TkA03G535210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G535210

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 134680070-134683979 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1450 bp · TkA03G535210|TK1151|cDNA

CAGGGCTGCAGTTGCAACGTCGACATTCACGCGGTACAGAAGAAATCGCAATAGATACCGTAAAGAGAGGAGAGTGAAAGGGGCACCAAAAAGAGTACCCCAAAACCCCTAAAACCACTTCTGATTTCGAACCCTAATTTGTAAAAGCTCTTTGAATTTTCTACACCTGCTATTGATTCCGATAATTAGTTATACGAAGTTGTGATCTCGCACTGTAGAGATCATCTTCGTCGTCATGGATATCGAACAAAAGCAAGCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

750 bp · TkA03G535210|TK1151|CDS

ATGGATATCGAACAAAAGCAAGCGGAGCACATCGAGCACTTCGTGAAACAAGCGTCCAGCAATCAGACTTCATCATCTTATCTCGCAAATGTCATCGTGGAAGCCACTTCACACCCTTCTCTCTTTGCTTTCTCCGAGATTCTTGCTCTCCCTAAGATCCTCGAGCTTCAAGGAACGGAGCATTCTATATACCTTGATTTGCTTCAGATGTTTGCTCATGGAACATGGAGTGAATACAAAAGTAGTGCTAGCAGGCTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

249 aa · TkA03G535210|TK1151|PROTEIN

MDIEQKQAEHIEHFVKQASSNQTSSSYLANVIVEATSHPSLFAFSEILALPKILELQGTEHSIYLDLLQMFAHGTWSEYKSSASRLPLLTPDQILKLKQLTMLTLAEANKVLSYDVLMHELDVVNVRELEDFLINECMYVGIVRGKLDQLRRCFEVQFAAGRDLRPGQLGNMIHTLSDWLGTSDNLLISIQDKIKWADTMSELDRKHKKENEERLEEVKNALSLKKLQTVSRLTWSSEGTGGFSLNLVE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G535210`
TK1151 ID	TkA03G535210
OH-1004 ID	LXL04_010547
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.189 / OH-1004 90.706 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G535210

位置 Chr03:134680070-134683979 (-)

描述 Similar to CSN7: COP9 signalosome complex subunit 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02090`	COP9 信号体复合物的组成部分，该复合物参与各种细胞和发育过程，例如光形态发生以及生长素和茉莉酸反应。	The Arabidopsis COP9 signalosome subunit 7 is a model PCI domain protein with subdomains involved in COP9 signalosome assembly.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.053801 COP9 signalosome subunit 7 from Arabidopsis interacts with and regulates the small subunit of ribonucleotide reductase (RNR2).2011 · DOI: 10.1007/s11103-011-9795-8

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010547 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000338 protein deneddylation 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0010387 COP9 signalosome assembly 生物过程

GO:0036099 female germ-line stem cell population maintenance 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:2000434 regulation of protein neddylation 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008180 COP9 signalosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02090

ddi:DDB_G0271282

dme:Dmel_CG2038

hsa:64708

mmu:26895

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.659

排名 1 · TkA03G535210 · TK1151

细胞核0.493

排名 2 · TkA03G535210 · TK1151

高尔基体0.056

排名 3 · TkA03G535210 · TK1151

溶酶体／液泡0.048

排名 4 · TkA03G535210 · TK1151

细胞膜0.040

排名 5 · TkA03G535210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22642MinC_N_14-19 aa

PF22061CSN7_HB_subdom12-45 aa

PF01399PCI89-157 aa

PF18392CSN7a_helixI169-213 aa

PF22642MinC_N_1181-217 aa

PF01399PCI211-228 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G535210	`PF22642`	MinC_N_1	4	19	0.19	12.8
TkA03G535210	`PF22061`	CSN7_HB_subdom	12	45	6.5e-05	23.4
TkA03G535210	`PF01399`	PCI	89	157	4.4e-05	24.3
TkA03G535210	`PF18392`	CSN7a_helixI	169	213	0.001	19.6
TkA03G535210	`PF22642`	MinC_N_1	181	217	0.19	12.8
TkA03G535210	`PF01399`	PCI	211	228	4.4e-05	24.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94JU3`	拟南芥	sp\|Q94JU3\|CSN7_ARATH COP9 signalosome complex subunit 7	75.100%	Swiss-Prot	高置信

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