TkA04G011320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G011320

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 2745887-2757822 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7891 bp · TkA04G011320|TK1151|cDNA

GGCATTTATAACTTGAACACGAAAAAATGGTACACGCAATCACAGGTGTAACCATCAGCTTCTCCTATAATTACCTTGCCCGCCGGCTACCGTCACGGTGGACACTGCTCATTTTCATCTTGGCCCCATCAATGTGAGCCGTCACACTATGAGACCTTCTTCATTCAGTTGACTGTGTAGTAATCGGAGAGAATTCCTCCTTAAAAGTTTTTCGAGAAGCGAGAAAAAAATCCTAGGGTTAGTAGTTAGTACTGAGTAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3933 bp · TkA04G011320|TK1151|CDS

ATGGCGGTGACAGTACCGGCGAGCACGAACACGTGGGATGGAGTGATAGAAATGACAAAATCTGCTCAAAGTAAAGGTGCTGACCCCTTGATGTGGGCAGTTGAGCTCTCTTCTTCGCTCTTGTCTGCAGGAGTATCCATGCCGTCAACTAAGGTAGCCGAATTACTTGTTTCTCACATATGTTGGTCCAATAACGTTCCAATTGCTTGGAAGTTTCTCGAGAAAGCGCTCTCCATTAGAATCGTTCCGCCAATGCTCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1310 aa · TkA04G011320|TK1151|PROTEIN

MAVTVPASTNTWDGVIEMTKSAQSKGADPLMWAVELSSSLLSAGVSMPSTKVAELLVSHICWSNNVPIAWKFLEKALSIRIVPPMLVLALLSNRVIPSRRSHPAAYRLYLVLLKRHIFPLPSEVTGPNYHKIMESIDDALHLYQNFGLQSSEPGLVLVEFIFSVVWQLLDASLDDENLLELVPEKKSIWPIKSHEMEIDDFGEKKSDSHQGLYITNTTMAIEIIGELFRNKVTSRILHLARQNMSQHWTSFIHHMRLLVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G011320`
TK1151 ID	TkA04G011320
OH-1004 ID	LXL04_037000
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G011320

位置 Chr04:2745887-2757822 (+)

描述 Similar to MED33A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 33A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23590`	介体复合物的组成部分，是参与几乎所有 RNA 聚合酶 II 依赖性基因的转录调节的共激活剂。	REF4 and RFR1, subunits of the transcriptional coregulatory complex mediator, are required for phenylpropanoid homeostasis in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1074/jbc.m111.312298
`At2g48110`	介体复合物的组成部分，是参与几乎所有 RNA 聚合酶 II 依赖性基因的转录调节的共激活剂。	Semidominant mutations in reduced epidermal fluorescence 4 reduce phenylpropanoid content in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1534/genetics.107.083881 REF4 and RFR1, subunits of the transcriptional coregulatory complex mediator, are required for phenylpropanoid homeostasis in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1074/jbc.m111.312298

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037000 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009698 phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:2000762 regulation of phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016592 mediator complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G48110

ath:AT3G23590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.750

排名 1 · TkA04G011320 · TK1151

细胞质0.299

排名 2 · TkA04G011320 · TK1151

线粒体0.038

排名 3 · TkA04G011320 · TK1151

细胞膜0.033

排名 4 · TkA04G011320 · TK1151

高尔基体0.027

排名 5 · TkA04G011320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27814MED33_TPR-like_2nd105-283 aa

PF27774MED33_TPR-like_mid791-1027 aa

PF27769MED33_C1085-1266 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G011320	`PF27814`	MED33_TPR-like_2nd	105	283	5e-75	252.0
TkA04G011320	`PF27774`	MED33_TPR-like_mid	791	1027	7.9e-112	373.0
TkA04G011320	`PF27769`	MED33_C	1085	1266	7.5e-79	264.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUG9`	拟南芥	sp\|Q9LUG9\|MD33A_ARATH Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 33A	54.800%	Swiss-Prot	高置信
`F4IN69`	拟南芥	sp\|F4IN69\|MD33B_ARATH Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 33B	53.500%	Swiss-Prot	高置信

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