TkA03G518250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G518250

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 129991565-130000096 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1986 bp · TkA03G518250|TK1151|cDNA

TGATGCTATTTGAGGATAGAAACACTAAGATTTGCAGTTTTTATGACTCCAAAATCCGAAGAAAAATTTCCAAACACATATCCAAACAGTCCAATTCGGACCATAATACGAGATAATGATCAAAGAAACATACATGACGTTATTCTAGAATAGAAACTTTGAAACAAAGCATCTTAGACTCTTAAATTGGAAGGACATATATAATATACTAAACCCGAAGTATGTTACGATATTAAAAATGATGTGTTGTCATTTGGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1692 bp · TkA03G518250|TK1151|CDS

ATGGGCGACTCCACCGCCAGGGATGGCGGTGATAAAACCTTGTCGGAGAGAAACGTCGCTGAAGAAGTGTCTAGGCTTGTGGAACAAAGTAAAGAGTTGCAGGAATCAGCATCGACCTTAATTTCTAGAAATTCGCAGGAGGAATCATCGCTACGGCAACGTGCCGTAACTCTCGATTCAGATATCAAAAAGCTCCGAACGTTCATAGGTTCCTCCGTCAAGAAAGGCAATTTAGATTCCAAACACGAAGAAAAATTAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

563 aa · TkA03G518250|TK1151|PROTEIN

MGDSTARDGGDKTLSERNVAEEVSRLVEQSKELQESASTLISRNSQEESSLRQRAVTLDSDIKKLRTFIGSSVKKGNLDSKHEEKLGEELSRASYTLGEGDAATFLPCKSHGRFLRMLLGPINVRANRQDIQLKVKEEYYSFRDRTAYLFLFFPSLLLVLRSSVWDGCFPALPVQIYQAWLLFLYTGLALRENILRVNGSDIRPWWIYHHYFAMAMALISLTWEIERQPDCSQKQKGIQLFLRWAIMQGVAMLLQNRYQR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G518250`
TK1151 ID	TkA03G518250
OH-1004 ID	LXL04_010299
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.079 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G518250

位置 Chr03:129991565-130000096 (+)

描述 Similar to NUDT15: Nudix hydrolase 15, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28960`	辅酶 A 二磷酸酶，介导氧化辅酶 A 的裂解。	暂无已核实直接文献
`At5g45940`	辅酶A二磷酸酶，介导辅酶A裂解生成3',5'-ADP和4'-磷酸泛酰胺。	暂无已核实直接文献
`At2g33980`	可能介导某些核苷二磷酸衍生物的水解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006104 succinyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:0006637 acyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:0006753 nucleoside phosphate metabolic process 生物过程

GO:0009132 nucleoside diphosphate metabolic process 生物过程

GO:0015937 coenzyme A biosynthetic process 生物过程

GO:0015938 coenzyme A catabolic process 生物过程

GO:0036114 medium-chain fatty-acyl-CoA catabolic process 生物过程

GO:0044580 butyryl-CoA catabolic process 生物过程

GO:0046356 acetyl-CoA catabolic process 生物过程

GO:1901289 succinyl-CoA catabolic process 生物过程

GO:1902858 propionyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:1902859 propionyl-CoA catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28960

ath:AT2G33980

ath:AT5G45940

hsa:283927

mmu:67528

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.647

排名 1 · TkA03G518250 · TK1151

高尔基体0.153

排名 2 · TkA03G518250 · TK1151

细胞核0.141

排名 3 · TkA03G518250 · TK1151

细胞质0.134

排名 4 · TkA03G518250 · TK1151

细胞膜0.120

排名 5 · TkA03G518250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10944DUF263016-59 aa

PF07851TMEM120A-B22-352 aa

PF00293NUDIX177-206 aa

PF11384DUF3188181-190 aa

PF11384DUF3188328-335 aa

PF00293NUDIX376-498 aa

PF10944DUF2630429-440 aa

PF11384DUF3188520-544 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G518250	`PF10944`	DUF2630	16	59	1.8	9.7
TkA03G518250	`PF07851`	TMEM120A-B	22	352	2.3e-92	310.4
TkA03G518250	`PF00293`	NUDIX	177	206	5.4e-14	53.1
TkA03G518250	`PF11384`	DUF3188	181	190	0.19	12.3
TkA03G518250	`PF11384`	DUF3188	328	335	0.19	12.3
TkA03G518250	`PF00293`	NUDIX	376	498	5.4e-14	53.1
TkA03G518250	`PF10944`	DUF2630	429	440	1.8	9.7
TkA03G518250	`PF11384`	DUF3188	520	544	0.19	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GYB1`	拟南芥	sp\|Q8GYB1\|NUD15_ARATH Nudix hydrolase 15, mitochondrial	64.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LET2`	拟南芥	sp\|Q8LET2\|NUD11_ARATH Nudix hydrolase 11	62.600%	Swiss-Prot	高置信
`O22951`	拟南芥	sp\|O22951\|NUD22_ARATH Nudix hydrolase 22, chloroplastic	63.200%	Swiss-Prot	高置信

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