TkA03G547550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G547550

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 138115720-138118218 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1907 bp · TkA03G547550|TK1151|cDNA

TCCCCATTTTAAATGCATCAAATTCTCCAAATAAACACACACCTCAAAACCCTCTCTTCCCCACCCCCACCCCTCTCTCACACAAACAGTAACCTTTCTTGGTTACACTCCACTACCCATTGTTTTTATTACCCAAAAGAAACAAAGAAACCCTCAAAAAACCACCATTTCAAATCCACACTTTATTTTCTGTTTTCATGAAGAACAATCAAGAAAGAGATAGATAGATAGCCTCACAGCCTCATCTTCTTTTTTCTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1224 bp · TkA03G547550|TK1151|CDS

ATGAAAGGGGAAACATCGTGGGTTAGTCATTGTCTCGACAATATTTCCACCAACAACGAGTTTAATTCGTTCCCAGAAGTCACAGACGACGTTAATAACGACATTTCACCTCTACTACGTGTCGATTTAATCCTCCCCGACGACCTACTCGAAAGAATCCTCGCCTACCTCCCAATCGCAAGCATCTTCCGCGTCGGTTGCGTCTGTAAACGCTGGCACGAAATCGTGAGTTCCCGTCGATTTCTCTGGAACGTCTCTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

407 aa · TkA03G547550|TK1151|PROTEIN

MKGETSWVSHCLDNISTNNEFNSFPEVTDDVNNDISPLLRVDLILPDDLLERILAYLPIASIFRVGCVCKRWHEIVSSRRFLWNVSRISSQKPWYFMFTSSDDPFGYAYDPVLRKWYEIELPYMVKTSRWFIASSSGLVCFMDNDTRSELYVCNLITKCCFRLHEPPNLRFCDYSALAISVDRVSTSYEVTVVKSRQVPENYFQWDLSIHVYDSVAMTWTTPVTEMLTGWRGGDESVICNGVLYFLIYSTGSFQEHRHGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G547550`
TK1151 ID	TkA03G547550
OH-1004 ID	LXL04_010758
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.413 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G547550

位置 Chr03:138115720-138118218 (+)

描述 Similar to At3g61590: F-box/kelch-repeat protein At3g61590

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g61590`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At5g15710`	F-box/kelch-repeat 蛋白 At5g15710。	暂无已核实直接文献
`At4g33160`	仅含F-box的蛋白 13。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010758 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0035195 miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0060776 simple leaf morphogenesis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27340

ath:AT1G30950

ath:AT3G61590

ath:AT5G15710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.490

排名 1 · TkA03G547550 · TK1151

细胞质0.386

排名 2 · TkA03G547550 · TK1151

细胞膜0.129

排名 3 · TkA03G547550 · TK1151

内质网0.073

排名 4 · TkA03G547550 · TK1151

质体0.064

排名 5 · TkA03G547550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box44-83 aa

PF12937F-box-like45-84 aa

PF18511F-box_545-57 aa

PF18511F-box_567-75 aa

PF24750b-prop_At3g26010-like99-123 aa

PF18511F-box_5114-120 aa

PF24750b-prop_At3g26010-like131-265 aa

PF07646Kelch_2205-220 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G547550	`PF00646`	F-box	44	83	5.2e-12	45.9
TkA03G547550	`PF12937`	F-box-like	45	84	4.9e-11	42.9
TkA03G547550	`PF18511`	F-box_5	45	57	0.35	11.2
TkA03G547550	`PF18511`	F-box_5	67	75	0.35	11.2
TkA03G547550	`PF24750`	b-prop_At3g26010-like	99	123	1.7e-11	44.6
TkA03G547550	`PF18511`	F-box_5	114	120	0.35	11.2
TkA03G547550	`PF24750`	b-prop_At3g26010-like	131	265	1.7e-11	44.6
TkA03G547550	`PF07646`	Kelch_2	205	220	0.14	12.9
TkA03G547550	`PF13340`	DUF4096	234	246	0.19	12.7
TkA03G547550	`PF12937`	F-box-like	283	291	4.9e-11	42.9
TkA03G547550	`PF07646`	Kelch_2	288	334	0.14	12.9
TkA03G547550	`PF13340`	DUF4096	302	330	0.19	12.7
TkA03G547550	`PF07646`	Kelch_2	367	379	0.14	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M310`	拟南芥	sp\|Q9M310\|FBK77_ARATH F-box/kelch-repeat protein At3g61590	62.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFV5`	拟南芥	sp\|Q9LFV5\|FK111_ARATH F-box/kelch-repeat protein At5g15710	28.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SMZ3`	拟南芥	sp\|Q9SMZ3\|FBX13_ARATH F-box only protein 13	23.700%	Swiss-Prot	低置信

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