TkA03G512400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G512400

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 128545461-128550843 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA 无可用 cDNA 序列

cDNA

该参考版本没有可用的cDNA序列。

CDS

下载 CDS FASTA

984 bp · TkA03G512400|TK1151|CDS

ATGGGGACGATTTATCCAGATGATGATTACGATTACTTGTTAGATGATGATGACGATTACTTGTTAGATGATGATTACGATTACTTGTTCAAGGGTATTCTACTCGGCGATTCAGGTGTCGGTAAAACCAATCTTTTGTCACGATTCTCCAAGAACAAATTCAACCTCGAATCCGAACGCACCATCGGGGTTGAATTCGCCACCGCTAGCATCAACGTTGATGACACGATCATCAAAGCTCAAATTTGGGACACCTCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

327 aa · TkA03G512400|TK1151|PROTEIN

MGTIYPDDDYDYLLDDDDDYLLDDDYDYLFKGILLGDSGVGKTNLLSRFSKNKFNLESERTIGVEFATASINVDDTIIKAQIWDTSGQERYRTITNSYCQGSVGALLIYDITRKGTFENVERWLQELRNHIDQNIVIMLVGNKLDQRHLRVVTIDEAKAFAKRENINLFMETSALDGLNVYNAFAELLTQIYYAASKKDAKAFAHRKNINLFMETSALNISNVMNAFTKVVTQIKHVMCKKMADVNKVYDQMAMVEPKGQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G512400`
TK1151 ID	TkA03G512400
OH-1004 ID	LXL04_010223
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 85.627 / OH-1004 37.703 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G512400

位置 Chr03:128545461-128550843 (+)

描述 Similar to RAB11B: Ras-related protein Rab11B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15060`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At5g60860`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At1g28550`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At5g45750`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010223 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G15060

ath:AT5G60860

nta:107770722

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.485

排名 1 · TkA03G512400 · TK1151

细胞核0.222

排名 2 · TkA03G512400 · TK1151

细胞膜0.157

排名 3 · TkA03G512400 · TK1151

溶酶体／液泡0.130

排名 4 · TkA03G512400 · TK1151

内质网0.100

排名 5 · TkA03G512400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00071Ras31-192 aa

PF00025Arf31-190 aa

PF13401AAA_2232-170 aa

PF08477Roc33-145 aa

PF01926MMR_HSR133-140 aa

PF13238AAA_1833-137 aa

PF03193RsgA_GTPase33-52 aa

PF00009GTP_EFTU53-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G512400	`PF00071`	Ras	31	192	1.2e-60	204.5
TkA03G512400	`PF00025`	Arf	31	190	5.2e-10	39.8
TkA03G512400	`PF13401`	AAA_22	32	170	0.0035	18.4
TkA03G512400	`PF08477`	Roc	33	145	8.9e-32	110.5
TkA03G512400	`PF01926`	MMR_HSR1	33	140	0.0035	18.2
TkA03G512400	`PF13238`	AAA_18	33	137	0.056	14.7
TkA03G512400	`PF03193`	RsgA_GTPase	33	52	0.12	12.9
TkA03G512400	`PF00009`	GTP_EFTU	53	185	8.2e-05	23.0
TkA03G512400	`PF12445`	FliC	71	74	0.11	13.6
TkA03G512400	`PF03193`	RsgA_GTPase	132	150	0.12	12.9
TkA03G512400	`PF11572`	DUF3234	151	188	0.087	13.7
TkA03G512400	`PF13238`	AAA_18	177	217	0.056	14.7
TkA03G512400	`PF11572`	DUF3234	183	236	0.087	13.7
TkA03G512400	`PF00071`	Ras	196	235	1.2e-60	204.5
TkA03G512400	`PF03193`	RsgA_GTPase	284	320	0.12	12.9
TkA03G512400	`PF12445`	FliC	286	316	0.11	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LK99`	拟南芥	sp\|Q9LK99\|RAA1G_ARATH Ras-related protein RABA1g	63.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJH0`	拟南芥	sp\|Q9FJH0\|RAA1F_ARATH Ras-related protein RABA1f	62.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S810`	拟南芥	sp\|Q9S810\|RAA1I_ARATH Ras-related protein RABA1i	63.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FK68`	拟南芥	sp\|Q9FK68\|RAA1C_ARATH Ras-related protein RABA1c	62.100%	Swiss-Prot	中等置信

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