TkA03G500830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G500830

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 125740537-125742065 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

942 bp · TkA03G500830|TK1151|cDNA

ATGGGAAGAACACCTTGCTGTGAAAAGAATGGTGGTTTGAGGAAAGGTCCATGGACTACTGAAGAAGATCAAAAACTCATTGATTACATTCACAAGAATGGCTATGGAAATTGGAGAACGCTACCCAAGAATGCTGGTTTGCAAAGATGTGGAAAAAGTTGTAGGTTAAGATGGACGAATTATCTTAAGCCTGATATTAAAAGAGGCAAGTTTTCTACCGAGGAGGAAGAAACAATCATTCAACTTCATAGTGTCTTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

942 bp · TkA03G500830|TK1151|CDS

ATGGGAAGAACACCTTGCTGTGAAAAGAATGGTGGTTTGAGGAAAGGTCCATGGACTACTGAAGAAGATCAAAAACTCATTGATTACATTCACAAGAATGGCTATGGAAATTGGAGAACGCTACCCAAGAATGCTGGTTTGCAAAGATGTGGAAAAAGTTGTAGGTTAAGATGGACGAATTATCTTAAGCCTGATATTAAAAGAGGCAAGTTTTCTACCGAGGAGGAAGAAACAATCATTCAACTTCATAGTGTCTTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

313 aa · TkA03G500830|TK1151|PROTEIN

MGRTPCCEKNGGLRKGPWTTEEDQKLIDYIHKNGYGNWRTLPKNAGLQRCGKSCRLRWTNYLKPDIKRGKFSTEEEETIIQLHSVLGNKWSTIAARLPGRTDNEIKNYWNTHIRKRLLRMGIDPITHNTRLDILALSSIMINSPDLYNSTMVNPELLRLMASISSQGNQNPYFIHQNPQKHILENTLQAQENHYLLQDQTLIQEISNCASLSTPTFVVPSSSETSKLMQPNVNQFPSSVSEYDNCNYHINPQSSVTSTFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G500830`
TK1151 ID	TkA03G500830
OH-1004 ID	LXL04_010125
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G500830

位置 Chr03:125740537-125742065 (-)

描述 Similar to MYB102: Transcription factor MYB102

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21440`	可能的转录因子，可能在渗透胁迫和伤口信号通路中发挥作用（可能性）。	Integration of wounding and osmotic stress signals determines the expression of the AtMYB102 transcription factor gene.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.019273 The Arabidopsis thaliana Transcription Factor AtMYB102 Functions in Defense Against the Insect Herbivore Pieris rapae.2006 · DOI: 10.4161/psb.1.6.3512
`At4g05100`	可能在盐胁迫响应中发挥作用的可能转录因子。	Salt-induced transcription factor MYB74 is regulated by the RNA-directed DNA methylation pathway in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv312
`At4g28110`	参与盐胁迫反应的转录因子。	AtMyb41 regulates transcriptional and metabolic responses to osmotic stress in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.134874 Phosphorylation by AtMPK6 is required for the biological function of AtMYB41 in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.04.137 AtMYB41 activates ectopic suberin synthesis and assembly in multiple plant species and cell types.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12624
`At1g34670`	作为侧根发育的负调节因子的转录因子。	AtMYB93 is a novel negative regulator of lateral root development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/nph.12879
`At4g17785`	转录因子MYB39。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010125 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G34670

ath:AT4G05100

ath:AT4G17785

ath:AT4G21440

ath:AT4G28110

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.807

排名 1 · TkA03G500830 · TK1151

细胞质0.296

排名 2 · TkA03G500830 · TK1151

线粒体0.025

排名 3 · TkA03G500830 · TK1151

细胞膜0.020

排名 4 · TkA03G500830 · TK1151

溶酶体／液泡0.013

排名 5 · TkA03G500830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding15-62 aa

PF15963Myb_DNA-bind_716-34 aa

PF13921Myb_DNA-bind_618-78 aa

PF23588HTH_CHD1_Hrp318-44 aa

PF20842Rax2_242-67 aa

PF15963Myb_DNA-bind_767-133 aa

PF00249Myb_DNA-binding68-112 aa

PF13921Myb_DNA-bind_671-115 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G500830	`PF00249`	Myb_DNA-binding	15	62	2.2e-36	124.5
TkA03G500830	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	16	34	0.011	16.2
TkA03G500830	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	18	78	1e-22	80.8
TkA03G500830	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	18	44	0.011	16.4
TkA03G500830	`PF20842`	Rax2_2	42	67	0.11	13.3
TkA03G500830	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	67	133	0.011	16.2
TkA03G500830	`PF00249`	Myb_DNA-binding	68	112	2.2e-36	124.5
TkA03G500830	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	71	115	1e-22	80.8
TkA03G500830	`PF20842`	Rax2_2	151	184	0.11	13.3
TkA03G500830	`PF20842`	Rax2_2	272	296	0.11	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDR8`	拟南芥	sp\|Q9LDR8\|MY102_ARATH Transcription factor MYB102	48.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0Y5`	拟南芥	sp\|Q9M0Y5\|MYB74_ARATH Transcription factor MYB74	67.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0J5`	拟南芥	sp\|Q9M0J5\|MYB41_ARATH Transcription factor MYB41	69.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9S9Z2`	拟南芥	sp\|Q9S9Z2\|MYB93_ARATH Transcription factor MYB93	68.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q8GWP0`	拟南芥	sp\|Q8GWP0\|MYB39_ARATH Transcription factor MYB39	62.500%	Swiss-Prot	低置信

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