	579	598	0.0012	19.0
TkA04G060700	`PF13175`	AAA_15	579	621	0.0041	17.4
TkA04G060700	`PF13604`	AAA_30	579	611	0.064	13.7
TkA04G060700	`PF13401`	AAA_22	580	604	0.013	16.6
TkA04G060700	`PF04310`	MukB	580	607	0.12	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84M24`	拟南芥	sp\|Q84M24\|AB1A_ARATH ABC transporter A family member 1	70.400%	Swiss-Prot	高置信

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