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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G544890
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 137436849-137445598 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

7001 bp · TkA03G544890|TK1151|cDNA

AGAAATAAATTGGGGTAAAAAAATTGGACAGTTCTAGGGTTTGACTGATGAAATTGGGCGTGAAATCTCCACACACCACTAGGTGAGAGAGAAAGAGAGCCTGCGCGCAAATCAGATGATTCTTCCGGTAACTTCGGTGGCTCGCCGTCTTCAAGATCCATCGCAGCAGTGGCCCACACGATCTGATTCGTGAGAAAAATAACAATTTCTGAAAATCTGACAAATTGTCGATTTTTTCTCTCCTTTTTCGGGAAAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4140 bp · TkA03G544890|TK1151|CDS

ATGGCGATGCCAGATAGACCGTACCGGAAATTCGTCAGACTCTGTGAACGCCAACGAATGGAACTCAACCGACAAGTCCAAGCCGCTCAAAGGGCGATTCGGGAAAAACAACTCAAATCCATCTTCCAATGGCGGAAGAAGCTTCTGGAATCTCACTGGGCGATTCGGGACGCGAGGACTTCTAGAAACCGGGGAGTTGCCAAGTACCATGAGAGGATGTTGAGGGAGTTTTCGAAGAATAGGGATGATGATAGGAGTAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1379 aa · TkA03G544890|TK1151|PROTEIN

MAMPDRPYRKFVRLCERQRMELNRQVQAAQRAIREKQLKSIFQWRKKLLESHWAIRDARTSRNRGVAKYHERMLREFSKNRDDDRSKRMEALKNNDVERYREILMEQQTSVPGEAAAERYEVLSSFLSQTEDYLNKLGGKITAAKNQQEVHEAANAASIAARAQGLSEEEVRAAASCAREEVLIRNRFSEMNAPQDGSSVSKYYTLAHAVSERVLRQPSMLRKGTLRDYQLVGLQWMLSLYNNKLNGILADEMGLGKTVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G544890
TK1151 IDTkA03G544890
OH-1004 IDLXL04_026715
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)75.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 68.585
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G544890
位置Chr03:137436849-137445598 (+)
描述Similar to BRM: ATP-dependent helicase BRM
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g46020 多蛋白复合物的 ATP 酶亚单位，相当于 SWI/SNF 复合物，通过催化依赖 ATP 的核小体 DNA 结构变化来重塑染色质。 暂无已核实直接文献
At2g28290 染色质结构重塑复合体（RSC）的催化组分，参与转录调控和核小体定位。 暂无已核实直接文献
At5g19310 可能的染色质重塑因子，在根和芽干细胞起始以及根顶端分生组织 和芽顶端分生组织 维持方面与 CHR12 功能冗余。
Mutations in two non-canonical Arabidopsis SWI2/SNF2 chromatin remodeling ATPases cause embryogenesis and stem cell maintenance defects.2012 · DOI: 10.1111/tpj.12009
Over-expression of Arabidopsis AtCHR23 chromatin remodeling ATPase results in increased variability of growth and gene expression.2014 · DOI: 10.1186/1471-2229-14-76
Reduced seed germination in Arabidopsis over-expressing SWI/SNF2 ATPase genes.2015 · DOI: 10.1111/ppl.12231
At3g06010 可能的染色质重塑因子，在根和茎干细胞起始、根尖分生组织 和茎尖分生组织 维持中与 CHR23 功能冗余。
The SWI/SNF chromatin-remodeling gene AtCHR12 mediates temporary growth arrest in Arabidopsis thaliana upon perceiving environmental stress.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03185.x
Mutations in two non-canonical Arabidopsis SWI2/SNF2 chromatin remodeling ATPases cause embryogenesis and stem cell maintenance defects.2012 · DOI: 10.1111/tpj.12009
Reduced seed germination in Arabidopsis over-expressing SWI/SNF2 ATPase genes.2015 · DOI: 10.1111/ppl.12231

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0144300 可能的染色质重塑因子，参与根及茎端干细胞的建立，以及根尖分生组织（RAM）和茎尖分生组织（SAM）的维持。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026715 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
GO:0010104 regulation of ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010199 organ boundary specification between lateral organs and the meristem 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28290
ath:AT2G46020
ath:AT3G06010
ath:AT5G19310
dosa:Os05g0144300
osa:4337784
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.953
排名 1 · TkA03G544890 · TK1151
细胞质0.122
排名 2 · TkA03G544890 · TK1151
细胞膜0.019
排名 3 · TkA03G544890 · TK1151
线粒体0.013
排名 4 · TkA03G544890 · TK1151
内质网0.008
排名 5 · TkA03G544890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25310VG1566-179 aa
PF04851ResIII225-385 aa
PF00176SNF2-rel_dom229-531 aa
PF00270DEAD246-388 aa
PF00271Helicase_C276-332 aa
PF13173AAA_14347-388 aa
PF00439Bromodomain408-426 aa
PF25310VG15473-486 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G544890PF25310VG15661792.19.2
TkA03G544890PF04851ResIII2253853e-1041.0
TkA03G544890PF00176SNF2-rel_dom2295311.5e-85287.5
TkA03G544890PF00270DEAD2463885.9e-0833.3
TkA03G544890PF00271Helicase_C2763328.4e-2587.9
TkA03G544890PF13173AAA_143473880.03614.8
TkA03G544890PF00439Bromodomain4084260.1312.9
TkA03G544890PF25310VG154734862.19.2
TkA03G544890PF11496HDA2-35466700.004217.0
TkA03G544890PF13173AAA_145475730.03614.8
TkA03G544890PF00271Helicase_C5526658.4e-2587.9
TkA03G544890PF00271Helicase_C7307548.4e-2587.9
TkA03G544890PF00439Bromodomain115411970.1312.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6EVK6拟南芥sp|Q6EVK6|BRM_ARATH Chromatin remodeling ATPase BRAHMA69.900%Swiss-Prot高置信
F4IHS2拟南芥sp|F4IHS2|SYD_ARATH Chromatin structure-remodeling complex protein SYD40.300%Swiss-Prot中等置信
F4K128拟南芥sp|F4K128|CHR23_ARATH Probable ATP-dependent DNA helicase CHR2337.600%Swiss-Prot中等置信
F4J9M5拟南芥sp|F4J9M5|CHR12_ARATH Probable ATP-dependent DNA helicase CHR1240.900%Swiss-Prot低置信
Q60EX7水稻sp|Q60EX7|CHR19_ORYSJ Probable ATP-dependent DNA helicase CHR71945.000%Swiss-Prot低置信

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