TkA04G012460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G012460

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 3107752-3113680 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2425 bp · TkA04G012460|TK1151|cDNA

CAAAGGTCCGTTTTAAAATAGCAGCGCGCAGATTAGCATCATATTGGAAAAATATTTAGAGCGGGAGCGCACGTTAGCACAAAATCTCAAAAAAGAGAGGGGAAATATTTTATTCGTTCAAGGGCGGGTGTTGAATTTCTAATTCGTATATTTTAAAATCCTAAATTGCTTTCTCCACATTTCGTTTTCACTTTCACACTCTCCCTTGTGTAAACCGTAATTTCTCTTTCCCCAATTTACCCGTACTTTCGATCTCTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2106 bp · TkA04G012460|TK1151|CDS

ATGGCGGAGCATCGGAGACGCCATGAACAACCTACTAACTCCGTTAGAAGAAGCCTGAAGAGGAAGCTGGAGGAGGAAGTCATCGTAGATCATGATATTTCTTCTTCAGAGGACGTTTCTCAACAAGATCTATTATGTGAAATCCGTGCTCAGGTTGAAGTCCTAGATTCTACTTTCTCATCGAGTGAAGCAGATCGTGCTAAAGTCAAACGCTCTGTTCATATCCTCTCCGAGCTCGCTAAGAATGAGGATATTGTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

701 aa · TkA04G012460|TK1151|PROTEIN

MAEHRRRHEQPTNSVRRSLKRKLEEEVIVDHDISSSEDVSQQDLLCEIRAQVEVLDSTFSSSEADRAKVKRSVHILSELAKNEDIVNMIVESGAVPALVPHLQLSQSREDVTGPMLYEHEVEKRSAFTLGLLAIKPEHQQYIVDAGALPHLVALLKRQPTGQCSRAVNGTIRKAADAITNLSHENGSIKSLVRIEGGIPPLVELLESSDAKVQRAAAGALRALAFKNHENKSQIVDCNALPTLVLMLQSEDAAIHYEAVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G012460`
TK1151 ID	TkA04G012460
OH-1004 ID	LXL04_036975
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G012460

位置 Chr04:3107752-3113680 (-)

描述 Similar to ARIA: ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19330`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。	ARIA, an Arabidopsis arm repeat protein interacting with a transcriptional regulator of abscisic acid-responsive gene expression, is a novel abscisic acid signaling component.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.049189
`At5g13060`	可能作为 E3 泛素蛋白连接酶复合体 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配器，介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解 (通过相似性推测)。	ABAP1 is a novel plant Armadillo BTB protein involved in DNA replication and transcription.2008 · DOI: 10.1038/emboj.2008.191

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036975 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000011 vacuole inheritance 生物过程

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034517 ribophagy 生物过程

GO:0034727 piecemeal microautophagy of the nucleus 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G13060

ath:AT5G19330

ncr:NCU01470

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.582

排名 1 · TkA04G012460 · TK1151

细胞核0.384

排名 2 · TkA04G012460 · TK1151

细胞膜0.097

排名 3 · TkA04G012460 · TK1151

线粒体0.057

排名 4 · TkA04G012460 · TK1151

高尔基体0.053

排名 5 · TkA04G012460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03224V-ATPase_H_N33-243 aa

PF25598ARM_PUB52-109 aa

PF11841ELMO_ARM60-107 aa

PF30701ARMC664-112 aa

PF30699ARM_GAC_264-111 aa

PF24768ARM_ARMC569-109 aa

PF28415SIL1_FES1_HPBP1_C72-106 aa

PF09759Atx10homo_assoc73-115 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G012460	`PF03224`	V-ATPase_H_N	33	243	1.9e-08	34.9
TkA04G012460	`PF25598`	ARM_PUB	52	109	2.3e-13	51.0
TkA04G012460	`PF11841`	ELMO_ARM	60	107	6.7e-05	23.5
TkA04G012460	`PF30701`	ARMC6	64	112	1.9e-10	40.6
TkA04G012460	`PF30699`	ARM_GAC_2	64	111	0.00061	19.0
TkA04G012460	`PF24768`	ARM_ARMC5	69	109	8.7e-25	88.4
TkA04G012460	`PF28415`	SIL1_FES1_HPBP1_C	72	106	6.5e-14	52.7
TkA04G012460	`PF09759`	Atx10homo_assoc	73	115	7.4e-06	26.5
TkA04G012460	`PF04826`	Arm_2	74	98	0.021	15.0
TkA04G012460	`PF26017`	BACK_BTBD8	79	111	0.26	12.3
TkA04G012460	`PF00514`	Arm	86	107	1.8e-51	171.4
TkA04G012460	`PF13513`	HEAT_EZ	94	103	1e-11	45.8
TkA04G012460	`PF28415`	SIL1_FES1_HPBP1_C	119	158	6.5e-14	52.7
TkA04G012460	`PF24768`	ARM_ARMC5	121	172	8.7e-25	88.4
TkA04G012460	`PF13513`	HEAT_EZ	126	156	1e-11	45.8
TkA04G012460	`PF30701`	ARMC6	127	280	1.9e-10	40.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B9DHT4`	拟南芥	sp\|B9DHT4\|ARIA_ARATH ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2	75.200%	Swiss-Prot	高置信
`B7U179`	拟南芥	sp\|B7U179\|ABAP1_ARATH ARMADILLO BTB ARABIDOPSIS PROTEIN 1	63.900%	Swiss-Prot	高置信

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