TkA03G532520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G532520

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 133940035-133942397 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1981 bp · TkA03G532520|TK1151|cDNA

ATCTGTTTTGAAACTCTGATTCACGCTAGCCTTAAACCCCAAGCACGGCTAATACCTTTGCTTTGACATCACCACCATCATCGGCAAATGGAGATCGACGAGAACGAAAACCCTAACGCTAACCCTAATGCCACCACTTCACCTCCAGACTCCATTGCTCAAATTGCACCAGTCGAGCCTCCAATTCCAGTAGCCCCAACTGCAATCTTACCCCCAATCGCTCCAATCCCACGTCCACTCGCCCATCTTCCCCCCGTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1668 bp · TkA03G532520|TK1151|CDS

ATGGAGATCGACGAGAACGAAAACCCTAACGCTAACCCTAATGCCACCACTTCACCTCCAGACTCCATTGCTCAAATTGCACCAGTCGAGCCTCCAATTCCAGTAGCCCCAACTGCAATCTTACCCCCAATCGCTCCAATCCCACGTCCACTCGCCCATCTTCCCCCCGTTCGTCCACCAAATGGCGACGCAGCGAAGGCAACAAACAAAGACGCCGATTCTGACGAAGAAGGCGATGATTCGGGTCCCGAATACGAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

555 aa · TkA03G532520|TK1151|PROTEIN

MEIDENENPNANPNATTSPPDSIAQIAPVEPPIPVAPTAILPPIAPIPRPLAHLPPVRPPNGDAAKATNKDADSDEEGDDSGPEYEISEESRLFREKQEKAKQEFLMKQRAAALAVPTNDNSVRSRLRRLEEPVTLFGEKEMERRDRLRMLMARLDSDGQSDKLLKVLEEEEAAAANAAGIDDGSYEVEGEAVQYPFYTEGSMALLKARYEIAKDSVVKSAKRLARARRKRNDPDEDEDSEINWVLENAKTFSLDCSEIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G532520`
TK1151 ID	TkA03G532520
OH-1004 ID	LXL04_010520
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G532520

位置 Chr03:133940035-133942397 (-)

描述 Similar to LIS: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4-like protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41500`	参与前 mRNA 剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010520 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程

GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程

GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions 生物过程

GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程

GO:0000388 spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0001709 cell fate determination 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0007267 cell-cell signaling 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009560 embryo sac egg cell differentiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41500

bta:508735

hsa:9128

mmu:70052

pon:100174168

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.711

排名 1 · TkA03G532520 · TK1151

细胞质0.314

排名 2 · TkA03G532520 · TK1151

细胞膜0.035

排名 3 · TkA03G532520 · TK1151

线粒体0.034

排名 4 · TkA03G532520 · TK1151

溶酶体／液泡0.023

排名 5 · TkA03G532520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08799PRP4123-149 aa

PF23389Beta-prop_WDR19_1st244-341 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd250-282 aa

PF16529Ge1_WD40258-290 aa

PF23761Beta-prop_DCAF4259-310 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st260-304 aa

PF24805EIF3I260-334 aa

PF12894ANAPC4_WD40260-311 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G532520	`PF08799`	PRP4	123	149	4.4e-10	39.6
TkA03G532520	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	244	341	1e-06	28.7
TkA03G532520	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	250	282	3.5e-26	92.6
TkA03G532520	`PF16529`	Ge1_WD40	258	290	0.0013	18.5
TkA03G532520	`PF23761`	Beta-prop_DCAF4	259	310	1.2e-09	38.3
TkA03G532520	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	260	304	3.4e-41	142.0
TkA03G532520	`PF24805`	EIF3I	260	334	2.2e-35	123.0
TkA03G532520	`PF12894`	ANAPC4_WD40	260	311	2.6e-13	50.7
TkA03G532520	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	261	415	9.6e-57	192.4
TkA03G532520	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	262	443	8e-72	242.7
TkA03G532520	`PF24780`	WD40_MABP1-WDR62_1st	262	334	4.3e-18	66.4
TkA03G532520	`PF24814`	WD40_Prp19	263	298	1.8e-66	224.8
TkA03G532520	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	263	379	3.8e-34	119.0
TkA03G532520	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	263	331	5e-19	69.5
TkA03G532520	`PF23409`	Beta-prop_EML	263	344	2.1e-16	60.9
TkA03G532520	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	263	334	4.4e-12	46.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22212`	拟南芥	sp\|O22212\|PRP4L_ARATH U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4-like protein	57.000%	Swiss-Prot	低置信

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