TkA03G569950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G569950

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 144553115-144566038 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1446 bp · TkA03G569950|TK1151|cDNA

ATGAAAGGCCGAAGCCAAAATTCGGATAGAATCAGCGGACTTCCTCAATATATAATTGATAAAATTCTAACTCTTATACCAATTCGAGATGCATTAAGAACAAGCATTTTATCAAAGAAATGGAGGTATTCTTGGACGACCATGCCGAAACTTGCATTTAATGACCAGATGCAAGTATCATCCGGTGACAAAGAACTCAACAAATATAACAAGATGGTTCTTGGAATCCTTACCAATTGCCCCCTACTTGAGGACTTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1446 bp · TkA03G569950|TK1151|CDS

ATGAAAGGCCGAAGCCAAAATTCGGATAGAATCAGCGGACTTCCTCAATATATAATTGATAAAATTCTAACTCTTATACCAATTCGAGATGCATTAAGAACAAGCATTTTATCAAAGAAATGGAGGTATTCTTGGACGACCATGCCGAAACTTGCATTTAATGACCAGATGCAAGTATCATCCGGTGACAAAGAACTCAACAAATATAACAAGATGGTTCTTGGAATCCTTACCAATTGCCCCCTACTTGAGGACTTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

482 aa · TkA03G569950|TK1151|PROTEIN

MKGRSQNSDRISGLPQYIIDKILTLIPIRDALRTSILSKKWRYSWTTMPKLAFNDQMQVSSGDKELNKYNKMVLGILTNCPLLEDFIWIKEEIELELTDCELVELFKCLPSVQILLIMKLKIKHLDAGGMPHKLPISLPHLRRLVLSVCFLELSTVLCVINNSPNLEKIDIEMCWDHDQCLQHTFENLCDDEDYSGLKLDHLRELDISSFHNYDPEMEFVKLIMAKSPVLKKARIELNADVSIDEENKMLQKLMKGKHKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G569950`
TK1151 ID	TkA03G569950
OH-1004 ID	LXL04_011168
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	50.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 49.502 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G569950

位置 Chr03:144553115-144566038 (+)

描述 Similar to At1g13570: F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13570`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g13570。	暂无已核实直接文献
`At5g56370`	与 FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g56370。	暂无已核实直接文献
`At5g56420`	F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At5g56420。	暂无已核实直接文献
`At4g10400`	与FBD相关的F-box蛋白At4g10400。	暂无已核实直接文献
`At4g09920`	F-box蛋白 At4g09920。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011168 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13570

ath:AT5G56440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.644

排名 1 · TkA03G569950 · TK1151

细胞核0.477

排名 2 · TkA03G569950 · TK1151

内质网0.066

排名 3 · TkA03G569950 · TK1151

细胞膜0.058

排名 4 · TkA03G569950 · TK1151

线粒体0.030

排名 5 · TkA03G569950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box11-49 aa

PF12937F-box-like11-42 aa

PF07723LRR_276-81 aa

PF13516LRR_694-101 aa

PF12799LRR_498-115 aa

PF00646F-box102-115 aa

PF24758LRR_At5g56370109-181 aa

PF13516LRR_6138-147 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G569950	`PF00646`	F-box	11	49	2.5e-14	53.2
TkA03G569950	`PF12937`	F-box-like	11	42	0.0001	22.7
TkA03G569950	`PF07723`	LRR_2	76	81	0.00092	20.5
TkA03G569950	`PF13516`	LRR_6	94	101	0.13	13.1
TkA03G569950	`PF12799`	LRR_4	98	115	8.4	7.5
TkA03G569950	`PF00646`	F-box	102	115	2.5e-14	53.2
TkA03G569950	`PF24758`	LRR_At5g56370	109	181	1.7e-13	51.5
TkA03G569950	`PF13516`	LRR_6	138	147	0.13	13.1
TkA03G569950	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	139	240	2.8e-07	31.0
TkA03G569950	`PF12799`	LRR_4	139	172	8.4	7.5
TkA03G569950	`PF08387`	FBD	158	169	8.8e-06	26.2
TkA03G569950	`PF13516`	LRR_6	163	174	0.13	13.1
TkA03G569950	`PF24758`	LRR_At5g56370	191	237	1.7e-13	51.5
TkA03G569950	`PF12799`	LRR_4	194	209	8.4	7.5
TkA03G569950	`PF08387`	FBD	200	235	8.8e-06	26.2
TkA03G569950	`PF13516`	LRR_6	201	209	0.13	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ70`	拟南芥	sp\|Q9FZ70\|FDL1_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570	40.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FM94`	拟南芥	sp\|Q9FM94\|FBD21_ARATH FBD-associated F-box protein At5g56370	34.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FM89`	拟南芥	sp\|Q9FM89\|FDL38_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420	29.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SV82`	拟南芥	sp\|Q9SV82\|FBD40_ARATH FBD-associated F-box protein At4g10400	28.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9T0F1`	拟南芥	sp\|Q9T0F1\|FB226_ARATH F-box protein At4g09920	28.900%	Swiss-Prot	低置信

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