RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G596470
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 151463797-151466665 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1596 bp · TkA03G596470|TK1151|cDNA

CAATAACAAAAGACGTCAACAGGACCATCTCTACACCCTTGCTCTCTTCTCCCGTTTTCTTCTCCGGTACACGCACAAACACATTCAACTGTGTGTTAATATATACACACAGCTTTTTTTTTCACATGTATAGCCTATAGATACATACAACCAGCTCTCTCTAAATTCTATCTACAGGTTTGTAGATTCAGCATCCGCATTCAATTACAGAGTTTGTGGTTTGATAACACACAGAATCACAGAGACAGACATACGTATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

765 bp · TkA03G596470|TK1151|CDS

ATGAGATTTCGGGGTGATCGTGTGTACAAATCTTTTCTTGCTATTTTGAATATGTACAGAAAGGAAAACAAACCAATTAAAGAGGTCCACCAAGAGGTTGCTGCTCTTCTTCATAACCAGCCAGACCTTCTGAATGAGTTCACCAATTTCTTACCTGATTCTGAAACACCAGCTTCCAATCAGTATATTCATTCCAGTAGGGCCCACAAACCTCGCCCTGAAGATAGAAGCTCGCCAGCTGGCAGAATAAGACCTCCACC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

254 aa · TkA03G596470|TK1151|PROTEIN

MRFRGDRVYKSFLAILNMYRKENKPIKEVHQEVAALLHNQPDLLNEFTNFLPDSETPASNQYIHSSRAHKPRPEDRSSPAGRIRPPPSEKKGEVSADMAIIIMRKNMLEVRRSIRGMVIEKKVKREEIEQHHSQDRDSNRVNHKRKSTNALEDSVSELFHQDMRDQVICLREKVKERLHNSDDYQSFLKCIVHYCTENINRPQLQSLVNNLLGAHPDLMEEVNGFIDRSERTGNQLIINKKTYSNLHTKNLINF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G596470
TK1151 IDTkA03G596470
OH-1004 IDLXL04_011516
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)89.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 92.520 / OH-1004 21.922
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G596470
位置Chr03:151463797-151466665 (-)
描述Similar to SNL3: Paired amphipathic helix protein Sin3-like 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g15020 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g01320 作为转录阻遏蛋白。
PAH-domain-specific interactions of the Arabidopsis transcription coregulator SIN3-LIKE1 (SNL1) with telomere-binding protein 1 and ALWAYS EARLY2 Myb-DNA binding factors.2010 · DOI: 10.1016/j.jmb.2009.11.065
At1g24190 作为转录阻遏蛋白。
Role of an Arabidopsis AP2/EREBP-type transcriptional repressor in abscisic acid and drought stress responses.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.033043
At1g70060 作为转录阻遏蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011516 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0000118 histone deacetylase complex 细胞组分
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0070822 Sin3-type complex 细胞组分
GO:0003714 transcription corepressor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G24190
ath:AT1G70060
ath:AT3G01320
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.685
排名 1 · TkA03G596470 · TK1151
细胞质0.312
排名 2 · TkA03G596470 · TK1151
细胞膜0.080
排名 3 · TkA03G596470 · TK1151
内质网0.036
排名 4 · TkA03G596470 · TK1151
溶酶体／液泡0.022
排名 5 · TkA03G596470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02671PAH8-51 aa
PF23202PAH_ZNF5989-55 aa
PF05205COMPASS-Shg122-42 aa
PF05205COMPASS-Shg1104-147 aa
PF02671PAH143-160 aa
PF10212PPP1R21_helical148-215 aa
PF23202PAH_ZNF598149-162 aa
PF23202PAH_ZNF598170-225 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G596470PF02671PAH8519.7e-2999.6
TkA03G596470PF23202PAH_ZNF5989556.1e-0523.9
TkA03G596470PF05205COMPASS-Shg122420.4212.1
TkA03G596470PF05205COMPASS-Shg11041470.4212.1
TkA03G596470PF02671PAH1431609.7e-2999.6
TkA03G596470PF10212PPP1R21_helical1482150.04714.2
TkA03G596470PF23202PAH_ZNF5981491626.1e-0523.9
TkA03G596470PF23202PAH_ZNF5981702256.1e-0523.9
TkA03G596470PF05205COMPASS-Shg11702230.4212.1
TkA03G596470PF02671PAH1832259.7e-2999.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LFQ3拟南芥sp|Q9LFQ3|SNL2_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 237.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SRH9拟南芥sp|Q9SRH9|SNL1_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 137.300%Swiss-Prot中等置信
O48686拟南芥sp|O48686|SNL3_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 335.400%Swiss-Prot中等置信
O04539拟南芥sp|O04539|SNL4_ARATH Paired amphipathic helix protein Sin3-like 433.500%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看