TkA04G027180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G027180

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 7176731-7178608 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1734 bp · TkA04G027180|TK1151|cDNA

AGTCAAAAAAAAAAAAAAACAATGTAACTAAAAAGATACAAGGCAAATGAGCATTTTGACAAGTTACTTTCTTCTAGAAAGGATGTCTTCCCTTTTTAAACACACTTTTATTGTTTACCCATCGAGTCATGTGTAATAGCTAAGCAATTTCTCTTTTGAACTACTCTCTTCCGCATACCAAGTGTGTGTTAGATGCTTCATCAGCAAGAAAAAATCAATCAATACCCCCTTCATCACGTACCTCAAATTGTCCACAGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1188 bp · TkA04G027180|TK1151|CDS

ATGGACGACGATCAAATTCCGGTGTTAGACCTCCGGCAATTAAAAGTCGTATCGGCGCTAGGTCGAGGAGCTAGGGGAGTTGTGTTTTTGGTGCAAGATGAGTTGTCTAATGGAGAATTCTTTGCTTTGAAGACTATTTTGAGAGGTTCGGTTGCGAGGAAAGTGAAGAAGACGGATGACGATGGTGGTGAGTGTAAGCAAATTTTGCTCGAGCAGGAGGTGTTGCGACTGTCGGAACATCCGTTGTTACCGAAACTCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

395 aa · TkA04G027180|TK1151|PROTEIN

MDDDQIPVLDLRQLKVVSALGRGARGVVFLVQDELSNGEFFALKTILRGSVARKVKKTDDDGGECKQILLEQEVLRLSEHPLLPKLRGVLSTESIVGYAIDYCPGRDLNCLRKRQTEKMFSDDIIRFYAAELVIALEYLHGLGIVYRDLKPENVMIQENGHLMLVDFDLSTKLSPKPPSVPRSPNPTTSPESEPLLKNKKRFSFFSSCFRPAIPAEDSVHPAESVDNSEQTCARHSFSKSNSFVGTEEYVAPEMLHGNGH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G027180`
TK1151 ID	TkA04G027180
OH-1004 ID	LXL04_036731
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G027180

位置 Chr04:7176731-7178608 (+)

描述 Similar to OXI1: Serine/threonine-protein kinase OXI1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25250`	参与氧化爆发介导的信号传导。	OXI1 kinase is necessary for oxidative burst-mediated signalling in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1038/nature02353 The Arabidopsis protein kinase Pto-interacting 1-4 is a common target of the oxidative signal-inducible 1 and mitogen-activated protein kinases.2011 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2011.08033.x
`At1g51170`	通过抑制方向异常的生长，调控胚珠珠被在平面内的发育。	暂无已核实直接文献
`At3g20830`	调控胚珠珠被在平面内的发育。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0291600`	可能在代谢调节和信号转导过程中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YBX5`	可能在代谢调节和信号转导过程中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036731 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0036290 protein trans-autophosphorylation 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0051782 negative regulation of cell division 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0080060 integument development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51170

ath:AT3G20830

ath:AT3G25250

dosa:Os06g0291600

osa:4340792

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.618

排名 1 · TkA04G027180 · TK1151

细胞核0.447

排名 2 · TkA04G027180 · TK1151

细胞膜0.065

排名 3 · TkA04G027180 · TK1151

线粒体0.055

排名 4 · TkA04G027180 · TK1151

内质网0.039

排名 5 · TkA04G027180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14531Kinase-like12-49 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr15-174 aa

PF00069Pkinase16-177 aa

PF03109ABC1100-175 aa

PF14531Kinase-like113-169 aa

PF17667Pkinase_fungal133-176 aa

PF01636APH139-170 aa

PF17667Pkinase_fungal235-265 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G027180	`PF14531`	Kinase-like	12	49	2.8e-06	27.5
TkA04G027180	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	15	174	3.2e-21	76.5
TkA04G027180	`PF00069`	Pkinase	16	177	1e-52	179.9
TkA04G027180	`PF03109`	ABC1	100	175	0.016	15.1
TkA04G027180	`PF14531`	Kinase-like	113	169	2.8e-06	27.5
TkA04G027180	`PF17667`	Pkinase_fungal	133	176	0.0051	16.3
TkA04G027180	`PF01636`	APH	139	170	0.018	15.5
TkA04G027180	`PF17667`	Pkinase_fungal	235	265	0.0051	16.3
TkA04G027180	`PF00069`	Pkinase	238	336	1e-52	179.9
TkA04G027180	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	247	331	3.2e-21	76.5
TkA04G027180	`PF14531`	Kinase-like	262	324	2.8e-06	27.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSF1`	拟南芥	sp\|Q9LSF1\|OXI1_ARATH Serine/threonine-protein kinase OXI1	56.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SYB9`	拟南芥	sp\|Q9SYB9\|UNC_ARATH Serine/threonine-protein kinase UCN	44.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LT38`	拟南芥	sp\|Q9LT38\|UNCL_ARATH Serine/threonine-protein kinase UCNL	41.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0DCT8`	水稻	sp\|Q0DCT8\|G11A_ORYSJ Protein kinase G11A	37.800%	Swiss-Prot	中等置信
`A2YBX5`	水稻	sp\|A2YBX5\|G11A_ORYSI Protein kinase G11A	37.500%	Swiss-Prot	中等置信

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