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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G027130
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 7157087-7159130 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1841 bp · TkA04G027130|TK1151|cDNA

TAATTACCAGGGGGCAAATGTTACAATTTCTTAATTTTTATACAACCCACCCCTATATAAAACATGTAACTCCTATATCTCTTACACTCCTCCATCATCATTCCTTCTCTCTCTAAAACAAAACACCTTCATATGCTTCTTCGGTGCTTCTGAATTCCAAAATGAGAGATTCATATGAAAAGAAGCACATCTACAGTAGTATGTTCTACTGTGTGTAACTTTTTCTTGGCAACCGCACACCAAACATCATCATCATCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1434 bp · TkA04G027130|TK1151|CDS

ATGGCGAAAAGCGAGGTGTTTGAAGGGGATCCGAGCGTGGCGGTGGCGAAGGTCACGGCGGAGTTGAAGAAGGAACTGCATAGACTCGTGAAAGCGATTATTGAAGATTCCTCGTCGGAGGACGAAAATGGATTTGGATTTATTGATAGAGCGAATCAGACTTTGCAAGCTTTGAAGGAATTGAAAGAGGGAGGGAAACAACGATCTTCTTCGATTAAACGAATCAATGATAGTAACCGTAACAATAATGAAAGTTCGAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

477 aa · TkA04G027130|TK1151|PROTEIN

MAKSEVFEGDPSVAVAKVTAELKKELHRLVKAIIEDSSSEDENGFGFIDRANQTLQALKELKEGGKQRSSSIKRINDSNRNNNESSTSVWASCPQEFRCPLSKELMRDPVILSTGQTYDRPFIQKWLKAGNRICPRTQQVLSHTILTPNQLVRDMITQWCKNRGVQFPGPIQYPEQDGLTEADRDLFLSLLKKMSSTQSEQKEAARTLRSLTKRMPSFRALFGESLEAIPQLLTPLTQTKSQTEIHPDLQEDLITTLLNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G027130
TK1151 IDTkA04G027130
OH-1004 IDLXL04_036733
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 96.169
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G027130
位置Chr04:7157087-7159130 (+)
描述Similar to PUB9: U-box domain-containing protein 9
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g07360 作为 E3 泛素连接酶发挥功能（通过相似性）。
Interactions between the S-domain receptor kinases and AtPUB-ARM E3 ubiquitin ligases suggest a conserved signaling pathway in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123380
At5g18320 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g18340 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g18330 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At5g01830 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036733 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程
GO:0048527 lateral root development 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0071215 cellular response to abscisic acid stimulus 生物过程
GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23030
ath:AT3G07360
ath:AT3G54850
ath:AT5G18320
dosa:Os06g0102700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.562
排名 1 · TkA04G027130 · TK1151
细胞核0.395
排名 2 · TkA04G027130 · TK1151
细胞膜0.171
排名 3 · TkA04G027130 · TK1151
内质网0.051
排名 4 · TkA04G027130 · TK1151
溶酶体／液泡0.041
排名 5 · TkA04G027130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25808TPR_LAA1_C14-41 aa
PF24742ARM_CUL7_CUL919-90 aa
PF19443DAHL25-62 aa
PF04564U-box94-162 aa
PF11789zf-Nse95-135 aa
PF26474DUF8148_M118-144 aa
PF13513HEAT_EZ176-205 aa
PF24742ARM_CUL7_CUL9181-246 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G027130PF25808TPR_LAA1_C14410.002118.7
TkA04G027130PF24742ARM_CUL7_CUL919900.06514.0
TkA04G027130PF19443DAHL25629.86.5
TkA04G027130PF04564U-box941621.4e-2073.9
TkA04G027130PF11789zf-Nse951350.01116.2
TkA04G027130PF26474DUF8148_M1181440.08914.0
TkA04G027130PF13513HEAT_EZ1762050.5111.7
TkA04G027130PF24742ARM_CUL7_CUL91812460.06514.0
TkA04G027130PF25808TPR_LAA1_C1833070.002118.7
TkA04G027130PF26474DUF8148_M1832220.08914.0
TkA04G027130PF00514Arm1872123.2e-1349.9
TkA04G027130PF14726RTTN_N1882100.1513.6
TkA04G027130PF25598ARM_PUB1903631.5e-1454.8
TkA04G027130PF24768ARM_ARMC51943661.8e-0731.5
TkA04G027130PF19443DAHL1992669.86.5
TkA04G027130PF28349HSF2BP_C2042640.08414.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SRT0拟南芥sp|Q9SRT0|PUB9_ARATH U-box domain-containing protein 952.100%Swiss-Prot高置信
Q3E9F7拟南芥sp|Q3E9F7|PUB46_ARATH Putative U-box domain-containing protein 4638.800%Swiss-Prot中等置信
Q3E9F5拟南芥sp|Q3E9F5|PUB48_ARATH U-box domain-containing protein 4833.300%Swiss-Prot中等置信
Q3E9F6拟南芥sp|Q3E9F6|PUB47_ARATH Putative U-box domain-containing protein 4731.900%Swiss-Prot中等置信
Q9LZW3拟南芥sp|Q9LZW3|PUB16_ARATH U-box domain-containing protein 1630.800%Swiss-Prot中等置信

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