LXL04_009880 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009880

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 135307522-135308922 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1401 bp · LXL04_009880|LXL04_009880|OH1004|cDNA

ATGCTTCTCTCGCCGGAATTTCTACTGCAACTCCTTCAACGTTTCATCAAAAGCTCCATCCAAATCAAGCAAATACATTCCCTCCTCATCACCAATGGCGACCTCCTCTCCATCCGCAGCCCATCTACCTTCAAATGGACAACCACCTTACTCTACAACGCTCTCATCAGAGCTTACCTCAATATCCATCTCCCCCGCACTACCTTAATCCTTTTCACCCACATGCTTTCCCATAACATCCCACCAAACCCCTACACTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1401 bp · LXL04_009880|LXL04_009880|OH1004|CDS

ATGCTTCTCTCGCCGGAATTTCTACTGCAACTCCTTCAACGTTTCATCAAAAGCTCCATCCAAATCAAGCAAATACATTCCCTCCTCATCACCAATGGCGACCTCCTCTCCATCCGCAGCCCATCTACCTTCAAATGGACAACCACCTTACTCTACAACGCTCTCATCAGAGCTTACCTCAATATCCATCTCCCCCGCACTACCTTAATCCTTTTCACCCACATGCTTTCCCATAACATCCCACCAAACCCCTACACTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

466 aa · LXL04_009880|LXL04_009880|OH1004|PROTEIN

MLLSPEFLLQLLQRFIKSSIQIKQIHSLLITNGDLLSIRSPSTFKWTTTLLYNALIRAYLNIHLPRTTLILFTHMLSHNIPPNPYTFPSLAKAAAAITPSLIAKPLYTQAFKRGVLADPFVQTSFINLFSQSGHLSCALNLFDEMPEPCIVSCNAMLDGFCKNGDMDSAVSFFKRMPKRDVYSWTTIVNGYTKKGSHETAIRFFQMCVRDCSVKPNEATYVSVLSSCANSDMIGGLLYGKQIHAYIIKNQDEITSFIGTS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009880`
TK1151 ID	TkA03G479900
OH-1004 ID	LXL04_009880
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009880

位置 Chr02:135307522-135308922 (+)

描述 Similar to PCMP-E71: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10330

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10330`	推测含有五重复肽序列的蛋白At1g10330。	暂无已核实直接文献
`At5g08510`	含重复的五肽核苷酸序列蛋白 At5g08510。	暂无已核实直接文献
`At5g66520`	含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。	暂无已核实直接文献
`At5g08305`	含五重复肽的蛋白质 At5g08305。	暂无已核实直接文献
`At5g06540`	含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009880 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10330

ath:AT5G06540

ath:AT5G08305

ath:AT5G08510

ath:AT5G66520

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.629

排名 1 · LXL04_009880 · OH-1004

质体0.183

排名 2 · LXL04_009880 · OH-1004

细胞核0.051

排名 3 · LXL04_009880 · OH-1004

细胞质0.033

排名 4 · LXL04_009880 · OH-1004

细胞膜0.004

排名 5 · LXL04_009880 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_250-93 aa

PF13041.13PPR_2148-181 aa

PF01535.27PPR151-180 aa

PF12854.14PPR_1154-176 aa

PF13041.13PPR_2179-229 aa

PF29070.1MSC6_N187-342 aa

PF13812.13PPR_3285-331 aa

PF13041.13PPR_2286-333 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009880	`PF13041.13`	PPR_2	50	93	5.9e-47	158.3
LXL04_009880	`PF13041.13`	PPR_2	148	181	5.9e-47	158.3
LXL04_009880	`PF01535.27`	PPR	151	180	4.9e-44	146.3
LXL04_009880	`PF12854.14`	PPR_1	154	176	6e-27	93.8
LXL04_009880	`PF13041.13`	PPR_2	179	229	5.9e-47	158.3
LXL04_009880	`PF29070.1`	MSC6_N	187	342	5.2e-10	39.7
LXL04_009880	`PF13812.13`	PPR_3	285	331	7.6e-21	74.7
LXL04_009880	`PF13041.13`	PPR_2	286	333	5.9e-47	158.3
LXL04_009880	`PF01535.27`	PPR	288	313	4.9e-44	146.3
LXL04_009880	`PF20431.5`	E_motif	402	463	1.2e-06	29.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SY75`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10330	48.913%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FNN7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g08510	37.740%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FJY7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520	34.864%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0C8Q7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g08305	34.937%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FG16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06540	34.339%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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