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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G519550
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 130348245-130349840 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1596 bp · TkA03G519550|TK1151|cDNA

ATGAAGATTGGGCAATTATCTTTACTGAAATCCTCAATTACCTCTTCAGGAGTCGCCTCAAATCCTAATCACTATTCAATTCCAACTGAGATTTCGAGTTATATTCTTCAACATCCACCAACTGCCACATCCCTCGCACCAGTCCTCCAATGGTACATCAATTCAGACACTCCTTCTCATGGCCAAAAGATTCATACCCATATAATCAAAACCGGGTACAGGCCCAACACAAACATATCCATCAAACTTCTCATTCTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1596 bp · TkA03G519550|TK1151|CDS

ATGAAGATTGGGCAATTATCTTTACTGAAATCCTCAATTACCTCTTCAGGAGTCGCCTCAAATCCTAATCACTATTCAATTCCAACTGAGATTTCGAGTTATATTCTTCAACATCCACCAACTGCCACATCCCTCGCACCAGTCCTCCAATGGTACATCAATTCAGACACTCCTTCTCATGGCCAAAAGATTCATACCCATATAATCAAAACCGGGTACAGGCCCAACACAAACATATCCATCAAACTTCTCATTCTTTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

531 aa · TkA03G519550|TK1151|PROTEIN

MKIGQLSLLKSSITSSGVASNPNHYSIPTEISSYILQHPPTATSLAPVLQWYINSDTPSHGQKIHTHIIKTGYRPNTNISIKLLILYLKSSCLLYARQVFDDLRQPTLTAYNYIIAGYTKHGEVAESLNLVRRLVSCNEKPDGYTFSMILKASTNNTILPNGCRIGKEVHAQIMKSYVVVDDVLSTALVDLYVKSGRVDYARRVFDFMMEKDVICSTSMISGYMRQGLTEDAEYIFNKTTHKDIVVFNAMIEGYSKSIET...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G519550
TK1151 IDTkA03G519550
OH-1004 IDLXL04_010329
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G519550
位置Chr03:130348245-130349840 (-)
描述Similar to PCMP-E34: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g28690, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g28690 含五肽重复的蛋白 At1g28690，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g14330 含五肽重复序列的蛋白质 At3g14330。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At2g34400 含五肽重复序列的蛋白 At2g34400。 暂无已核实直接文献
At3g03580 含五肽重复序列的蛋白 At3g03580。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010329 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G28690
ath:AT2G13600
ath:AT2G20540
ath:AT3G49142
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.641
排名 1 · TkA03G519550 · TK1151
质体0.214
排名 2 · TkA03G519550 · TK1151
细胞核0.042
排名 3 · TkA03G519550 · TK1151
细胞质0.029
排名 4 · TkA03G519550 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA03G519550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long40-73 aa
PF29070MSC6_N47-123 aa
PF17049AEP162-105 aa
PF13812PPR_371-118 aa
PF01535PPR85-104 aa
PF22330Rib_mS39_PPR96-122 aa
PF12921ATP13101-137 aa
PF13041PPR_2106-152 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G519550PF17177PPR_long40736.9e-1452.4
TkA03G519550PF29070MSC6_N471231.9e-0627.9
TkA03G519550PF17049AEP1621053.1e-0730.5
TkA03G519550PF13812PPR_3711181.3e-1867.5
TkA03G519550PF01535PPR851041.3e-46154.3
TkA03G519550PF22330Rib_mS39_PPR961220.001119.5
TkA03G519550PF12921ATP131011370.005917.2
TkA03G519550PF13041PPR_21061522e-46156.6
TkA03G519550PF12854PPR_11061332.8e-36123.7
TkA03G519550PF01535PPR1101371.3e-46154.3
TkA03G519550PF23276TPR_241111546.5e-1452.7
TkA03G519550PF17177PPR_long1112136.9e-1452.4
TkA03G519550PF17049AEP11121413.1e-0730.5
TkA03G519550PF13428TPR_141161380.008417.4
TkA03G519550PF29070MSC6_N1172041.9e-0627.9
TkA03G519550PF13812PPR_31321561.3e-1867.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q1PFQ9拟南芥sp|Q1PFQ9|PPR62_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g28690, mitochondrial55.000%Swiss-Prot高置信
Q9LUL5拟南芥sp|Q9LUL5|PP229_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1433028.900%Swiss-Prot低置信
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360034.600%Swiss-Prot中等置信
O64705拟南芥sp|O64705|PP184_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3440026.000%Swiss-Prot低置信
Q9SS60拟南芥sp|Q9SS60|PP210_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0358026.500%Swiss-Prot低置信

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