TkA03G601210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G601210

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 152662491-152667011 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2009 bp · TkA03G601210|TK1151|cDNA

ATACAAAGCAACAAGGTGTTATTTGCAACATTTCAAACGATGACAAAACTTTTATCAACACCACTGTTTCTCCTCCAGTGAAGGAGGCCAGCCACCAAACCAAAGGGAGCTGAGATTGTCTACAACGCAAGGGTTTTTTCGTTGTTCCAACTGTTCGTAGCTTCTTCTGCTTCTCCGTCACAACAAGAATCTCGCGTTCAAATTTACAAGAATTTGATCCCGTCTCCAACTTTGATTTTCAGATTTCACATAAAAACATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1257 bp · TkA03G601210|TK1151|CDS

ATGCCGGCTCATAAGTCGAAATCGGAGAAGAATGATCCAGAAAAACATTCACTGAGAGACCCCTACGATGTCCTCAGTGTTTCTCGCAACTCCACAGATCAAGAAATCAAAAGTGCTTATCGTAAATTGGCTTTGAAGTACCATCCTGACAAGAACGCAAATGACCCTAAAGCGACTGATATGTTCAATGAGATAACCTTCTCCTACAACATATTATCCGATCCTGATAAACGTCATCAATACGACACTGCTGGTTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

418 aa · TkA03G601210|TK1151|PROTEIN

MPAHKSKSEKNDPEKHSLRDPYDVLSVSRNSTDQEIKSAYRKLALKYHPDKNANDPKATDMFNEITFSYNILSDPDKRHQYDTAGFEAVDSKSQDLELDLSSLGAVNTMFAALFSKLGVPIKTTVSATLLEEALNGTVTTQPIELGQPIVRKVEKQCAHFYSVTITEKQAQAGLVCRVQSSDKSKFKLLYFDQEENGGLNLALQEDSAKTGKVTSAGMYFLGFPVYRLDPPSNSMGSVKDPDAVFFKKLDGFQPCEIHEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G601210`
TK1151 ID	TkA03G601210
OH-1004 ID	LXL04_011549
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	84.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G601210

位置 Chr03:152662491-152667011 (+)

描述 Similar to ATJ16: Chaperone protein dnaJ 16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g24120`	在植物发育中持续发挥作用，可能在细胞区室的结构组织中发挥作用（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g59980`	在植物发育中持续发挥作用，可能在细胞区室的结构组织中发挥作用（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g68370`	在植物发育中持续发挥作用，可能在细胞区室的结构组织中发挥作用（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011549 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008092 cytoskeletal protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24120

ath:AT1G59980

ath:AT1G68370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.614

排名 1 · TkA03G601210 · TK1151

细胞核0.244

排名 2 · TkA03G601210 · TK1151

细胞膜0.155

排名 3 · TkA03G601210 · TK1151

高尔基体0.130

排名 4 · TkA03G601210 · TK1151

内质网0.100

排名 5 · TkA03G601210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00226DnaJ20-82 aa

PF04353Rsd_AlgQ87-104 aa

PF00226DnaJ274-288 aa

PF28175T4SS_LegC2C7291-349 aa

PF27961CSNKA2IP318-376 aa

PF04353Rsd_AlgQ322-367 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G601210	`PF00226`	DnaJ	20	82	4.9e-26	91.3
TkA03G601210	`PF04353`	Rsd_AlgQ	87	104	0.062	14.0
TkA03G601210	`PF00226`	DnaJ	274	288	4.9e-26	91.3
TkA03G601210	`PF28175`	T4SS_LegC2C7	291	349	0.059	13.0
TkA03G601210	`PF27961`	CSNKA2IP	318	376	0.27	11.4
TkA03G601210	`PF04353`	Rsd_AlgQ	322	367	0.062	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VXV4`	拟南芥	sp\|Q8VXV4\|DNJ16_ARATH Chaperone protein dnaJ 16	66.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q6XL73`	拟南芥	sp\|Q6XL73\|DNJ39_ARATH Chaperone protein dnaJ 39	60.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZSY2`	拟南芥	sp\|Q9ZSY2\|DNJ15_ARATH Chaperone protein dnaJ 15	57.800%	Swiss-Prot	高置信

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