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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G487330
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 121969309-121971855 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2083 bp · TkA03G487330|TK1151|cDNA

CTTCCCAAAACCCTAAAAGCAAAAAAGTACCAAATCCACTCATTCCCCCCATGAAAATATATATTCATCTCACTCACCCATCCTACTCTTTTTCTACCCAAAAAAATCAACCAATCTTTGTGCTTATGCCCATTTCAAGCTAAATACTACAATCTCCCATGGTTTCTCTTCAAGAATCCCCCAATTCCACTCCGGGTCGGTTTCAGATTACCCGACCCTATTACACTCCACCTCCATCTTCCGCTGCTTCTTCCCCATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1446 bp · TkA03G487330|TK1151|CDS

ATGGTTTCTCTTCAAGAATCCCCCAATTCCACTCCGGGTCGGTTTCAGATTACCCGACCCTATTACACTCCACCTCCATCTTCCGCTGCTTCTTCCCCATCCAGGTTCCAGAAGCATCTAGGTCGATCCATGCGAACTGTGCGCTCCAATTTCTACCAGTCCGAATACACCGACAGTTGCTCTTTCGTTTCCACTCAACAGGCTGCACCGTCCGTTGTATCGGAAAACCTTACGGACTCCGTCATCGATGTTCATTTACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

481 aa · TkA03G487330|TK1151|PROTEIN

MVSLQESPNSTPGRFQITRPYYTPPPSSAASSPSRFQKHLGRSMRTVRSNFYQSEYTDSCSFVSTQQAAPSVVSENLTDSVIDVHLHQLATATGNNKFSKSSSETSSEDFPGFSQVFSDFSAYSSDISGELQRLACLPEDLNENDFNQEQGPEPEPCLGFLQREHFSTEIIESISPEDLQPTVKICVDSLGSNSVALKRSAAAKLRMLAKNRSENRALIGESGAVPALIPLLRCADPWTQEHAVTALLNLSLLDENKPLI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G487330
TK1151 IDTkA03G487330
OH-1004 IDLXL04_009977
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G487330
位置Chr03:121969309-121971855 (-)
描述Similar to PUB4: U-box domain-containing protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g67340 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54850 与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。
Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2ZLU6 与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。 暂无已核实直接文献
Os12g0570000 E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。
Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171
SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
Os06g0102700 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009977 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031648 protein destabilization 生物过程
GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程
GO:0048364 root development 生物过程
GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程
GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程
GO:2000022 regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G23030
ath:AT1G71020
ath:AT2G23140
ath:AT3G54790
ath:AT5G67340
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.553
排名 1 · TkA03G487330 · TK1151
细胞核0.373
排名 2 · TkA03G487330 · TK1151
细胞膜0.177
排名 3 · TkA03G487330 · TK1151
内质网0.052
排名 4 · TkA03G487330 · TK1151
高尔基体0.050
排名 5 · TkA03G487330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30196WRM1_C171-240 aa
PF03224V-ATPase_H_N178-233 aa
PF24768ARM_ARMC5183-321 aa
PF25598ARM_PUB200-467 aa
PF30701ARMC6204-278 aa
PF00514Arm213-251 aa
PF05536Neurochondrin213-250 aa
PF30699ARM_GAC_2215-348 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G487330PF30196WRM1_C1712400.001718.1
TkA03G487330PF03224V-ATPase_H_N1782330.2111.7
TkA03G487330PF24768ARM_ARMC51833215.3e-1969.4
TkA03G487330PF25598ARM_PUB2004676.7e-2279.0
TkA03G487330PF30701ARMC62042780.01314.8
TkA03G487330PF00514Arm2132512.5e-30104.2
TkA03G487330PF05536Neurochondrin2132500.000619.1
TkA03G487330PF30699ARM_GAC_22153480.0004719.3
TkA03G487330PF13646HEAT_22182500.02815.4
TkA03G487330PF26524ARM_72202510.1112.6
TkA03G487330PF30196WRM1_C2253360.001718.1
TkA03G487330PF13646HEAT_22262880.02815.4
TkA03G487330PF19427Insc_C2342860.1211.5
TkA03G487330PF12031BAF250_C2412660.01415.4
TkA03G487330PF24768ARM_ARMC52464535.3e-1969.4
TkA03G487330PF00514Arm2542922.5e-30104.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5XEZ8拟南芥sp|Q5XEZ8|PUB2_ARATH U-box domain-containing protein 262.800%Swiss-Prot中等置信
Q8VZ40拟南芥sp|Q8VZ40|PUB14_ARATH U-box domain-containing protein 1459.400%Swiss-Prot中等置信
A2ZLU6水稻sp|A2ZLU6|SL11_ORYSI Protein spotted leaf 1163.000%Swiss-Prot低置信
Q0IMG9水稻sp|Q0IMG9|SL11_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SPL1163.000%Swiss-Prot低置信
Q5VRH9水稻sp|Q5VRH9|PUB12_ORYSJ U-box domain-containing protein 1251.500%Swiss-Prot低置信

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