TkA03G610200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G610200

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 154953766-154960314 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4420 bp · TkA03G610200|TK1151|cDNA

TCTTATTTATATAAAAGACTCTGGCATCGAGTCAACAACAAAAGGCAAAATGAGAAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAACGAAAAAAGAAAACTCTCCATCGATTGACCAACGCGCCTCTCGTTTCTCGTCAGTCTCGGGCCTCTGGCTAGTCGCTTCTCTTCGTGGATTGACTAATAACATCGTCCCAAGGTTTCCTTCGATCAAGACATCCCTAGGGTTTTTCTTCCAAACCACCACAAGATTTTTCAATCAATCTTATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3783 bp · TkA03G610200|TK1151|CDS

ATGGAGAATCCAATTGACATCGACAAGATAACAGAAACGTTGGAACCTGATGCAACTGGTGGCGGTGGATTACAATTGCCTGGGAAAGATAGGGTTGTCTTCAGACCGCCTGAGAGGAAATCATTACTAGGACTAGATGCCCTTGCAAGTGCAAAAAGAGCTGAAGGATCCTTTAAAGTTCCTAGAGAAAAAGTTTCTTCCATGATGTCATCTCTAGATGATGAGGTGGAAAAAACCACATCATCACTCACAGGTCTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1260 aa · TkA03G610200|TK1151|PROTEIN

MENPIDIDKITETLEPDATGGGGLQLPGKDRVVFRPPERKSLLGLDALASAKRAEGSFKVPREKVSSMMSSLDDEVEKTTSSLTGLDEVGSGVSSSGRNYTSRQYRDSSGSKTFGSESQINEEERVPRHGSNSNTRSEDVTPSSRSSRSSQHRSHRNDSADYDRRRNDSRDDRGSSRRYYSSDRDERDHVDPSPRYGKDYRDYGNKRSRYESSSRRTPGRSDWDDGRWEWEESPRHDSRHRQPSRSPMLLGASPDARLVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G610200`
TK1151 ID	TkA03G610200
OH-1004 ID	LXL04_011679
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G610200

位置 Chr03:154953766-154960314 (+)

描述 Similar to CUV: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13010`	通过在催化步骤中介导剪接体的结构转变来参与前 mRNA 剪接。	Phytophthora effector targets a novel component of small RNA pathway in plants to promote infection.2015 · DOI: 10.1073/pnas.1421475112

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011679 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000350 generation of catalytic spliceosome for second transesterification step 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0031053 primary miRNA processing 生物过程

GO:0031334 positive regulation of protein-containing complex assembly 生物过程

GO:0033120 positive regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0035194 regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G13010

bta:520046

cel:CELE_K03H1.2

hsa:9785

spo:2540006

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.902

排名 1 · TkA03G610200 · TK1151

细胞质0.177

排名 2 · TkA03G610200 · TK1151

线粒体0.024

排名 3 · TkA03G610200 · TK1151

细胞膜0.023

排名 4 · TkA03G610200 · TK1151

内质网0.014

排名 5 · TkA03G610200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06745ATPase44-98 aa

PF13476AAA_23360-426 aa

PF14532Sigma54_activ_2564-616 aa

PF25199nSTAND_NTPase5567-600 aa

PF00158Sigma54_activat567-603 aa

PF00437T2SSE569-600 aa

PF00270DEAD570-720 aa

PF20720nSTAND3570-597 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G610200	`PF06745`	ATPase	44	98	0.011	15.9
TkA03G610200	`PF13476`	AAA_23	360	426	0.56	11.5
TkA03G610200	`PF14532`	Sigma54_activ_2	564	616	0.034	15.2
TkA03G610200	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	567	600	0.0043	17.6
TkA03G610200	`PF00158`	Sigma54_activat	567	603	0.22	11.9
TkA03G610200	`PF00437`	T2SSE	569	600	0.015	14.7
TkA03G610200	`PF00270`	DEAD	570	720	3.9e-09	37.2
TkA03G610200	`PF20720`	nSTAND3	570	597	0.0048	17.3
TkA03G610200	`PF06745`	ATPase	570	602	0.011	15.9
TkA03G610200	`PF02562`	PhoH	570	593	0.16	12.2
TkA03G610200	`PF13191`	AAA_16	571	601	0.049	14.9
TkA03G610200	`PF12775`	AAA_7	573	603	0.14	12.4
TkA03G610200	`PF13245`	AAA_19	575	700	0.0002	22.2
TkA03G610200	`PF00005`	ABC_tran	575	596	0.2	13.0
TkA03G610200	`PF04851`	ResIII	576	689	0.023	15.3
TkA03G610200	`PF13401`	AAA_22	577	710	2.1e-06	28.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K2E9`	拟南芥	sp\|F4K2E9\|PRP16_ARATH Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DEAH7	73.400%	Swiss-Prot	高置信

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