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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G479900
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 120008020-120009420 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1401 bp · TkA03G479900|TK1151|cDNA

ATGCTTCTCTCGCCGGAATTTCTACTGCAACTCCTTCAACGTTTCATCAAAAGCTCCATCCAAATCAAGCAAATACATTCCCTCCTCATCACCAATGGCGACCTCCTCTCCATCCGCAGCCCATCTACCTTCAAATGGACAACCACCTTACTCTACAACGCTCTCATCAGAGCTTACCTCAATATCCATCTCCCCCGCACTACCTTAATCCTTTTCACCCACATGCTTTCCCATAACATCCCACCAAACCCCTACACTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1401 bp · TkA03G479900|TK1151|CDS

ATGCTTCTCTCGCCGGAATTTCTACTGCAACTCCTTCAACGTTTCATCAAAAGCTCCATCCAAATCAAGCAAATACATTCCCTCCTCATCACCAATGGCGACCTCCTCTCCATCCGCAGCCCATCTACCTTCAAATGGACAACCACCTTACTCTACAACGCTCTCATCAGAGCTTACCTCAATATCCATCTCCCCCGCACTACCTTAATCCTTTTCACCCACATGCTTTCCCATAACATCCCACCAAACCCCTACACTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

466 aa · TkA03G479900|TK1151|PROTEIN

MLLSPEFLLQLLQRFIKSSIQIKQIHSLLITNGDLLSIRSPSTFKWTTTLLYNALIRAYLNIHLPRTTLILFTHMLSHNIPPNPYTFPSLAKAAAAITPSLIAKPLYTQAFKRGVLADPFVQTSFINLFSQSGHLSCALNLFDEMPEPCIVSCNAMLDGFCKNGDMDSAVSFFKRMPKRDVYSWTTIVNGYTKKGSHETAIRFFQMCVRDCSVKPNEATYVSVLSSCANSDMIGGLLYGKQIHAYIIKNQDEITSFIGTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G479900
TK1151 IDTkA03G479900
OH-1004 IDLXL04_009880
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G479900
位置Chr03:120008020-120009420 (+)
描述Similar to PCMP-E71: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10330
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g10330 推测含有五重复肽序列的蛋白At1g10330。 暂无已核实直接文献
At5g08510 含重复的五肽核苷酸序列蛋白 At5g08510。 暂无已核实直接文献
At5g66520 含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。 暂无已核实直接文献
At1g33350 含五螺旋重复序列蛋白At1g33350。 暂无已核实直接文献
At4g37380 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009880 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G10330
ath:AT5G06540
ath:AT5G08305
ath:AT5G08510
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.629
排名 1 · TkA03G479900 · TK1151
质体0.183
排名 2 · TkA03G479900 · TK1151
细胞核0.051
排名 3 · TkA03G479900 · TK1151
细胞质0.033
排名 4 · TkA03G479900 · TK1151
细胞膜0.004
排名 5 · TkA03G479900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N4-32 aa
PF13041PPR_250-93 aa
PF23276TPR_2450-93 aa
PF29070MSC6_N51-98 aa
PF01535PPR52-79 aa
PF12854PPR_152-59 aa
PF13812PPR_352-92 aa
PF17177PPR_long67-97 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G479900PF29070MSC6_N4325.2e-1039.7
TkA03G479900PF13041PPR_250935.9e-47158.3
TkA03G479900PF23276TPR_2450932.7e-0937.7
TkA03G479900PF29070MSC6_N51985.2e-1039.7
TkA03G479900PF01535PPR52794.9e-44146.3
TkA03G479900PF12854PPR_152596e-2793.8
TkA03G479900PF13812PPR_352927.6e-2174.7
TkA03G479900PF17177PPR_long67979.8e-0832.3
TkA03G479900PF12854PPR_179876e-2793.8
TkA03G479900PF17177PPR_long1061769.8e-0832.3
TkA03G479900PF28771RMD9_mid1061470.1512.5
TkA03G479900PF29070MSC6_N1182015.2e-1039.7
TkA03G479900PF24603TPR_301201460.003518.5
TkA03G479900PF13041PPR_21231465.9e-47158.3
TkA03G479900PF01535PPR1231474.9e-44146.3
TkA03G479900PF12854PPR_11231456e-2793.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SY75拟南芥sp|Q9SY75|PPR30_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1033044.100%Swiss-Prot中等置信
Q9FNN7拟南芥sp|Q9FNN7|PP371_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0851044.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FJY7拟南芥sp|Q9FJY7|PP449_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g6652042.700%Swiss-Prot中等置信
Q9C501拟南芥sp|Q9C501|PPR70_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g3335039.000%Swiss-Prot中等置信
Q9SZT8拟南芥sp|Q9SZT8|PP354_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein ELI1, chloroplastic42.500%Swiss-Prot中等置信

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