TkA03G488450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G488450

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 122251138-122255068 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1708 bp · TkA03G488450|TK1151|cDNA

CATGACTCTAAACTACAAAAATACACCACCTCGATTTGATCGTTCCTACATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGGTCGCCAGTAATGGCAGTGGCAGTGCAAGGAAAGGGGGAGTGAGTTCTCATTGGGAAGGTAAAGCCCTCCCCTTTGCACCATTTTTTTCTTTCACAAACGTCTCTACACTCTACTATACACCCCCAGAATACGCTCTCTACACACTACAAACAAGATAAACATCACATTACCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1107 bp · TkA03G488450|TK1151|CDS

ATGGACGGTGGTGGTTCTGTAGGTACATCATGTTTAATGGGGTTCGGAGATAACAACAACATCAATCAAAGCGGCAGTGGTAGTAATAATAACAACAGCATTGGATCCCTCTGTGCTCCTCCACCTCCTGTTATATACGGCAATTCTGTAATTTTTCCCACTCAGGATCATCATCATCATCAAAGCAACTGTGGTTCTTCAGCTATGATTCTCGAAGGCAACAATAGCAACATTAACGATGGAGGAAGCTTAGGGTTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

368 aa · TkA03G488450|TK1151|PROTEIN

MDGGGSVGTSCLMGFGDNNNINQSGSGSNNNNSIGSLCAPPPPVIYGNSVIFPTQDHHHHQSNCGSSAMILEGNNSNINDGGSLGFISSSSCSSSVKAKIMSHPHYPRLLSAYLNCQKIGAPPEVVERLEESCRASVMAAMSASSGYGGGCAGSTSGGGTGTTTVGQDPALDQFMEAYCEMLIKYEQELSKPFKEAMLFLSRIESQFKAISFSPSDSGCGEGGMDRNGSSEEDLDVDVNNNNMVDPQAEESELKGQLLRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G488450`
TK1151 ID	TkA03G488450
OH-1004 ID	LXL04_009990
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G488450

位置 Chr03:122251138-122255068 (-)

描述 Similar to H1: Homeobox protein SBH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62360`	胚胎发育期间，形成芽顶分生组织（SAM）所必需。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009990 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009691 cytokinin biosynthetic process 生物过程

GO:0009888 tissue development 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程

GO:0048440 carpel development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62360

dosa:Os07g0129700

gmx:547796

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.979

排名 1 · TkA03G488450 · TK1151

细胞质0.085

排名 2 · TkA03G488450 · TK1151

细胞膜0.023

排名 3 · TkA03G488450 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA03G488450 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA03G488450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03790KNOX196-135 aa

PF13565HTH_32122-129 aa

PF03791KNOX2165-210 aa

PF03789ELK252-273 aa

PF00046Homeodomain267-289 aa

PF13565HTH_32267-321 aa

PF05920Homeobox_KN292-331 aa

PF00046Homeodomain299-332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G488450	`PF03790`	KNOX1	96	135	3.8e-22	78.5
TkA03G488450	`PF13565`	HTH_32	122	129	0.11	13.8
TkA03G488450	`PF03791`	KNOX2	165	210	6e-22	77.6
TkA03G488450	`PF03789`	ELK	252	273	2.5e-11	43.9
TkA03G488450	`PF00046`	Homeodomain	267	289	6.2e-07	29.9
TkA03G488450	`PF13565`	HTH_32	267	321	0.11	13.8
TkA03G488450	`PF05920`	Homeobox_KN	292	331	1e-18	67.6
TkA03G488450	`PF00046`	Homeodomain	299	332	6.2e-07	29.9
TkA03G488450	`PF23739`	HTH_72	309	339	0.039	14.6
TkA03G488450	`PF03790`	KNOX1	346	351	3.8e-22	78.5
TkA03G488450	`PF05920`	Homeobox_KN	358	363	1e-18	67.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38874`	拟南芥	sp\|Q38874\|STM_ARATH Homeobox protein SHOOT MERISTEMLESS	70.300%	Swiss-Prot	高置信

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