TkA04G027320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G027320

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 7227398-7228105 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

708 bp · TkA04G027320|TK1151|cDNA

ATGGCATCGCTCCGCCGTTCCTCCCCCTTCTTCTTCATCCTTCTCACATTAACATCTGTAATTCTACTATCATCTCCGGTACATTCCCTCACCCGCACATCGGAAAAGTTCGCAAACAAAAAGCCCTATTCAAATTGCACCGACCTACCCACCCTCAATTCCACCCTCCACTGGACTTTCACCCCACGAAACTCCTCCCTCTCCGTCGCATTCACCGCACCTCCGGCGACACCGAACGGGTGGATCTCATGGGCAATTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

708 bp · TkA04G027320|TK1151|CDS

ATGGCATCGCTCCGCCGTTCCTCCCCCTTCTTCTTCATCCTTCTCACATTAACATCTGTAATTCTACTATCATCTCCGGTACATTCCCTCACCCGCACATCGGAAAAGTTCGCAAACAAAAAGCCCTATTCAAATTGCACCGACCTACCCACCCTCAATTCCACCCTCCACTGGACTTTCACCCCACGAAACTCCTCCCTCTCCGTCGCATTCACCGCACCTCCGGCGACACCGAACGGGTGGATCTCATGGGCAATTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

235 aa · TkA04G027320|TK1151|PROTEIN

MASLRRSSPFFFILLTLTSVILLSSPVHSLTRTSEKFANKKPYSNCTDLPTLNSTLHWTFTPRNSSLSVAFTAPPATPNGWISWAINPTKTGMLGSQALIAFKNSNGSMVVRTYNLSSYASIEEGKISFEVPESSAEFSDGVMKLFATVKLPETMTEVNHVWQVGGSVKDGVPVKHGFMPANLKAMGKLELVGKVGSNGTAAGSSPTVAPGTSAASGIAGIYVITILFSCLLGFF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G027320`
TK1151 ID	TkA04G027320
OH-1004 ID	LXL04_036726
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G027320

位置 Chr04:7227398-7228105 (+)

描述 Similar to AIR12: Auxin-induced in root cultures protein 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07390`	含一个血红素的细胞色素。	Auxin-responsive genes AIR12 code for a new family of plasma membrane b-type cytochromes specific to flowering plants.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.139170
`At3g59070`	可能作为儿茶酚胺响应的跨膜电子载体。	暂无已核实直接文献
`At5g47530`	可能作为儿茶酚胺响应的跨膜电子载体。	暂无已核实直接文献
`At4g17280`	可能作为儿茶酚胺响应的跨膜电子载体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036726 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0030198 extracellular matrix organization 生物过程

GO:0080022 primary root development 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0098552 side of membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07390

ath:AT3G25290

ath:AT3G59070

ath:AT4G12980

ath:AT5G48750

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.775

排名 1 · TkA04G027320 · TK1151

内质网0.095

排名 2 · TkA04G027320 · TK1151

细胞质0.087

排名 3 · TkA04G027320 · TK1151

细胞外0.073

排名 4 · TkA04G027320 · TK1151

溶酶体／液泡0.053

排名 5 · TkA04G027320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03351DOMON53-151 aa

PF04526DUF56893-191 aa

PF26809Phage_T4_gp13114-192 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G027320	`PF03351`	DOMON	53	151	0.0033	18.3
TkA04G027320	`PF04526`	DUF568	93	191	2.1e-31	109.3
TkA04G027320	`PF26809`	Phage_T4_gp13	114	192	0.22	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94BT2`	拟南芥	sp\|Q94BT2\|AIR12_ARATH Auxin-induced in root cultures protein 12	46.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LYS9`	拟南芥	sp\|Q9LYS9\|B561H_ARATH Cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At3g59070	42.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FGK4`	拟南芥	sp\|Q9FGK4\|B561J_ARATH Cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At5g47530	36.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VYH6`	拟南芥	sp\|Q8VYH6\|B651B_ARATH Cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At4g17280	32.800%	Swiss-Prot	中等置信

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