TkA03G421260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G421260

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 104891013-104896059 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1326 bp · TkA03G421260|TK1151|cDNA

GCAAGCAGGAAGATGTTGTTGTAAAGCTGATAGATTTCATGTTGACCCCTCATGCCACAACCAGTGAGCTCATTTCAGAGAAAGAACAGTCAAGCAAGGGTAAAAAGCGTACATCAAGCAGCAAGAAAAGCACACCACCTTCAAAAAGCTCATCTAAGAAGCAGAAAACTAAAAGCAATTCAGAAGAGGATGACAAGAAGAATTCAGACACAGACGAATCTGAAGATGAAGATGAGAAAGATGATGAAGAACATGAAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2013 bp · TkA03G421260|TK1151|CDS

ATGGGGGAGGAAGATGCGGCACCTGAAGTTGCAGAGGCAGTGCCGAATGGGACTGTCTCTCAGGACACAGCAGCCAAAGATGTGATTGAGAAAAAGGAGGAAAAGGTAGAAATAGAGGTCGAAAAGGAAGAAAAAGAGGACAAGGAAGAAAAGGAGGATAAAGATGGAGTAAAAGAGATGGATGAAGATGTCAAAGAAGATGAGAAAGATAAAACCAAAGAAGCTGATGTTGACAAGGAAGATGCTGAGGTAAGCAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

670 aa · TkA03G421260|TK1151|PROTEIN

MGEEDAAPEVAEAVPNGTVSQDTAAKDVIEKKEEKVEIEVEKEEKEDKEEKEDKDGVKEMDEDVKEDEKDKTKEADVDKEDAEVSKDAKKEEDEVKDAKKEEEEEVKDANKEEEEEVKDAKKEEEEEEVKDNKKEEEKEVEEEEEEKVNEEPKSEPMDVDKQEEVEEIEKEETDDKKTEVADSDMKEVEEKKEQVPEEKVSKTFSRKKSGVDKNNNTETKKETNTKASSEKKRKEKKKEPTPTPTTPVAPISERPVRERK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G421260`
TK1151 ID	TkA03G421260
OH-1004 ID	LXL04_016157
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.097 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G421260

位置 Chr03:104891013-104896059 (-)

描述 Similar to DEK: Protein DEK

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55660`	与染色质相关的蛋白质，有助于调节染色质结构（如DNA超螺旋结构）和功能（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At4g26630`	与染色质相关的蛋白，有助于调节染色质结构（例如 DNA 的超螺旋结构）和功能。	A DEK domain-containing protein modulates chromatin structure and function in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.129254
`At5g63550`	与染色质相关的蛋白质，有助于调节染色质结构（如DNA超螺旋结构）和功能（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At3g48710`	与染色质相关的蛋白质，有助于调节染色质结构（如DNA超螺旋结构）和功能（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016157 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0019079 viral genome replication 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48710

ath:AT4G26630

ath:AT5G55660

ath:AT5G63550

hsa:7913

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.971

排名 1 · TkA03G421260 · TK1151

细胞质0.080

排名 2 · TkA03G421260 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA03G421260 · TK1151

内质网0.011

排名 4 · TkA03G421260 · TK1151

细胞外0.009

排名 5 · TkA03G421260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08766DEK_C596-648 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G421260	`PF08766`	DEK_C	596	648	8.9e-15	55.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K4Y5`	拟南芥	sp\|F4K4Y5\|DEKP4_ARATH DEK domain-containing chromatin-associated protein 4	60.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SUA1`	拟南芥	sp\|Q9SUA1\|DEKP3_ARATH DEK domain-containing chromatin-associated protein 3	55.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84JB7`	拟南芥	sp\|Q84JB7\|DEKP2_ARATH DEK domain-containing chromatin-associated protein 2	51.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SMM8`	拟南芥	sp\|Q9SMM8\|DEKP1_ARATH DEK domain-containing chromatin-associated protein 1	49.400%	Swiss-Prot	低置信

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