TkA03G611290 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G611290

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 155230876-155238941 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5568 bp · TkA03G611290|TK1151|cDNA

CACATGTATTTATCGAGTAAATTACCCAATAACATTCGTGATTTACAAAATCTAACAAAATCACGTCACGTATGGCACAAAGCTACTAACCACGCTACTCCCATTTGTACGCAACGACGCCCCCCGTCTTCCCCATTCCCCAAGTTCCGACCCTTCATCGTCAATTGACTGGCTCCCGCTCATTCGATCGATCAAAGCTCTATTTTTTTTCACTGTGATAGCTAAGCACCGTAATCATGTGGAATTCAATCATATTGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

4467 bp · TkA03G611290|TK1151|CDS

ATGGGAAACAAGATCGCACGAACGACGCAAGCTTCGGCTACCGAGTATTACCTTCACGACTTACCATCTTCGTACAACTTGGTACTAAAAGAGGTGTTGGGAAGAGCACGGTTCCTGAAATCCATTCAGTGTAAGCATGACGAAGGATTGGTTTTAGTCAAGGTTTATTTCAAACGTGGTGACTCGATTGATCTTCGGGACTATGAGCGGCGATTGTCTCTGATTCGTGAGATCTTTAGCCGTATGGAGAATTCTCACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1488 aa · TkA03G611290|TK1151|PROTEIN

MGNKIARTTQASATEYYLHDLPSSYNLVLKEVLGRARFLKSIQCKHDEGLVLVKVYFKRGDSIDLRDYERRLSLIREIFSRMENSHVWPFQFWLETDKAAYLLRQYFFNNLHDRLSTRPFLSLVEKKWLAFQLLYAVKQSHDYGVCHGDIKCENVLVTSWNWLYLADFASFKPTYIPHDDPSDFSFFFDTGGRRRCYLAPERFYEHGGEIQVSQDAPLRPSMDIFAVGCVIAELFLEGQPLFELSQLLAYRRGQFDPSQH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G611290`
TK1151 ID	TkA03G611290
OH-1004 ID	LXL04_027923
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.895 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G611290

位置 Chr03:155230876-155238941 (+)

描述 Similar to VPS15: Serine/threonine-protein kinase VPS15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29380`	作为自噬特异性 VPS34 PI3-激酶复合物 I 的一部分，需要进行细胞质到液泡运输 (Cvt) 和自噬的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 (通过相似性)。	Arabidopsis AtVPS15 is essential for pollen development and germination through modulating phosphatidylinositol 3-phosphate formation.2011 · DOI: 10.1007/s11103-011-9806-9 Arabidopsis AtVPS15 plays essential roles in pollen germination possibly by interacting with AtVPS34.2012 · DOI: 10.1016/j.jgg.2012.01.002

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027923 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000011 vacuole inheritance 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0023052 signaling 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0045053 protein retention in Golgi apparatus 生物过程

GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G29380

sce:YBR097W

spo:2539996

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.484

排名 1 · TkA03G611290 · TK1151

细胞核0.251

排名 2 · TkA03G611290 · TK1151

高尔基体0.192

排名 3 · TkA03G611290 · TK1151

溶酶体／液泡0.132

排名 4 · TkA03G611290 · TK1151

细胞膜0.106

排名 5 · TkA03G611290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase30-293 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr33-287 aa

PF01636APH118-161 aa

PF19974TCAD9132-174 aa

PF19974TCAD9391-448 aa

PF12460MMS19_C392-483 aa

PF23271HEAT_GCN1445-517 aa

PF22956PIK3R4-like_middle452-811 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G611290	`PF00069`	Pkinase	30	293	1.4e-18	68.0
TkA03G611290	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	33	287	0.0018	18.4
TkA03G611290	`PF01636`	APH	118	161	0.14	12.6
TkA03G611290	`PF19974`	TCAD9	132	174	0.014	15.3
TkA03G611290	`PF19974`	TCAD9	391	448	0.014	15.3
TkA03G611290	`PF12460`	MMS19_C	392	483	3.1	7.4
TkA03G611290	`PF23271`	HEAT_GCN1	445	517	0.0072	17.2
TkA03G611290	`PF22956`	PIK3R4-like_middle	452	811	6.7e-123	410.7
TkA03G611290	`PF02985`	HEAT	456	482	7.2e-09	35.8
TkA03G611290	`PF29896`	PPFR1_M	464	522	0.00047	21.3
TkA03G611290	`PF01602`	Adaptin_N	464	523	0.063	12.6
TkA03G611290	`PF30359`	RELCH_C	464	518	0.31	10.9
TkA03G611290	`PF13646`	HEAT_2	466	517	0.00039	21.4
TkA03G611290	`PF13513`	HEAT_EZ	466	515	0.0023	19.1
TkA03G611290	`PF12717`	Cnd1	466	519	0.057	14.2
TkA03G611290	`PF22646`	PPP2R1A-like_HEAT	467	515	0.028	15.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0E5`	拟南芥	sp\|Q9M0E5\|VPS15_ARATH Serine/threonine-protein kinase VPS15	65.700%	Swiss-Prot	高置信

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