TkA03G561150 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G561150

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 142341901-142345240 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1408 bp · TkA03G561150|TK1151|cDNA

AATACTCCTGCTTGGATAATGGCACGTGACATTAGCCTTTCCTCTTCATATTTCTTTCTGGGTACGGAGGGAGTAGGCTTCGTTTCTATCTTGTTATCGACCTTCGACCACCACCGAAACAACACCGGAGCAGAAGGTGTCTTCCACCTTCTCTAATGGCGATTACCGCAACTGCGACTTCTTCCCTCTTCAACTTCAACTGCTCCCTGTTCCATCCACCATCACTAAGCTGTCCTCCAATTCTCCCTTCTCTCCCACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1047 bp · TkA03G561150|TK1151|CDS

ATGGCGATTACCGCAACTGCGACTTCTTCCCTCTTCAACTTCAACTGCTCCCTGTTCCATCCACCATCACTAAGCTGTCCTCCAATTCTCCCTTCTCTCCCACACCACCATCTCCGCCTAACCCTCGCCAGAAAATTCGGTATTTTCACTACTCTGCCCGACCGAAAACCCTTCATCTCAAACCCTTCGGTGTGCTCTTCGTCCGCTGGAAAATCTCAGCCGATGGTTCCTCCTTATAATATCCTAATCACTGGCTCCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

348 aa · TkA03G561150|TK1151|PROTEIN

MAITATATSSLFNFNCSLFHPPSLSCPPILPSLPHHHLRLTLARKFGIFTTLPDRKPFISNPSVCSSSAGKSQPMVPPYNILITGSTKGIGYALAKEFLKAGDNVLICSRSAERVESAIQTLRAESGVQHVWGTKCDVRDGNDVKNLVKYAQENLQYIDIWINNAGSNAYSYKPLAEASDEDLIEVVTTNTLGLMICCREAMKMMLNQPRGGHIFNIDGAGSDGRPTPRFAAYGATKRSVVHLTKSLQAELRMQEVSNVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G561150`
TK1151 ID	TkA03G561150
OH-1004 ID	LXL04_011025
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G561150

位置 Chr03:142341901-142345240 (+)

描述 Similar to NOL: Chlorophyll(ide) b reductase NOL, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g04900`	叶绿素b降解所需。	暂无已核实直接文献
`At4g13250`	参与叶绿素 b 降解。	Participation of chlorophyll b reductase in the initial step of the degradation of light-harvesting chlorophyll a/b-protein complexes in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.008912

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0654600`	叶绿素b降解所需。	暂无已核实直接文献
`Os01g0227100`	对正确的叶绿体降解所必需。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011025 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006718 juvenile hormone biosynthetic process 生物过程

GO:0010304 PSII associated light-harvesting complex II catabolic process 生物过程

GO:0015996 chlorophyll catabolic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0034256 chlorophyll(ide) b reductase activity 分子功能

GO:0047886 farnesol dehydrogenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

aag:23687722

ath:AT4G13250

ath:AT5G04900

dosa:Os01g0227100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.966

排名 1 · TkA03G561150 · TK1151

线粒体0.042

排名 2 · TkA03G561150 · TK1151

细胞核0.020

排名 3 · TkA03G561150 · TK1151

细胞质0.020

排名 4 · TkA03G561150 · TK1151

细胞膜0.014

排名 5 · TkA03G561150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23441SDR80-277 aa

PF04321RmlD_sub_bind80-153 aa

PF00106adh_short81-276 aa

PF08659KR81-189 aa

PF01370Epimerase81-267 aa

PF02719Polysacc_synt_281-205 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd82-151 aa

PF13561adh_short_C287-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G561150	`PF23441`	SDR	80	277	1.4e-07	31.9
TkA03G561150	`PF04321`	RmlD_sub_bind	80	153	0.18	11.6
TkA03G561150	`PF00106`	adh_short	81	276	2.2e-43	148.7
TkA03G561150	`PF08659`	KR	81	189	4.2e-08	34.0
TkA03G561150	`PF01370`	Epimerase	81	267	3.2e-06	27.4
TkA03G561150	`PF02719`	Polysacc_synt_2	81	205	0.0042	17.0
TkA03G561150	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	82	151	0.004	17.4
TkA03G561150	`PF13561`	adh_short_C2	87	281	2.1e-31	110.1
TkA03G561150	`PF03807`	F420_oxidored	90	123	0.021	16.1
TkA03G561150	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	232	268	0.004	17.4
TkA03G561150	`PF08659`	KR	239	287	4.2e-08	34.0
TkA03G561150	`PF03807`	F420_oxidored	259	291	0.021	16.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LEU3`	拟南芥	sp\|Q8LEU3\|NOL_ARATH Chlorophyll(ide) b reductase NOL, chloroplastic	75.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q93ZA0`	拟南芥	sp\|Q93ZA0\|NYC1_ARATH Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic	42.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84ST4`	水稻	sp\|Q84ST4\|NOL_ORYSJ Chlorophyll(ide) b reductase NOL, chloroplastic	82.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q5N800`	水稻	sp\|Q5N800\|NYC1_ORYSJ Probable chlorophyll(ide) b reductase NYC1, chloroplastic	44.900%	Swiss-Prot	中等置信

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