TkA03G515840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G515840

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 129390594-129405540 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

687 bp · TkA03G515840|TK1151|cDNA

ATGGATAACCAAAAAGAAATCTTTTCGAGTGAGGAGCATGTCGCAAAAGCTAAACCTGAGAAAAACAAATCTCCACAAAAACTCACCAAAGTGGACAAGAAAAAGGCAATCCATGAGAATCAGAAGTTGAAAAATGATGTTGACCTTGATGACAATGACTTGCTTAATAAAATAATCGGTTCCGATGGAAAGAGCACGGATGAGGACGACTCTCAAGACAACTCTGAGTACATATCCGTAGATGTCGATCTGCTTCACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

687 bp · TkA03G515840|TK1151|CDS

ATGGATAACCAAAAAGAAATCTTTTCGAGTGAGGAGCATGTCGCAAAAGCTAAACCTGAGAAAAACAAATCTCCACAAAAACTCACCAAAGTGGACAAGAAAAAGGCAATCCATGAGAATCAGAAGTTGAAAAATGATGTTGACCTTGATGACAATGACTTGCTTAATAAAATAATCGGTTCCGATGGAAAGAGCACGGATGAGGACGACTCTCAAGACAACTCTGAGTACATATCCGTAGATGTCGATCTGCTTCACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

228 aa · TkA03G515840|TK1151|PROTEIN

MDNQKEIFSSEEHVAKAKPEKNKSPQKLTKVDKKKAIHENQKLKNDVDLDDNDLLNKIIGSDGKSTDEDDSQDNSEYISVDVDLLHELLDCPLCKEIAKKVKAIKYCLHRFCGECIDKWLENGNTECPTCKTDFVSQKALVRDHNRDKLVAVCFPDREEHEAQDEDTQLMSDKSLESLDKKPEDGDTSTPFVPSEEMLDRVSKQVADRISKYKRKHQQLPAIDEKKES

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G515840`
TK1151 ID	TkA03G515840
OH-1004 ID	LXL04_010258
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G515840`
位置	Chr03:129390594-129405540 (+)
描述	Similar to Ring1: E3 ubiquitin-protein ligase RING1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_010258` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006325 chromatin organization 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0009948 anterior/posterior axis specification 生物过程 GO:0009952 anterior/posterior pattern specification 生物过程 GO:0010467 gene expression 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程 GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程
KEGG 基因交叉引用	cfa:607905 dme:Dmel_CG5595 hsa:6015 mmu:19763 rno:309626 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.866

排名 1 · TkA03G515840 · TK1151

细胞质0.224

排名 2 · TkA03G515840 · TK1151

线粒体0.031

排名 3 · TkA03G515840 · TK1151

细胞膜0.024

排名 4 · TkA03G515840 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA03G515840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18112Zn-C2H2_1211-13 aa

PF14353CpXC30-59 aa

PF03966Trm112p84-95 aa

PF14835zf-RING_685-134 aa

PF05290Baculo_IE-186-140 aa

PF11789zf-Nse89-130 aa

PF22191IBR_189-120 aa

PF13639zf-RING_290-131 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G515840	`PF18112`	Zn-C2H2_12	11	13	3.0	9.0
TkA03G515840	`PF14353`	CpXC	30	59	0.006	17.4
TkA03G515840	`PF03966`	Trm112p	84	95	0.37	11.5
TkA03G515840	`PF14835`	zf-RING_6	85	134	0.00064	20.3
TkA03G515840	`PF05290`	Baculo_IE-1	86	140	0.038	14.7
TkA03G515840	`PF11789`	zf-Nse	89	130	0.27	11.8
TkA03G515840	`PF22191`	IBR_1	89	120	3.7	8.2
TkA03G515840	`PF13639`	zf-RING_2	90	131	6.4e-09	36.6
TkA03G515840	`PF13920`	zf-C3HC4_3	90	133	5.2e-05	23.7
TkA03G515840	`PF14570`	zf-RING_4	90	96	0.0048	17.4
TkA03G515840	`PF14634`	zf-RING_5	90	95	0.017	15.8
TkA03G515840	`PF17120`	zf-RING_16	90	129	0.056	13.8
TkA03G515840	`PF21276`	ZNF512_C2HC	90	101	0.18	12.2
TkA03G515840	`PF04423`	Rad50_zn_hook	90	95	0.82	10.3
TkA03G515840	`PF00097`	zf-C3HC4	91	130	4.1e-11	43.3
TkA03G515840	`PF13923`	zf-C3HC4_2	91	130	1.1e-10	41.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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